新手指南：如何開始CUT&Tag分析？

新手指南：如何開始CUT&Tag分析？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

CUT&Tag作為一種染色質(zhì)分析技術(shù)，以其靈敏度高、背景低、操作便捷而廣受歡迎。然而，許多剛接觸這一技術(shù)的新手可能會感到迷茫：如何快速上手并成功完成CUT&Tag實驗？本文為CUT&Tag新手提供詳細(xì)的入門指南，涵蓋了實驗設(shè)計、試劑選擇、實驗步驟及數(shù)據(jù)分析，幫助您輕松開啟CUT&Tag分析之路。

一、明確實驗?zāi)繕?biāo)與設(shè)計

在啟動實驗前，首先需要明確研究目的：

1、研究的染色質(zhì)靶點（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子）

2、樣本類型與細(xì)胞數(shù)量（推薦從1000-5000個細(xì)胞起步）

3、控制組選擇（IgG抗體或輸入樣本）

明確以上要素后，即可進(jìn)行下一步的具體實驗設(shè)計。

二、bìbèi試劑與耗材清單

CUT&Tag分析成功的關(guān)鍵是選擇合適的試劑和耗材，以下為基礎(chǔ)bìbèi材料：

1、關(guān)鍵試劑

（1）一抗（Primary Antibody）：高特異性，推薦ChIP-grade抗體。

（2）蛋白A/G-Tn5轉(zhuǎn)座酶：核心酶復(fù)合物，推薦選用zhuānyè品牌，如百泰派克生物科技提供的高效穩(wěn)定Tn5融合蛋白。

（3）透化緩沖液與活化緩沖液：推薦使用商業(yè)試劑盒以減少誤差和提高穩(wěn)定性。

2、耗材準(zhǔn)備

（1）低吸附管（low-bind tubes）

（2）PCR管（兼容qPCR與高通量測序）

（3）PCR試劑盒（高保真DNA聚合酶）

（4）DNA純化試劑盒

三、CUT&Tag實驗詳細(xì)步驟解析

下面逐步解析CUT&Tag分析的關(guān)鍵步驟，幫助新手快速上手：

dìyī步：細(xì)胞樣本處理與透化

收集細(xì)胞，推薦以PBS緩沖液洗滌1-2次，懸浮于透化緩沖液中孵育10分鐘，使細(xì)胞膜透化，便于抗體進(jìn)入細(xì)胞核。

第二步：特異性一抗孵育

加入特異性一抗，4℃孵育1-2小時或過夜，確?？贵w充分結(jié)合靶蛋白。

第三步：蛋白A/G-Tn5偶聯(lián)酶復(fù)合物孵育

加入蛋白A/G-Tn5融合酶，室溫或4℃孵育1小時，使復(fù)合物jīngzhǔn靶向定位到染色質(zhì)目標(biāo)區(qū)域。

第四步：轉(zhuǎn)座反應(yīng)（染色質(zhì)片段化與標(biāo)記）

加入Mg2?激活緩沖液，反應(yīng)溫度37℃，反應(yīng)時間通常為5-10分鐘。短時間的孵育確保高效且jīngzhǔn的片段化，避免過度剪切。

第五步：DNA釋放與PCR擴(kuò)增

加入蛋白酶K并短暫加熱（50-55℃孵育30分鐘，隨后95℃孵育10分鐘），釋放標(biāo)記好的DNA片段。使用PCR反應(yīng)對標(biāo)記好的DNA片段進(jìn)行擴(kuò)增，推薦高保真DNA聚合酶進(jìn)行擴(kuò)增，避免PCR引入的突變或偏差。

四、CUT&Tag測序與數(shù)據(jù)分析入門

CUT&Tag分析成功后，得到的DNA片段需要進(jìn)行高通量測序與分析。數(shù)據(jù)分析一般包括以下步驟：

1、測序平臺選擇

常用Illumina平臺進(jìn)行高通量測序，推薦測序深度為每個樣本1000萬-2000萬reads即可滿足多數(shù)分析需求。

2、數(shù)據(jù)質(zhì)控（Quality Control）

使用FastQC、MultiQC工具進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量檢測和評估。

3、數(shù)據(jù)比對與峰值（Peak）鑒定

常用的軟件包括：

（1）Bowtie2/BWA：進(jìn)行測序片段比對至參考基因組。

（2）MACS2：CUT&Tag常規(guī)使用的峰值檢測工具。

4、下游分析與可視化

使用Integrative Genomics Viewer（IGV）可視化峰值和染色質(zhì)分布情況。使用差異分析工具，如DESeq2或EdgeR，分析不同條件或細(xì)胞群體之間的表觀遺傳差異。

五、新手常見問題

1、實驗背景過高怎么辦？

盡可能減少反應(yīng)時間，尤其是轉(zhuǎn)座反應(yīng)環(huán)節(jié)。使用經(jīng)驗證的高質(zhì)量抗體，避免非特異結(jié)合。

2、擴(kuò)增效率低，文庫DNA濃度不足？

可適當(dāng)增加PCR循環(huán)次數(shù)（一般10-15個循環(huán)足夠）。檢查蛋白A/G-Tn5酶的活性及實驗步驟的正確性。

為幫助科研人員高效開展CUT&Tag分析，百泰派克生物科技精心優(yōu)化實驗流程，提供高質(zhì)量的CUT&Tag技術(shù)支持：

• 提供高純度蛋白A/G-Tn5融合酶，確保實驗穩(wěn)定性和高效性。

• 嚴(yán)格質(zhì)控的抗體庫，專為CUT&Tag實驗優(yōu)化設(shè)計。

• 全面的技術(shù)支持服務(wù)，協(xié)助新手迅速排除實驗障礙，快速獲得可靠數(shù)據(jù)。

新手科研人員只需遵循上述步驟，結(jié)合高質(zhì)量的試劑與技術(shù)支持，便可輕松完成從實驗設(shè)計到數(shù)據(jù)分析的全流程。百泰派克生物科技致力于為科研人員提供jīngzhǔn可靠的CUT&Tag分析服務(wù)，幫助科研人員順利開啟表觀遺傳學(xué)研究新篇章。從現(xiàn)在起，和百泰派克生物科技一起，邁出CUT&Tag研究dìyī步，開啟更高效、更jīngzhǔn的表觀遺傳探索之路吧！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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