根據(jù)流行病學(xué)、臨床癥狀，只能做出初步診斷，確診需采集發(fā)病動(dòng)物的血液、內(nèi)臟器官、糞便或采取流產(chǎn)胎兒胃內(nèi)容物、肝、脾組織，做沙門(mén)菌的分離和鑒定。病原學(xué)檢測(cè)，傳統(tǒng)方法、分子生物學(xué)方法、免疫學(xué)方法等。血清學(xué)檢測(cè)：對(duì)血清中抗體的檢測(cè)（瓊擴(kuò)、ELISA、免疫熒光等）。

1．細(xì)菌的分離及鑒定
用于沙門(mén)菌分析的傳統(tǒng)方法總體可分四個(gè)不同階段或步驟。*步是增菌，將樣品加到一種高營(yíng)養(yǎng)、無(wú)選擇性的培養(yǎng)基中，溫度37~C，使沙門(mén)菌復(fù)蘇及使所有微生物生長(zhǎng)。第二步是選擇性增菌步驟，它使沙門(mén)菌生長(zhǎng)而使肉湯中同時(shí)存在的微生物數(shù)量減少，目前應(yīng)用的主要有如下3種類(lèi)型的培養(yǎng)基：連四硫基鹽肉湯、硒酸鹽胱氨酸肉湯和RV（rappaport-vassiliadis）培養(yǎng)基。由于沒(méi)有任何一種培養(yǎng)基可以全面地保持所有食品基質(zhì)或各種沙門(mén)菌血清型，所以，較適當(dāng)?shù)淖龇ň褪鞘褂脙煞N培養(yǎng)基平行地進(jìn)行試驗(yàn)。第三步是細(xì)菌分離，即選擇性培養(yǎng)物在含一種或多種抑制非沙門(mén)菌生長(zhǎng)制劑的瓊脂乎板上劃線(xiàn)培養(yǎng)，然后對(duì)平板上肉眼可見(jiàn)的特征性菌落進(jìn)行確認(rèn)，并對(duì)該菌落分離物進(jìn)行一系列生化和血清學(xué)檢測(cè)。第四步是生化鑒定和血清分型，得出結(jié)論。傳統(tǒng)沙門(mén)菌檢測(cè)法全過(guò)程需時(shí)至少4—7天，才能得出明確的診斷結(jié)果。在對(duì)檢測(cè)菌株進(jìn)行血清學(xué)鑒定時(shí)，應(yīng)注意沙門(mén)菌抗原并非沙門(mén)菌所*，已知弗氏檸檬酸桿菌和大腸埃希菌的許多抗原與沙門(mén)菌的抗原*或部分相同。

2．嗜菌體裂解分屬診斷法
該方法是利用噬菌體對(duì)于細(xì)菌的裂解作用具有型的特異性或種和屬的特異性這一原理進(jìn)行的。該方法主要分為四個(gè)步驟，先將樣本按常規(guī)方法進(jìn)行前增菌后，劃線(xiàn)接種于鑒別平板，于37~C培養(yǎng)過(guò)夜。挑取可疑菌落于2ml胨水管內(nèi)，使每毫升含細(xì)菌約50萬(wàn)一100萬(wàn)個(gè)。將備好的營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板在37~C烘干表面水分，待平板上菌液干后，用微量加樣器依次加人噬菌體，然后再將平板培養(yǎng)6h以上，觀(guān)察結(jié)果。根據(jù)不同噬菌體對(duì)其的裂解率，判定檢測(cè)結(jié)果。對(duì)1181株沙門(mén)菌和323株其他菌株進(jìn)行沙門(mén)菌噬菌體O-I裂解試驗(yàn)，結(jié)果表明沙門(mén)菌裂解率為99．5％，而非沙門(mén)菌裂解率為0．3l％。何曉青等發(fā)現(xiàn)一種腸桿菌科分屬診斷噬菌體，鑒定沙門(mén)菌只要6min，加上培養(yǎng)菌落時(shí)間只需2天。張碧波等在應(yīng)用噬菌體快速檢測(cè)沙門(mén)菌時(shí)，對(duì)100個(gè)腸桿菌菌株進(jìn)行噬菌體O-I裂解試驗(yàn)，30株沙門(mén)菌全部為陽(yáng)性，而其余非沙門(mén)菌全部為陰性，與前人的研究結(jié)果一致。因此，應(yīng)用沙門(mén)菌噬菌體O—I裂解試驗(yàn)對(duì)沙門(mén)菌的檢測(cè)是可靠的。

3．基于代謝產(chǎn)物酶活性的檢測(cè)方法
沙門(mén)菌在其生長(zhǎng)繁殖過(guò)程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應(yīng)的底物和指示劑，將它們配制在相關(guān)的培養(yǎng)基中。這種技術(shù)將傳統(tǒng)的細(xì)菌分離與生化反應(yīng)有機(jī)地結(jié)合起來(lái)，并使得檢測(cè)結(jié)果直觀(guān)，成為今后微生物檢測(cè)發(fā)展的一個(gè)重要發(fā)展方向。
據(jù)Manafi等報(bào)道，沙門(mén)菌屬（包括各亞屬）均產(chǎn)生辛酯酶，這一性能是腸桿菌科除沙雷菌屬外其他各屬細(xì)菌所不具備的，因此可用來(lái)鑒別沙門(mén)菌與腸桿菌科其他屬細(xì)菌。近來(lái)，意大利Biolife公司的試劑“MUCAP Test’可用于檢測(cè)腸桿菌科細(xì)菌、假單胞菌屬、氣單胞菌屬和類(lèi)志賀鄰單胞菌，該法對(duì)沙門(mén)菌有很高的敏感性和特異性，操作也十分簡(jiǎn)便、快速。中華人民共和國(guó)進(jìn)出口商品檢驗(yàn)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)SN 0332—94即為用4—甲基傘形酮辛酯（MUCAP）試劑對(duì)沙門(mén)菌進(jìn)行檢驗(yàn)的方法。