被烷基化或脫氨基的DNA堿基，在一個保護基因組完整性、但同時又會干預(yù)癌癥烷基化療法的過程中被DNA糖基化酶（修復(fù)酶）清除。迄今所研究的DNA糖基化酶采用一個被修飾的堿基插入活性點的機制。

現(xiàn)在，zui近發(fā)現(xiàn)的DNA糖基化酶AlkD的結(jié)構(gòu)已被確定，并且也顯示了一個非常不同的機制。按這種機制，被修飾的堿基從一個“螺旋外”位置伸出，這個位置只使N3- 和N7-被烷基化的堿基發(fā)生解理。

DNA與AlkD的串聯(lián)HEAT重復(fù)段的相互作用使DNA 骨干發(fā)生扭曲，從而使“非Watson–Crick堿基對”能夠被檢測到。AlkD酶在細菌、古細菌、植物和真核生物中普遍存在，這便提出了一個有趣的問題：為什么消除基因組烷基化損傷會有另一種機制？（生物谷）