根據(jù)流行病學、臨床癥狀，只能做出初步診斷，確診需采集發(fā)病動物的血液、內(nèi)臟器官、糞便或采取流產(chǎn)胎兒胃內(nèi)容物、肝、脾組織，做沙門菌的分離和鑒定。病原學檢測，傳統(tǒng)方法、分子生物學方法、免疫學方法等。血清學檢測：對血清中抗體的檢測（瓊擴、ELISA、免疫熒光等）。

1．細菌的分離及鑒定
用于沙門菌分析的傳統(tǒng)方法總體可分四個不同階段或步驟。*步是增菌，將樣品加到一種高營養(yǎng)、無選擇性的培養(yǎng)基中，溫度37~C，使沙門菌復(fù)蘇及使所有微生物生長。第二步是選擇性增菌步驟，它使沙門菌生長而使肉湯中同時存在的微生物數(shù)量減少，目前應(yīng)用的主要有如下3種類型的培養(yǎng)基：連四硫基鹽肉湯、硒酸鹽胱氨酸肉湯和RV（rappaport-vassiliadis）培養(yǎng)基。由于沒有任何一種培養(yǎng)基可以全面地保持所有食品基質(zhì)或各種沙門菌血清型，所以，較適當?shù)淖龇ň褪鞘褂脙煞N培養(yǎng)基平行地進行試驗。第三步是細菌分離，即選擇性培養(yǎng)物在含一種或多種抑制非沙門菌生長制劑的瓊脂乎板上劃線培養(yǎng)，然后對平板上肉眼可見的特征性菌落進行確認，并對該菌落分離物進行一系列生化和血清學檢測。第四步是生化鑒定和血清分型，得出結(jié)論。傳統(tǒng)沙門菌檢測法全過程需時至少4—7天，才能得出明確的診斷結(jié)果。在對檢測菌株進行血清學鑒定時，應(yīng)注意沙門菌抗原并非沙門菌所*，已知弗氏檸檬酸桿菌和大腸埃希菌的許多抗原與沙門菌的抗原*或部分相同。

2．嗜菌體裂解分屬診斷法
該方法是利用噬菌體對于細菌的裂解作用具有型的特異性或種和屬的特異性這一原理進行的。該方法主要分為四個步驟，先將樣本按常規(guī)方法進行前增菌后，劃線接種于鑒別平板，于37~C培養(yǎng)過夜。挑取可疑菌落于2ml胨水管內(nèi)，使每毫升含細菌約50萬一100萬個。將備好的營養(yǎng)瓊脂平板在37~C烘干表面水分，待平板上菌液干后，用微量加樣器依次加人噬菌體，然后再將平板培養(yǎng)6h以上，觀察結(jié)果。根據(jù)不同噬菌體對其的裂解率，判定檢測結(jié)果。對1181株沙門菌和323株其他菌株進行沙門菌噬菌體O-I裂解試驗，結(jié)果表明沙門菌裂解率為99．5％，而非沙門菌裂解率為0．3l％。何曉青等發(fā)現(xiàn)一種腸桿菌科分屬診斷噬菌體，鑒定沙門菌只要6min，加上培養(yǎng)菌落時間只需2天。張碧波等在應(yīng)用噬菌體快速檢測沙門菌時，對100個腸桿菌菌株進行噬菌體O-I裂解試驗，30株沙門菌全部為陽性，而其余非沙門菌全部為陰性，與前人的研究結(jié)果一致。因此，應(yīng)用沙門菌噬菌體O—I裂解試驗對沙門菌的檢測是可靠的。

3．基于代謝產(chǎn)物酶活性的檢測方法
沙門菌在其生長繁殖過程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應(yīng)的底物和指示劑，將它們配制在相關(guān)的培養(yǎng)基中。這種技術(shù)將傳統(tǒng)的細菌分離與生化反應(yīng)有機地結(jié)合起來，并使得檢測結(jié)果直觀，成為今后微生物檢測發(fā)展的一個重要發(fā)展方向。
據(jù)Manafi等報道，沙門菌屬（包括各亞屬）均產(chǎn)生辛酯酶，這一性能是腸桿菌科除沙雷菌屬外其他各屬細菌所不具備的，因此可用來鑒別沙門菌與腸桿菌科其他屬細菌。近來，意大利Biolife公司的試劑“MUCAP Test’可用于檢測腸桿菌科細菌、假單胞菌屬、氣單胞菌屬和類志賀鄰單胞菌，該法對沙門菌有很高的敏感性和特異性，操作也十分簡便、快速。中華人民共和國進出口商品檢驗行業(yè)標準SN 0332—94即為用4—甲基傘形酮辛酯（MUCAP）試劑對沙門菌進行檢驗的方法。