BS-Seqo001 柏熠微生物分析平臺(tái)-測(cè)序數(shù)據(jù)處理工作包

簡(jiǎn)介

測(cè)序數(shù)據(jù)處理工作包內(nèi)共開(kāi)發(fā)了15款小工具，歸納總結(jié)為三大類：

1.納米孔數(shù)據(jù)處理小工具

2.fq/fa處理小工具

3.Bam/sam處理小工具

測(cè)序數(shù)據(jù)處理工作包提供納米孔數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化，多樣本拆分分析，數(shù)據(jù)的相互轉(zhuǎn)化、統(tǒng)計(jì)、提取、去重、過(guò)濾等分析。

產(chǎn)品特點(diǎn)

（一）fast5轉(zhuǎn)fastq

1.提供便捷的basecalling和多樣本拆分功能 ；

2.fast5數(shù)據(jù)文件可以遞歸搜索

3.芯片類型支持R9.4，R10.3以及R10.4+Q20

4.轉(zhuǎn)化模式支持快速轉(zhuǎn)化（FAST）、高準(zhǔn)確轉(zhuǎn)化（HAC）以及超高準(zhǔn)確率轉(zhuǎn)化(SUPER)

5.提供多樣本試劑盒列表，同時(shí)支持自定義試劑盒，滿足多樣化的需求

6.支持去接頭和barcode序列

（二）自定義barcode拆分

（三）接頭和barcode序列去除

（四）fq/fa相互轉(zhuǎn)換

（五）數(shù)據(jù)基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)

（六）序列去重

（七）序列條件過(guò)濾

（八）序列合并與拆分

（九）序列轉(zhuǎn)換

（十）序列挑選

1.提供便捷的目標(biāo)序列挑選功能

2.支持fastq和fasta數(shù)據(jù)格式

3.子序列的輸入允許簡(jiǎn)并堿基的輸入

4.序列匹配方式多：正反向、僅正向、僅反向

5.支持容錯(cuò)堿基個(gè)數(shù)調(diào)整

6.優(yōu)先兼并堿基，再考慮容錯(cuò)堿基個(gè)數(shù)

（十一）bed位置提取

（十二）linux與win格式轉(zhuǎn)換

（十三）序列提取

1.提供便捷的比對(duì)序列提取功能

2.提供“提取比對(duì)上序列”和“提取未比對(duì)上序列”兩種分析模式

3.數(shù)據(jù)提取結(jié)果文件，支持以fastq和fasta格式保存

4.提取標(biāo)準(zhǔn)，提供“次優(yōu)比對(duì)”和“局部比對(duì)”選擇

5.輸入數(shù)據(jù)，支持bam和sam文件格式，以及單端和雙端數(shù)據(jù)

（十四）比對(duì)位置分析

（十五）比對(duì)覆蓋度