rpoB是RNA聚合酶p亞單位編碼基因，具有較高的保守性，不同桿菌的rpoB序列特征比較一致，炭疽桿菌rpoB基因至少存在4個穩(wěn)定的變異位點。在研究早期，Patra等發(fā)現(xiàn)炭疽桿菌基因組特異性序列BA813（位于rpoB內(nèi)部）能夠區(qū)分炭疽桿菌和其他桿菌，可以用于分子診斷。根據(jù)變異位點序列特征，Qi等成功地設(shè)計了FRET熒光探針實時定量PCR檢測體系。Levine等利用該序列成功檢測出福爾馬林固定組織的炭疽桿菌。但也有人報道，利用BA813序列設(shè)計的檢測體系與其他桿菌存在交叉反應(yīng)。

 

    gyrB基因是DNA拓撲酶U（topoisomeraseⅡ）的ATP酶區(qū)域的編碼序列，長約2kb。通過序列比較和DNA雜交發(fā)現(xiàn)，炭疽桿菌gyrB基因序列比16SrRNA更加具有自身特點，可以作為診斷標志性序列。這些高度保守基因序列基本一致，但少數(shù)位點上存在穩(wěn)定變異。因此，利用這些序列作為炭疽桿菌檢測的標志，對檢測引物或探針的設(shè)計要求比較嚴格，同時也增加了出現(xiàn)假陽性結(jié)果的可能。此外，16-23SRNAs及拓撲異構(gòu)酶A、拓撲異構(gòu)酶B亞單位編碼基因間隔序列分析，對于診斷和鑒定炭疽桿菌亦有重要價值。