Feulgen stain 的原理是DNA經(jīng)溫和的弱酸(例如鹽酸)水解后，嘌呤堿與脫氧核糖間的糖苷鍵被打開(kāi)，并且使脫氧核糖與磷酸間的磷酯鍵斷開(kāi)，在脫氧核糖的一端形成游離的醛基。醛基在原位與Schiff reagent結(jié)合，形成紫紅色化合物，使細(xì)胞內(nèi)含有DNA的部位呈紫紅色。紫紅色的產(chǎn)生是因?yàn)榉磻?yīng)產(chǎn)物的分子內(nèi)有醌基（醌基是一個(gè)具有顏色的發(fā)色團(tuán)），所以凡含有DNA的部位，就呈紫紅色。
    染色后用SO2水洗片，目的是洗去多余的非特異性色素及擴(kuò)散的染料。亞硫酸可與堿性品紅反應(yīng)生成品紅亞硫酸，從而可以將用schiff劑染色時(shí)所殘留的堿性品紅反應(yīng)掉。使其更加清晰、潔凈。