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大家好，這是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。
原核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以從基因表達(dá)量、基因結(jié)構(gòu)和sRNA調(diào)控功能三維度揭示不同生物性狀的分子調(diào)控機(jī)制。如通過計(jì)算各組間的差異基因并對(duì)差異基因進(jìn)行富集分析，獲得對(duì)生物性狀影響較大的通路信息；通過預(yù)測(cè)基因的反義轉(zhuǎn)錄本，豐富基因組注釋內(nèi)容；研究sRNA對(duì)mRNA的相互作用，從分子調(diào)控角度解釋生物性狀之間的差異。
易基因針對(duì)檢測(cè)原核菌個(gè)性化設(shè)計(jì)rRNA去除探針，利用高通量技術(shù)對(duì)原核細(xì)胞所產(chǎn)生的所有mRNA和sRNA（非編碼RNA）進(jìn)行測(cè)序。系統(tǒng)全面解析特定細(xì)胞所產(chǎn)生的mRNA和sRNA對(duì)生物性狀的影響。
研究方向：
原核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是專業(yè)針對(duì)原核微生物設(shè)計(jì)開展的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。
基因表達(dá)量分析
差異基因鑒定
非編碼RNA鑒定等
技術(shù)優(yōu)勢(shì)：
針對(duì)原核生物設(shè)計(jì)去除rRNA專屬探針，rRNA去除效果好。
同時(shí)分析sRNA與mRNA的互作關(guān)系，更加全面解讀表達(dá)互作網(wǎng)絡(luò)。
技術(shù)路線：
實(shí)驗(yàn)策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
經(jīng)典案例：
嗜水氣單胞菌的原核轉(zhuǎn)錄組研究
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
背景
嗜水氣單胞菌是魚類運(yùn)動(dòng)性氣單胞菌敗血癥的病原體。嗜水氣單胞菌的發(fā)病機(jī)制是復(fù)雜的、多因素的，涉及粘附素、毒素和鐵元素?cái)z取系統(tǒng)等多種毒力因子。盡管不斷有新的毒力因子被人們發(fā)現(xiàn)，但這種細(xì)菌的致病機(jī)制仍不清楚。
方法
IolR是一種轉(zhuǎn)錄抑制因子，可以負(fù)向調(diào)節(jié)肌醇代謝活性。作者在養(yǎng)殖死亡的鯉魚中分離出來嗜水氣單胞菌NJ-35細(xì)菌，采用同源重組的方法構(gòu)建了一株IolR基因缺失菌株，將ΔiolR突變體菌株與野生型菌株進(jìn)行比較分析。對(duì)細(xì)菌在LB培養(yǎng)基上的生長情況進(jìn)行評(píng)估，并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組比較分析和qRT-PCR驗(yàn)證，以鑒定IolR在嗜水氣單胞菌NJ-35中的功能。
結(jié)論
本研究證實(shí)IolR通過下調(diào)嗜水氣單胞菌RpmA的表達(dá)來抑制細(xì)胞的自聚集和生物膜形成，從而進(jìn)一步減少與鈣的接觸機(jī)會(huì)，進(jìn)而抑制凝集形成和生物膜的形成所需的細(xì)胞-細(xì)胞相互作用。這項(xiàng)研究對(duì)IolR在嗜水氣單胞菌中的作用提供了理論基礎(chǔ)，并為尋找治療這種細(xì)菌感染的藥物靶點(diǎn)提供了新的線索。
原核轉(zhuǎn)錄組分析表明差異表達(dá)基因大多涉及膜部分、轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞代謝和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等功能
參考文獻(xiàn)：
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
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