實驗介紹
4D-label free蛋白質(zhì)組學(xué)是基于timsTOF Pro離子淌度平臺的新一代非標(biāo)記蛋白組學(xué)技術(shù)，通過數(shù)據(jù)依賴性采集-同步累積連續(xù)碎裂（ddaPASEF）掃描模式進(jìn)行差異定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析。該技術(shù)是對傳統(tǒng)label free蛋白質(zhì)組學(xué)的升級，其核心是將數(shù)據(jù)依賴采集（DDA）與同步累積連續(xù)碎裂（PASEF）相結(jié)合，外加第四維度的離子淌度分離（基于肽段的碰撞截面積CCS），提高離子利用率和鑒定精準(zhǔn)度，以更少上樣量、更快掃描速度，實現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。
實驗流程
應(yīng)用方向
藥物應(yīng)答、基因敲除/過表達(dá)的蛋白表達(dá)譜分析
植物、微生物生長發(fā)育與脅迫逆境生理研究
疾病生物標(biāo)志物與藥物作用靶點高通量分析
蛋白作用機(jī)制與特殊功能蛋白質(zhì)篩選
各種物種的蛋白質(zhì)組草圖構(gòu)建
臨床微量樣本檢測方式，如：外泌體、FFPE石蠟切片、活檢穿刺組織等
數(shù)據(jù)分析
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 | |
蛋白質(zhì)總鑒定數(shù)量分析 | 蛋定與定量結(jié)果統(tǒng)計、差異結(jié)果統(tǒng)計、火山圖、聚類熱圖 |
差異蛋白質(zhì)功能分析 | 亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作網(wǎng)絡(luò)分析 |
質(zhì)量控制分析 | 肽段離子質(zhì)量偏差分布、肽段離子得分分布、蛋白質(zhì)豐度比分布 |
高級數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 | |
WGCNA共表達(dá)分析 | 獲得與表型強(qiáng)關(guān)聯(lián)的核心蛋白質(zhì) |
趨勢聚類分析 | 探討蛋白質(zhì)的表達(dá)趨勢模式 |
技術(shù)優(yōu)勢
? 4D技術(shù)加持，更加適合微量樣本
? 克服標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在樣本數(shù)量上的限制，靈活方便
? 采用布魯克的timsTOF Pro質(zhì)譜平臺，檢測速度提升近一倍
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