目前已有許多可供選用的蛋白質(zhì)抗原表位作圖方法，如用于研究抗原抗體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)，或分析龐大的隨機(jī)肽鏈序列庫(kù)等。競(jìng)爭(zhēng)分析法、基因表達(dá)分析法和合成肽鏈分析法等是應(yīng)用以及技術(shù)zui成熟的方法。

推薦使用表位作圖方法和基本條件

 

    通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)分析法進(jìn)行表位作圖是應(yīng)用非常廣泛的一種方法，該法能夠快速鑒定兩種不同的單克隆抗體是否能夠與同一蛋白質(zhì)抗原結(jié)合，或他們與蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)是否重疊。如果兩種抗體結(jié)合同一位點(diǎn)，兩者就不可能同時(shí)與一特定抗原結(jié)合。這種方法可以通過(guò)標(biāo)記已知抗原或標(biāo)記已知抗體用于不同類型的檢測(cè)中。常用的方法是用抗原包被96孔板，用未標(biāo)記的抗體1去封閉抗原與標(biāo)記抗體2的結(jié)合位點(diǎn)，通?？捎梅派湫酝凰鼗蛎笜?biāo)記。

 

    通過(guò)一組單克隆抗體在競(jìng)爭(zhēng)分析法中的應(yīng)用，使得一系列蛋白質(zhì)抗原的空間結(jié)構(gòu)表位得以確定，該方法非常通用而且十分準(zhǔn)確。例如，用這種方法已經(jīng)確定了10多種SV40大T抗原上獨(dú)立的表位（Gannon和Lane 1990）。這種方法特別適用于鑒定針對(duì)特殊蛋白的新的單克隆抗體與識(shí)別同樣抗原的其他單克隆抗體的差異（Wagener等1983，1984；Kuroki等1990，1992a，b）。此法既可用于與構(gòu)象表位結(jié)合的抗體，也可用于與線性表位結(jié)合的抗體分析。

 

    第二種表位作圖法是基于將蛋白抗原消化成較小的片段，然后再檢測(cè)抗體是否與其中那些片段結(jié)合的方法。過(guò)去常用化學(xué)法和蛋白酶降解法使抗原蛋白質(zhì)變成較小片段。這些方法仍然實(shí)用，但隨著重組蛋白質(zhì)表達(dá)系統(tǒng)的建立，可用重組基因方法得到蛋白質(zhì)小片段。但此種方法要求隨機(jī)地或者特異性地構(gòu)建編碼蛋白質(zhì)小片段的開(kāi)放閱讀框，表達(dá)蛋白質(zhì)片段。并需采用相應(yīng)的方法檢測(cè)抗體與表達(dá)蛋白質(zhì)片段發(fā)生反應(yīng)的特異性。

 

    在該項(xiàng)研究中，利用DNA片段表達(dá)技術(shù)表達(dá)重組蛋白質(zhì)的方法很多，包括從基因片段的*合成（Alexander等，1992）到利用噬菌體顆粒表面呈現(xiàn)等技術(shù)，表達(dá)通過(guò)DNA酶消化產(chǎn)生DNA開(kāi)放閱讀框的隨機(jī)片段（Petersen等，1995；Fack等，1997）。

 

    所有這些方法均是有效的，因?yàn)橹恍枰磉_(dá)小量的蛋白質(zhì)來(lái)檢測(cè)抗體是否能與之結(jié)合。在使用中只要有少量的蛋白質(zhì)正確的折疊，將可使該方法出現(xiàn)抗原抗體的陽(yáng)性結(jié)合反應(yīng)，所以該方法可以用在線性表位和構(gòu)象表位的抗原表位作圖。

 

    下面將舉一個(gè)有用的例子，即通過(guò)PCR擴(kuò)增得到已知的基因片段，然后通過(guò)轉(zhuǎn)錄和翻譯，在體外表達(dá)，表達(dá)的蛋白抗原用同位素標(biāo)記。抗體與標(biāo)記同位素的抗原結(jié)合，并利用免疫沉淀法和凝膠電泳法鑒定。

 

    第三種表位作圖的方法僅用在抗體與短的線性肽鏈表位結(jié)合的免疫印跡方法中，這些抗體結(jié)合的表位是利用噬菌體呈現(xiàn)技術(shù)將較大的隨機(jī)抗原肽序列庫(kù)表達(dá)在噬菌體表面，并進(jìn)行鑒定。同時(shí)，也可分析大量隨機(jī)合成肽鏈庫(kù)。此外，還有更加簡(jiǎn)便的方法，即含有抗原表位的蛋白質(zhì)氨基酸序列或其基因片段，可以通過(guò)合成（或購(gòu)買）已知可折疊的蛋白質(zhì)肽鏈庫(kù)而獲得。這些肽鏈庫(kù)能夠利用簡(jiǎn)單的抗原抗體結(jié)合反應(yīng)即可證實(shí)，同時(shí)可鑒定5～15個(gè)氨基酸長(zhǎng)度的線性表位。