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Nature重大成果:腫瘤單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)
閱讀:583 發(fā)布時(shí)間:2011-4-9生物通報(bào)道:來(lái)自冷泉港實(shí)驗(yàn)室,德州大學(xué)MD Anderson癌癥研究中心的研究人員通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序分析了腫瘤,揭示了來(lái)自?xún)蓚€(gè)患者的乳腺癌的種群結(jié)構(gòu),挑戰(zhàn)了傳統(tǒng)的腫瘤進(jìn)展?jié)u進(jìn)模型,對(duì)于癌癥預(yù)后及階段確定具有重要的臨床意義。這一重要的研究成果公布在昨天出版的Nature雜志上。
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這種單細(xì)胞測(cè)序方法即single cell sequencing(SNS),這種方法能準(zhǔn)確定量一個(gè)單細(xì)胞核中基因拷貝數(shù)目。癌細(xì)胞中,基因組部分被刪除,或者擴(kuò)增,從而引起關(guān)鍵基因的缺失,或者表達(dá)過(guò)量,干擾正常細(xì)胞生長(zhǎng),因此利用這種方法就能分析基因拷貝數(shù)目,從而診斷癌癥。
腫瘤已知在遺傳上是異質(zhì)性的,但要在單細(xì)胞層面上來(lái)解剖這種異質(zhì)性卻有困難。而在這篇文章中,研究人員將全基因組放大方法與對(duì)通過(guò)熒光激發(fā)的細(xì)胞分揀(cell sorting)分離出的單核的測(cè)序結(jié)合在一起,分析了來(lái)自?xún)蓚€(gè)患者的乳腺癌的種群結(jié)構(gòu)。研究人員發(fā)現(xiàn)在這兩個(gè)乳腺癌患者的樣品中,腫瘤生長(zhǎng)都是通過(guò)斷續(xù)的克隆表達(dá)實(shí)現(xiàn)的,幾乎沒(méi)有持久的中間體,這與之前的腫瘤進(jìn)展的很多漸進(jìn)模型不同。
一直以來(lái),科學(xué)家們都認(rèn)為癌癥是細(xì)胞水平上的單個(gè)克隆疾病,從進(jìn)化上來(lái)說(shuō),就是所謂的“成功”腫瘤細(xì)胞——即能將其遺傳模板傳遞給下一代腫瘤細(xì)胞。癌細(xì)胞包含能快速擴(kuò)散的惡性克隆,也就是說(shuō),這些是在生長(zhǎng)腫瘤的宿主環(huán)境中zui適生長(zhǎng)的克隆,分析這些克隆能有助于了解為什么癌癥如此頑固,難以治療,以及它們是如何在毒性療法中存活下來(lái)的。
科學(xué)家們認(rèn)為癌細(xì)胞常常能在周?chē)┘?xì)胞的基礎(chǔ)上進(jìn)化,因此遺傳異質(zhì)性的腫瘤細(xì)胞群體由于逐步的進(jìn)化,而變成了不同階段的化合物,但是在這篇文章中,來(lái)自冷泉港實(shí)驗(yàn)室的研究人員則認(rèn)為這種進(jìn)化更傾向于間斷化的。
研究人員分析的第二種乳腺癌樣品是單基因型的,研究人員發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移至肝臟的腫瘤在基因型上非常接近,這些亞群并沒(méi)有混合在一起。文章采用了一種稱(chēng)為染色體斷點(diǎn)分析(chromosomal breakpoint analysis)的方法,來(lái)分析不同腫瘤細(xì)胞亞群之間的。許多腫瘤細(xì)胞(大約30%)都混合包含有DNA缺失和增加的清楚,從而就總體DNA數(shù)目而言,看上去和正常細(xì)胞一樣,研究人員將這種細(xì)胞稱(chēng)為假二倍體(pseudodiploid),并采用新技術(shù)鑒別了這種細(xì)胞——利用傳統(tǒng)的方法是無(wú)法分辨這些細(xì)胞與正常細(xì)胞的。有人認(rèn)為這種細(xì)胞是未來(lái)克隆事件的潛在來(lái)源,還有人認(rèn)為這種細(xì)胞對(duì)于腫瘤轉(zhuǎn)移意義重大。
要想在分子水平上通過(guò)腫瘤生長(zhǎng)特性來(lái)區(qū)分腫瘤的種類(lèi)是一件非常困難的事情,這只能在臨床上分析實(shí)際患者才能得知。而基礎(chǔ)研究認(rèn)為癌癥是高度異質(zhì)化的,這也就是說(shuō)某種類(lèi)型的癌癥,比如說(shuō)乳腺癌,或者肺癌,結(jié)腸癌,都是分屬于許多不同的癌癥亞類(lèi),研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多癌癥類(lèi)型的*標(biāo)記。
在這項(xiàng)研究中,研究人員首先準(zhǔn)備了兩個(gè)預(yù)知類(lèi)型的癌癥樣品,這兩個(gè)樣品都屬于一種原發(fā)性侵入乳腺癌:所謂的三陰乳腺癌(triple-negative)類(lèi)型——這種類(lèi)型的乳腺癌侵襲性。其中一個(gè)樣品通過(guò)之前的分析,確定為多基因組型(polygenomic):由不同腫瘤細(xì)胞類(lèi)型組成,其拷貝數(shù)目,基因組類(lèi)型,以及變化過(guò)程通過(guò)傳統(tǒng)方法是無(wú)法進(jìn)行檢測(cè)的;另外一個(gè)樣品是單基因組型(monogenomic):由單個(gè)遺傳類(lèi)型細(xì)胞組成,不同于前一個(gè)樣品,這個(gè)樣品已經(jīng)轉(zhuǎn)移到了肝臟,這些樣品都進(jìn)行了進(jìn)一步分析。
研究人員通過(guò)SNS分析方法——全基因組擴(kuò)增,以及新一代測(cè)序方法,發(fā)現(xiàn)事實(shí)上,這三種不同類(lèi)型的腫瘤細(xì)胞亞群都是存在的,每個(gè)亞群都由高度相似的拷貝數(shù)目的細(xì)胞組成,研究人員認(rèn)為這很可能代表了腫瘤的三種不同克隆表達(dá)。這一新型的單細(xì)胞測(cè)序在其成本降低之后,對(duì)于癌癥預(yù)后及階段確定很可能具有臨床意義。