化工儀器網(wǎng)首頁>資訊中心>項目成果>正文

中國科大在評估染色體外環(huán)狀DNA檢測方法取得進展
2024年11月04日 15:08:17 來源：化工儀器網(wǎng) 作者：宋池 點擊量：4767

近日，中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)研究團隊系統(tǒng)性地評估了7種用于在測序數(shù)據(jù)中鑒定染色體外環(huán)狀DNA（eccDNA）的分析算法及7種不同實驗建庫方法的性能和差異，為eccDNA的深入研究提供了重要參考。

　　【化工儀器網(wǎng) 項目成果】近日，中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)部瞿昆教授課題組在《自然·通訊》期刊上發(fā)表了一篇題為“Comparative analysis of methodologies for detecting extrachromosomal circular DNA”的研究文章。該研究系統(tǒng)性地評估了7種用于在測序數(shù)據(jù)中鑒定染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)的分析算法及7種不同實驗建庫方法的性能和差異，為eccDNA的深入研究提供了重要參考。
 
　　eccDNA作為一種在真核細胞內(nèi)廣泛存在的環(huán)狀DNA分子，在腫瘤研究中扮演著重要角色。在腫瘤細胞中，eccDNA不僅參與癌基因的擴增，還涉及基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控和腫瘤異質(zhì)性，從而推動腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。因此，對eccDNA的深入研究有望為腫瘤發(fā)病機制的理解提供新的視角，并為靶向藥物的開發(fā)開辟新的方向。
 
　　然而，目前用于eccDNA鑒定的測序建庫方法和生物信息學(xué)算法種類繁多，且由于eccDNA片段的大小多樣且來源復(fù)雜，不同方法間的實驗結(jié)果存在較大差異。這種差異給研究人員在選擇最適分析算法和實驗方法時帶來了挑戰(zhàn)。此外，現(xiàn)有的評估方法往往只關(guān)注準(zhǔn)確性或計算需求等單一因素，且基于過于簡化的模擬數(shù)據(jù)，難以真實反映測序數(shù)據(jù)的復(fù)雜性。
 
　　針對這一問題，瞿昆教授課題組的研究團隊對多種eccDNA檢測方法和實驗建庫方法進行了系統(tǒng)評估。研究結(jié)果表明，在短讀長測序數(shù)據(jù)中，Circle-Map和Circle_finder算法在檢測eccDNA方面具有較高的效率。然而，Circle_finder算法存在一定的局限性，容易生成冗余結(jié)果。而在長度較長的測序數(shù)據(jù)中，特別是測序深度超過10X時，CReSIL算法的表現(xiàn)最佳。
 
　　在實驗方法方面，Circle-Seq-LR特別適用于檢測長度超過10 kb且具有拷貝數(shù)擴增的eccDNA(也稱ecDNA)，這類eccDNA與腫瘤進展密切相關(guān)。此外，研究還發(fā)現(xiàn)，不同實驗方法檢測到的eccDNA在長度、癌基因組成和基因重復(fù)元件的包含等方面展現(xiàn)出顯著的異質(zhì)性。
 
　　為了幫助研究人員根據(jù)自身數(shù)據(jù)特點選擇最優(yōu)的分析流程，該研究團隊在GitHub上提供了完整的分析流程、代碼和模擬數(shù)據(jù)集。這一舉措不僅為進一步提升eccDNA檢測方法奠定了參考基礎(chǔ)，還有望推動eccDNA研究領(lǐng)域的快速發(fā)展。
 
　　此次研究的發(fā)表標(biāo)志著中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)在eccDNA研究領(lǐng)域取得了重要進展，也為國內(nèi)外同行提供了寶貴的參考和借鑒。未來，該團隊將繼續(xù)致力于eccDNA的深入研究，為推動腫瘤發(fā)病機制的理解和靶向藥物的開發(fā)做出更多貢獻。
 
　　【素材來源：中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)】
關(guān)鍵詞

相關(guān)閱讀 Related Reading

查看更多+

  • 質(zhì)量鑄就品牌 柏恒科技CACLP展示三大利器

    在本屆CACLP上，柏恒科技以三大核心產(chǎn)品矩陣彰顯技術(shù)實力，每一款產(chǎn)品都凝聚著“質(zhì)量創(chuàng)品牌“的匠心精神。
    2025-03-27 08:54:48

  • 超5.2億元 武漢大學(xué)儀器采購意向

    武漢大學(xué)計劃采購數(shù)字PCR儀、磁性細胞分選儀、細胞能量代謝分析儀等儀器設(shè)備，預(yù)算金額超5.2億元。
    2025-03-25 16:24:53

  • 為用戶提供信賴的分子診斷產(chǎn)品 比格飛序盛裝出席CACLP 2025

    杭州比格飛序生物科技有限公司以其深厚的技術(shù)實力和創(chuàng)新產(chǎn)品，在CACLP 2025上大放異彩，成為眾人關(guān)注的焦點。
    2025-03-25 11:23:22

  • 共計544.8萬 塔里木大學(xué)再采購儀器設(shè)備

    近日，塔里木大學(xué)就“2025年塔里木大學(xué)學(xué)科建設(shè)儀器設(shè)備采購項目”再度發(fā)布三項公開招標(biāo)公告，預(yù)算金額共計544.8萬元。
    2025-03-24 09:43:16

  • 共計492萬 塔里木大學(xué)采購儀器設(shè)備

    近日，塔里木大學(xué)就“2025年塔里木大學(xué)學(xué)科建設(shè)儀器設(shè)備采購項目”發(fā)布四項公開招標(biāo)公告，預(yù)算金額共計492萬元。
    2025-03-21 09:52:49

  • 預(yù)算523萬 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)采購學(xué)科儀器設(shè)備

    近日，內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)就“（2024年財政資金）雙一流建設(shè)資金—草學(xué)學(xué)科儀器設(shè)備采購”項目發(fā)布公開招標(biāo)公告，預(yù)算金額為523萬元。
    2025-03-21 09:21:46

版權(quán)與免責(zé)聲明

  • ①凡本網(wǎng)注明“來源：化工儀器網(wǎng)”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品，未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的，應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用，并注明“來源：化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者，本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
  • ②本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源（非化工儀器網(wǎng)）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負責(zé)，不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時，必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源，并自負版權(quán)等法律責(zé)任。
  • ③如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系，否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。
第三屆地表水分析檢測技術(shù)線上會議
關(guān)閉