激光顯微鏡具有高度適應(yīng)性，并且是非接觸式檢測。為了改善場景的深度，必須在高度方向上進(jìn)行掃描以獲得一系列切片，然后重疊以獲得三維圖像。
使用方法：
(1)開啟儀器電源及光源：一般先開啟顯微鏡和激光器，再啟動計算機，然后啟動操作軟件，設(shè)置熒光樣品的激發(fā)光波長，選擇相應(yīng)的濾光鏡組塊。以便光電倍增管檢測器能得到足夠的信號結(jié)果。使用汞燈的注意事項同普通熒光顯微鏡。
(2)設(shè)置相應(yīng)的掃描方式：在目視模式下．調(diào)整所用物鏡放大倍數(shù)，在熒光顯微鏡下找到需要檢測的細(xì)胞。切換到掃描模式，調(diào)整雙孔針和激光強度參數(shù)，即可得到清晰的共聚焦圖像。
(3)獲取圖像：選擇合適的圖像分辨率，將樣品完整掃描后，保存圖像結(jié)果即可。
(4)關(guān)閉儀器：儀器測定樣品結(jié)束后，先關(guān)閉激光器部分，計算機仍可繼續(xù)進(jìn)行圖像和數(shù)據(jù)處理。若要退出整個激光掃描顯微鏡系統(tǒng)．則應(yīng)該在激光器關(guān)閉后，待其冷卻至少10分鐘后再關(guān)閉計算機及總開關(guān)。
