實驗介紹
4D-蛋白質(zhì)組學是基于新一代timsTOF Pro質(zhì)譜儀，通過捕集離子淌度（TIMS）與同步累積連續(xù)碎裂（PASEF）掃描模式進行差異定量蛋白質(zhì)組學研究。該技術(shù)核心是在傳統(tǒng)3D分離（保留時間、質(zhì)荷比、離子強度）基礎(chǔ)上，增加肽段的碰撞截面積（CCS），實現(xiàn)第4維度（離子淌度）的分離檢測。 4D-DIA蛋白質(zhì)組學是基于timsTOF Pro離子淌度平臺的新一代DIA技術(shù)，通過數(shù)據(jù)非依賴采集-同步累積連續(xù)碎裂（diaPASEF）掃描模式進行差異定量蛋白質(zhì)組學分析。將DIA技術(shù)與基于timsTOF Pro上的diaPASEF技術(shù)相結(jié)合，具有高掃描速度和高靈敏度優(yōu)勢的同時，外加第四維離子淌度分離，使DIA數(shù)據(jù)在采集時不犧牲窗口循環(huán)速度的同時，降低譜圖復(fù)雜度和提高離子利用率，實現(xiàn)了蛋白質(zhì)組學在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。
實驗流程：
應(yīng)用方向
? 臨床微量樣本檢測方式，如：外泌體、FFPE石蠟切片、活檢穿刺組織等
? 臨床大隊列樣本分析，如腫瘤、心血管等重大疾病精準分型
? 作物群體性狀等大規(guī)模樣本研究，如育種品系、脅迫干預(yù)等
? 臨床生物標志物發(fā)現(xiàn)：DIA接近MRM的定量能力，實現(xiàn)標志物篩選與初步驗證過程合二為一
? 生物樣本信息庫構(gòu)建：DIA可實現(xiàn)生物信息的完整保存，為后續(xù)回溯分析提供保障。藥物應(yīng)答、基因敲除/過表達的蛋白表達譜分析
數(shù)據(jù)分析
標準數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 | |
鑒定結(jié)果統(tǒng)計與分析 | 樣本蛋白質(zhì)及肽段鑒定柱狀圖、PCA分布圖、定量差異統(tǒng)計分析 |
生物信息學分析 | GO及GO富集、KEGG及KEGG富集分析、PPI互作網(wǎng)絡(luò)與module分析 |
差異上下調(diào)蛋白KEGG蝴蝶圖、KEGG通路功能歸屬等 | |
高級數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 | |
標志物篩選 | 集成機器學習、LASSO回歸分析、標志物panel、ROC分析 |
分子分型分析 | 無監(jiān)督聚類分型分析、蛋白質(zhì)組+轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析、激酶分析 |
臨床表征與組學結(jié)果聯(lián)合分析 | |
疾病相關(guān)功能模塊分析 | WGCNA共表達分析 |
生存曲線分析 | 臨床分型與生存曲線分析 |
技術(shù)優(yōu)勢
? 4D技術(shù)加持，更加適合微量樣本
? 克服標記定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)在樣本數(shù)量上的限制，靈活方便
? 采用布魯克的timsTOF Pro質(zhì)譜平臺，檢測速度提升近一倍
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