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上海士鋒生物關(guān)于轉(zhuǎn)錄亞型和轉(zhuǎn)錄多樣性的研究
最近更新時(shí)間：2013-5-4
提 供 商：上海士鋒生物科技有限公司資料大?。?/span>15.8KB
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Genome-wide measurement of tranｓｃｒｉｐｔ isoform diversity using TIF-Seq
單個(gè)的RNA分子執(zhí)行轉(zhuǎn)錄的功能。轉(zhuǎn)錄的變異會(huì)影響到信使RNA的穩(wěn)定性，正確定位和翻譯。有時(shí)候這些變異的轉(zhuǎn)錄還有可能會(huì)產(chǎn)生變短的蛋白質(zhì)，而這些蛋白質(zhì)是和正常的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的蛋白質(zhì)在結(jié)構(gòu)和功能上不一樣的。
在這篇文章中，研究人員通過(guò)共同確定轉(zhuǎn)錄的百萬(wàn)計(jì)的RNA分子兩端，發(fā)現(xiàn)這些變異的轉(zhuǎn)錄亞型在重疊的RNA分子存在一個(gè)廣泛的層。這些轉(zhuǎn)錄亞型在RNA分子兩端的變化似乎遵循著某種規(guī)則，而不是簡(jiǎn)單的意外，即使在一個(gè)單一的酵母細(xì)胞中也是一樣。超過(guò)26個(gè)均編碼一個(gè)蛋白的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體都在在酵母中表達(dá)。數(shù)百的短編碼RNA和剪短的蛋白質(zhì)都是被替代正常轉(zhuǎn)錄RNA的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體所編碼，而這樣就增加蛋白質(zhì)多樣性。此外，隨著轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的變化，約70%的基因表達(dá)成亞型，同時(shí)串聯(lián)基因經(jīng)常生成重疊甚至雙順?lè)吹霓D(zhuǎn)錄亞型。這種廣泛的轉(zhuǎn)錄的多樣性是通過(guò)一個(gè)相對(duì)簡(jiǎn)單的真核基因組與有限的拼接生成的。而此次研究結(jié)果上的意義在于發(fā)現(xiàn)了在單個(gè)細(xì)胞中進(jìn)化和轉(zhuǎn)錄的多樣性。這些數(shù)據(jù)還表明，當(dāng)評(píng)估基因組的功能的時(shí)候，亞型的多樣性以及RNA豐度應(yīng)在納入被考慮的范圍。
Extensive tranｓｃｒｉｐｔional heterogeneity revealed by isoform profiling
Vicent Pelechano, Wu Wei & Lars M. Steinmetz
Tranｓｃｒｉｐｔ function is determined by sequence elements arranged on an individual RNA molecule. Variation in tranｓｃｒｉｐｔs can affect messenger RNA stability, localization and translation1, or produce truncated proteins that differ in localization2 or function3. Given the existence of overlapping, variable tranｓｃｒｉｐｔ isoforms, determining the functional impact of the tranｓｃｒｉｐｔome requires identification of full-length tranｓｃｒｉｐｔs, rather than just the genomic regions that are transcribed4, 5. Here, by jointly determining both tranｓｃｒｉｐｔ ends for millions of RNA molecules, we reveal an extensive layer of isoform diversity previously hidden among overlapping RNA molecules. Variation