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小型手持智能型高光譜相機(jī)如何進(jìn)行植物表型鑒定和病害檢測(cè)?

時(shí)間:2018-3-29閱讀:2545

導(dǎo)讀 

 

    高光譜成像傳感器是近幾年研究用于監(jiān)測(cè)不同環(huán)境中農(nóng)作物和植被的有效工具。植物的生理學(xué),形態(tài)學(xué)或生物化學(xué)信息可以通過非接觸的方式以及不同尺度下評(píng)估。例如,用高光譜傳感器用于植物表型分析或農(nóng)業(yè)中的生理脅迫研究。截至目前,市面上有各種非成像和成像高光譜傳感器可供選擇,這些儀器進(jìn)行測(cè)量的過程相當(dāng)復(fù)雜。因此,現(xiàn)代化檢測(cè)及研究中對(duì)易于用戶操作的高光譜傳感器的需求日益增加。芬蘭發(fā)布的款新型小型手持式智能型高光譜相機(jī)——SPECIM IQ,就是基于用戶的現(xiàn)代化便攜操作而設(shè)計(jì)的SPECIM IQ的機(jī)身小巧輕便,只有1.3kg,實(shí)現(xiàn)輕松手持操作;同時(shí)在相機(jī)中直接集成了操作控制系統(tǒng),通過相機(jī)自帶的觸摸屏就可實(shí)時(shí)實(shí)現(xiàn)基本數(shù)據(jù)的采集和分析過程(如預(yù)處理和分類例程),實(shí)現(xiàn)智能化操作。便攜手持、現(xiàn)場(chǎng)實(shí)時(shí)快速檢測(cè)、全自動(dòng)智能分析、高質(zhì)量數(shù)據(jù),相信 SPECIM IQ 如此多的現(xiàn)代化征會(huì)讓您的高光譜研究更加得心應(yīng)手!

    以下我們將SPECIM IQ采集的高光譜數(shù)據(jù)與已經(jīng)十分成熟高光譜成像儀技術(shù)SPECIM V10E 進(jìn)行定性對(duì)比,發(fā)現(xiàn)SPECIM IQ便攜手持的設(shè)計(jì)并未影響到相機(jī)的數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性,致地獲得了高質(zhì)量高光譜數(shù)據(jù)。同時(shí),手持智能型SPECIM IQ還可以實(shí)現(xiàn)對(duì)植物表型的鑒定以及病害研究檢測(cè)等,在植物科學(xué)研究及其他域具有無限可能。

 

1、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ與SPECIM V10E的定性對(duì)比

  

    通過與性能的SPECIM V10E相機(jī)對(duì)比,我們?cè)u(píng)估了新型SPECIM IQ的成像質(zhì)量。SPECIM V10E在推掃式高光譜相機(jī)域是款具有代表性且*的產(chǎn)品,與SPECIM IQ具有相同的光譜范圍(400-1000nm)。在實(shí)驗(yàn)過程中,通過采用4倍的光譜合并,達(dá)到與SPECIM IQ相似的光譜采集,共有211個(gè)波段,每行數(shù)據(jù)具有1600個(gè)像素。研究人員用兩款設(shè)備分別在室內(nèi)(鹵素?zé)艄庠矗┖褪彝猓ㄗ匀还夤庠矗?duì)具有不同顏色的樣本:紙片和聚乙烯膠片,進(jìn)行了高光譜數(shù)據(jù)采集和對(duì)比。

 

 圖1 智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ(207mm*91mm*74mm) 

    經(jīng)過對(duì)比,得到如圖2所示結(jié)果。對(duì)相同樣本,兩款設(shè)備采集的光譜形狀高度重合:實(shí)驗(yàn)室的平均值是0.009,室外平均值為0.043。SPECIM IQ和SPECIM V10E的平均標(biāo)準(zhǔn)偏差分別為室內(nèi)(0.017和0.021)和室外相同(0.029和0.029),但SPECIM IQ更為均,SPECIM V10E在光譜邊界處具有更高的噪聲水平(400 -450nm和400-450nm)900-1000nm,見圖2)。研究表明,除了925-970nm范圍內(nèi)的大氣水汽吸收帶之外,周圍光譜的原始信號(hào)較弱,導(dǎo)致反射信號(hào)的快速增加。

 

圖2 平均光譜包含綠色紙片(A)和紫色聚乙烯片(B)的標(biāo)準(zhǔn)差,C表示室內(nèi)測(cè)試的不同顏色的樣本  

圖3 室外數(shù)據(jù)的光譜對(duì)比(A-D):綠色紙片、暗黃色紙片、紫色聚乙烯膠片以及藍(lán)色聚乙烯膠片

 

2、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ對(duì)擬南芥的生理脅迫研究

 

    通過植被指數(shù)可評(píng)估不同狀態(tài)下植被的生理結(jié)構(gòu)和功能性,包括生物量、冠層結(jié)構(gòu)、葉面積指數(shù)、葉綠素含量以及植物冠層的光用效率等。研究人員用SPECIM IQ對(duì)擬南芥的兩個(gè)變種在脅迫狀態(tài)下的生理狀態(tài)分別進(jìn)行了研究。由于缺乏PsbS蛋白質(zhì)和紫黃質(zhì)脫環(huán)氧化酶,擬南芥的變種樣本對(duì)光能量用能力減弱(非光化學(xué)淬滅),但在室溫條件下可正常發(fā)育,在高光照條件下,突變體可能受光損傷,這些都是肉眼無法察覺的。用SPECIM IQ對(duì)18個(gè)樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)采集,并對(duì)所采集的數(shù)據(jù)進(jìn)行植被指數(shù)計(jì)算,在此基礎(chǔ)上,對(duì)樣本的葉綠素含量和類胡蘿卜素轉(zhuǎn)化的敏感程度進(jìn)行了評(píng)估(圖4)。 

圖4  在非脅迫適應(yīng)(NSA)和脅迫適應(yīng)(SA)擬南芥野生型(Col-0)和PQ缺陷突變體(npq1和npq4)之間觀察到的差異。 左側(cè)面板顯示選定感興趣區(qū)域的假彩色圖像(A); NDVI(C); REIP(E); 和由SPECIM IQ采集數(shù)據(jù)計(jì)算的PRI(G)。 右側(cè)面板顯示計(jì)算出的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差(B); NDVI(D); REIP(F); 和PRI(H)從三個(gè)單的植物隨機(jī)分布在成像框架,不同的字母表示基于LSD的顯著差異(a = 0.05)。 

    研究表明,SPECIM IQ可用于擬南芥中葉綠素(NDVI)和葉黃素(PRI)的含量的檢測(cè),并能評(píng)估植株樣本的狀態(tài)。通過驗(yàn)證具有代表性的植被指數(shù),可為其它植被指數(shù)的評(píng)估計(jì)算提供樣例,并為在植被研究域獲得更多生理信息奠定了基礎(chǔ)。

 

3、手持智能型高光譜相機(jī)SPECIM IQ對(duì)大麥白粉病的研究 

 

    高光譜成像作為非接觸式的測(cè)量傳感器,在植物疾病嚴(yán)重程度與宿主植物對(duì)定植物病原體的易感性的評(píng)估方面有很大的應(yīng)用。本研究用SPECIM IQ評(píng)估了不同大麥品種在冠層尺度上的白粉病嚴(yán)重程度,并對(duì)品種Milford和Tocada進(jìn)行了4個(gè)和7個(gè)不同的白粉病易感性等的比較。研究準(zhǔn)確地檢測(cè)了兩個(gè)品種的白粉病癥狀,并通過高光譜成像結(jié)合數(shù)據(jù)分析方法評(píng)估品種的不同疾病嚴(yán)重程度。

    研究人員用SPECIM IQ對(duì)在溫室中培養(yǎng)的360個(gè)大麥植物樣本(穩(wěn)定的漫射光條件下培養(yǎng))進(jìn)行檢測(cè),并使用的白色參考板(見圖5)和SPECIM IQ的內(nèi)置功能對(duì)高光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行歸化。研究人員用SPECIM IQ Studio的光譜角匹配方法(SAM)進(jìn)行感染檢測(cè)并與支持向量機(jī)分類(SVM)方法進(jìn)行對(duì)比,檢測(cè)到上部葉中具有類似病狀的區(qū)域。

 

圖5 使用光譜角匹配(SAM)和支持向量機(jī)(SVM)對(duì)白粉病進(jìn)行分類,圖像左側(cè)包含白色參考面板

    研究表明,大麥白粉病的樣本檢測(cè)到的疾病癥狀分別為所有植物像素的25.8%和4.4%,而健康部分只有2.0%和2.2%?,F(xiàn)有的錯(cuò)誤分類主要是白色參考邊界處(看起來像葉面上的白色菌絲體)混合像素的影響。為了消除這種系統(tǒng)偏差,通過減去錯(cuò)誤分類像素量來確定疾病嚴(yán)重程度,預(yù)測(cè)分析的品種的2.2%至23.7%的強(qiáng)烈差異。因此,SPECIM IQ可用來測(cè)量評(píng)估復(fù)雜冠層的疾病嚴(yán)重性,控制光源照明條件保證高信號(hào)質(zhì)量,此項(xiàng)研究也證明SPECIM IQ空間分辨率足以確定大麥葉片上的單癥狀。

 

4、總結(jié)

 

    手持智能型SPECIM IQ相機(jī)在植物生理和病害檢測(cè)中具有巨大潛力。通過SPECIM IQ與SPECIM V10E室內(nèi)和室外環(huán)境中對(duì)不同材質(zhì)色卡輻射測(cè)量評(píng)估,得到兩者的光譜性高度致性。根據(jù)植被指數(shù)分析得到的結(jié)果表明手持智能型SPECIM IQ在植物研究和表型分型策略的背景下的應(yīng)用潛力:對(duì)于白粉病的評(píng)估,表明SPECIM IQ具有足夠的測(cè)量能力,并且與SVM相結(jié)合,在量化中對(duì)視覺評(píng)估的高度致性。

    作為智能型的高光譜相機(jī)設(shè)備,手持式SPECIM IQ除具有高精度的數(shù)據(jù)質(zhì)量外,其設(shè)備本身具有高緊湊性、可移動(dòng)性強(qiáng)和快速集成處理能力,為科技新域的應(yīng)用創(chuàng)造了有條件。手持智能型SPECIM IQ的發(fā)布讓高光譜傳感器技術(shù)以實(shí)驗(yàn)室設(shè)備的質(zhì)量水平傳輸?shù)綔厥液同F(xiàn)場(chǎng),而無需任何載體平臺(tái)或控制和存儲(chǔ)設(shè)備,因此,該款設(shè)備的誕生無疑可以支持各個(gè)場(chǎng)景下的不同應(yīng)用,并推動(dòng)現(xiàn)代高光譜技術(shù)在更多域的發(fā)展和影響。  

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