SeqSphere+ 微生物全基因組分型數(shù)據(jù)分析軟件

一、Ridom SeqSphere+ 特征：

DNA序列分析工具：
使用集成的 SKESA、Velvet、SPAdes 和 BWA 算法組裝原始reads (FASTQ)。 讀取和分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。 使用 Mash Screen 進行污染檢查。 編輯和分析 NGS 和Sanger DNA 序列數(shù)據(jù)。

序列自動分析流程：
根據(jù)測序質量修剪數(shù)據(jù)、拼接組裝、分析和分型數(shù)百個 NGS 數(shù)據(jù)。

細菌表征：
使用用戶定義的 QC 參數(shù)自動進行細菌分型?；?/span>WGS 數(shù)據(jù)在核心基因組（core genome）和/或附屬基因組（accessory genome）水平查找等位基因和 SNP。使用公共分型方案進行基因分型或使用軟件集成的cgMLST Target Definer進行自定義分型。 使用 NCBI AMRFinder 進行耐藥性預測，使用VFDB數(shù)據(jù)庫進行毒力分析。

數(shù)據(jù)庫：
從數(shù)據(jù)庫中存儲的實驗、流行病學和 DNA 序列數(shù)據(jù)中存儲、搜索、檢索、導出和創(chuàng)建報告。 數(shù)據(jù)字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta數(shù)據(jù)要求。 將新的序列條目與存儲的數(shù)據(jù)進行比較。 自動獲取可能的暴發(fā)提示。 管理和備份所有數(shù)據(jù)（序列和表型數(shù)據(jù)）。 從NCBI下載完整基因組或者基因組草圖或SRA reads。只需單擊一下即可將原始reads和表型數(shù)據(jù)提交到 EBI ENA。

分析工具：
在內(nèi)置 GIS、epi-curve 和系統(tǒng)發(fā)育樹（支持最小生成樹算法等）功能的比較表中可視化地點、時間、“人”和型別等維度。所有維度視圖都是相互鏈接的，并且可以導出可發(fā)表格式（SVG 和 EMF）的圖表。 將樹的著色、拓撲結構和選擇的樣本存儲在比較表快照中。 搜索特定組的 SNP，例如，設計暴發(fā)菌株特異性 PCR 篩選試驗。

用戶友好型：
無需腳本或者復雜生物信息學技能即可運行數(shù)據(jù)分析。

高度自動化流程：
下載預定義的分型方案或基于參考基因組或等位基因庫快速創(chuàng)建您自己的方案。 設置組裝和分析流程以分析數(shù)百個樣品，而無需更進一步的用戶干預。

下載在線分型方案：
與他人共享分型方案，可擴展的公開可用的cgMLST.org 等位基因命名服務器

二、Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析應用

Core & Accessory基因組多位點序列分型和SNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐藥基因分析
毒力因子分析
大腸桿菌和單增李斯特菌基因組血清分型
De novo 組裝 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
四維度（地點、時間、人物、型別）互聯(lián)可視化呈現(xiàn)數(shù)據(jù)
組特異性的SNPs用于開發(fā)特異性的篩選試驗
從NCBI 下載細菌基因組和 SRA FASTQ及 meta 數(shù)據(jù)
EBI ENA 細菌 FASTQ 數(shù)據(jù)和 meta 數(shù)據(jù)上傳

SARS-COV2數(shù)據(jù)分析