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Cell:復(fù)雜基因調(diào)控,或是“無心插柳”之作
2013-11-8 閱讀(399)
相比于低等細(xì)菌人類無疑是優(yōu)雅、高等、復(fù)雜的生物,這一點(diǎn)或許看起來顯而易見,但就基因而論,一位加州大學(xué)舊金山分校的科學(xué)家卻想要轉(zhuǎn)變對(duì)于人類和細(xì)菌進(jìn)化的傳統(tǒng)看法。
加州大學(xué)舊金山分校的生物化學(xué)和生物物理學(xué)教授Hiten Madhani認(rèn)為,引導(dǎo)我們基因活性的分子并非是一群井然有序、協(xié)調(diào)運(yùn)作的運(yùn)動(dòng)選手,而是像一群酸腐的官僚阻礙工作,造成了不必要的效率低下。與之相比,細(xì)菌能夠有效率地執(zhí)行這些過程,較少挫折表達(dá)自身的基因。
Madhani在發(fā)表于11月7日《細(xì)胞》(Cell)雜志上,一篇題為“The Frustrated Gene: Origins of Eukaryotic Gene Expression”的文章中,陳述了自己的觀點(diǎn)。
盡管Madhani的想法是受到他自身的研究發(fā)現(xiàn)的刺激所產(chǎn)生,但他卻將他的Cell論文描述為是一個(gè)“如此”( just so)的故事。這一向傳統(tǒng)觀點(diǎn)提出挑戰(zhàn)的猜測(cè),到目前為止還缺乏支持它的數(shù)據(jù)。他表示這一妙想源自于的科學(xué)家、諾貝爾獲得者Sydney Brenner。“生物學(xué)淹沒在了數(shù)據(jù)的海洋中,但它需要新的理論,”Madhani說。
Madhani說,大多數(shù)的科學(xué)家們都認(rèn)為,在人類細(xì)胞中引導(dǎo)基因表達(dá)和蛋白質(zhì)生成的分子機(jī)制必須非常復(fù)雜,才能使得驅(qū)動(dòng)多層面生物進(jìn)化和維持的反應(yīng)靈活多變。
但他認(rèn)為,遺傳調(diào)控機(jī)器的這種復(fù)雜性zui初進(jìn)化并非是“有心特意”為了實(shí)現(xiàn)整個(gè)人類的發(fā)展。相反,早期真核生物首先進(jìn)化出基因表達(dá)的復(fù)雜性,或許是為了阻礙反轉(zhuǎn)錄病毒等“寄生DNA”的感染,否則它們進(jìn)入到細(xì)胞核中會(huì)破壞正常的基因。
與人類相反,沒有采用引導(dǎo)人類基因表達(dá)的那些復(fù)雜機(jī)制,細(xì)菌適應(yīng)性地以無數(shù)種的方式進(jìn)化,控制它們的基因。事實(shí)上,包含數(shù)萬億細(xì)胞的人類,以及不過一個(gè)細(xì)胞的致病細(xì)菌,在很長的時(shí)間內(nèi)都一直在共同戰(zhàn)斗和進(jìn)化,多藥耐藥細(xì)菌或許就是在這億史詩般的斗爭中出現(xiàn)的一類的惡棍。
盡管簡單但細(xì)菌一直存在著。它們只有一條負(fù)載基因的染色體,缺乏細(xì)胞核。細(xì)菌的染色體沒有稱之為染色質(zhì)的可修飾保護(hù)鞘。人類和細(xì)菌細(xì)胞的基因表達(dá)有許多的其他細(xì)節(jié)存在差異。細(xì)菌是“原核生物”,顧名思義它們是在細(xì)胞進(jìn)化擁有細(xì)胞核之前出現(xiàn)的——根據(jù)來自化石的某些推測(cè),時(shí)間是在30多億年前。人類細(xì)胞擁有一個(gè)細(xì)胞核,以及許多被視之為是“真核生物”的其他特征。
Madhani說,盡管人類是在幾百萬年前由猿類進(jìn)化而來,真核生物或許是在15億年前單細(xì)胞酵母祖先出現(xiàn)之時(shí)就已存在——具有相同的復(fù)雜特征。
“認(rèn)為人類基因表達(dá)的復(fù)雜屬性的發(fā)展推動(dòng)了復(fù)雜、多細(xì)胞生物的進(jìn)化,這一觀點(diǎn)或許是吸引人的。但真核基因表達(dá)的核心元件是在現(xiàn)代真核生物的遠(yuǎn)古單細(xì)胞祖先中建立。換句話說,早期真核細(xì)胞已經(jīng)在適應(yīng)防止寄生DNA,”Madhani說。
Madhani說他的想法來自今年早些時(shí)候他發(fā)布的一項(xiàng)研究。他的研究小組發(fā)現(xiàn),一種稱作SCANR的真核細(xì)胞機(jī)器在阻止寄生DNA破壞基因組中發(fā)揮了一種從前未知的作用。
SCANR保護(hù)對(duì)抗了很早以前侵入人類基因組的跳躍基因(轉(zhuǎn)座子)。轉(zhuǎn)座子可多次復(fù)制,將自身插入到基因組DNA中的隨機(jī)位點(diǎn)。當(dāng)轉(zhuǎn)座子將自身插入到一個(gè)重要基因之中時(shí),它或許會(huì)導(dǎo)致功能失常、疾病或先天缺陷。
Madhani開始思考細(xì)胞中有可能同樣阻礙某些病毒的其他機(jī)制,不同于細(xì)菌病原體,病毒是依賴于人類宿主的遺傳機(jī)器進(jìn)行復(fù)制。
“但轉(zhuǎn)座子元件攻擊來自基因組內(nèi)部,而病毒攻擊來自外部,”Madhani說。
除了限制接近DNA的染色質(zhì),真核細(xì)胞還可能有一些RNA修飾和在蛋白質(zhì)生成之前檢測(cè)這些真核生物修飾的分子檢測(cè)者。細(xì)胞核自身受到門控,使得只有一些分子能夠進(jìn)入細(xì)胞核。許多其他的真核細(xì)胞現(xiàn)象zui早進(jìn)化或許都是為了抵抗病毒和轉(zhuǎn)座子元件。