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如何做原核表達

點擊次數(shù):722 發(fā)布時間:2015-4-1

們合成與生物相關(guān)的物質(zhì)是從尿素開始的,1828年,德國化學家維勒人工合成了存在于生物體的這種有機物。在1960年我國科學家采用化學方法成功地合成了具有生物活性的蛋白質(zhì)――胰島素。隨著內(nèi)切酶的發(fā)現(xiàn)和基因工程技術(shù)的發(fā)展,人們發(fā)現(xiàn)用各種不同的載體在原核、真核系統(tǒng)中進行蛋白表達更為行之有效。而這其中大腸桿菌表達系統(tǒng)發(fā)展得zui為迅速、成熟。原核表達具有操作方便、快捷,需時較短,表達量大,適合工業(yè)化生產(chǎn)等優(yōu)點。雖然也有缺少糖基化和表達后加工等問題,當有了其它多種表達系統(tǒng)后,原核系統(tǒng)仍是我們合成外源蛋白的。

在網(wǎng)上看到有人把原核表達技術(shù)分成四個等級:初次嘗試掃盲、亂棍打棗入門、系統(tǒng)優(yōu)化中級和自成一體高手,覺得十分有意思。但是根據(jù)筆者自己的經(jīng)驗以及耳聞目睹的一些經(jīng)歷告訴我:做表達?那是謀事在人,成事在天。有時候你把克隆 做出來了,雙酶切鑒定沒問題,測序沒問題,可是就是看不到表達帶。原因當然可以分析,實驗也是可以改進,但是竄改一下戈爾泰的話:“成功的實驗都是一樣的,失敗的實驗各有各的不幸。"在實驗遇到瓶頸的時候要如何進行分析,找到問題的癥結(jié)是我們的實驗關(guān)鍵所在。在準備進行原核表達的時候需要考慮的因素很多,市面上可供選擇的載體、菌株也很多,要如何進行正確的選擇,找到適合自己的載體是十分重要的。所以,現(xiàn)在要對目前常用的一些載體進行介紹,讓我們對其相關(guān)產(chǎn)品及其表達原理進行了解,以方便實驗設(shè)計。

首先來一些大腸桿菌表達的基本概念:一個完整的表達系統(tǒng)通常包括配套的表達載體和表達菌株,如果是特殊的誘導表達還包括誘導劑,如果是融合表達還包括純化系統(tǒng)或者Tag檢測等等。選擇表達系統(tǒng)通常要根據(jù)實驗目的來考慮,比如表達量高低,目標蛋白的活性,表達產(chǎn)物的純化方法等等。主要歸結(jié)在表達載體的選擇上。

表達載體 :我們關(guān)心的質(zhì)粒上的元件包括啟動子,多克隆 位點,終止密碼,融合Tag(如果有的話),復制子,篩選標記/報告基因等。通常,載體很貴,我們可以通過實驗室之間交換得到免費的載體。但是要小心,輾轉(zhuǎn)多個實驗室和多個實驗室成員之手的載體是否保持原來的遺傳背景?MCS是否還是原來那個MCS?是我們要特別注意的。

復制子: 通常表達載體都會選用高拷貝的復制子。pSC101類質(zhì)粒是嚴謹方式復制,拷貝數(shù)低,pCoE1,pMBI(pUC)類的復制子的拷貝數(shù)高達500以上,是表達載體常用的。通常情況下質(zhì)??截悢?shù)和表達量是非線性的正相關(guān),當然也不是越多越好,超過細胞的承受范圍反而會損害細胞的生長。如果碰巧需要2個質(zhì)粒共轉(zhuǎn)化,就要考慮復制元是否相容的問題。

篩選標記和報告基因: 氨芐青霉素抗性是zui常見的篩選標記,卡那霉素或者是新霉素次之,通常是另一個載體的篩選標記用。四環(huán)素,紅霉素和氯霉素等已經(jīng)日漸式微??剐曰虻倪x擇要注意是否會對研究對象產(chǎn)生干擾,比如代謝研究中要留意抗性基因編碼的酶是否和代謝物相互作用。在表達篩選中要注意的問題應該就是LB倒板前加抗生素的溫度,溫度過高容易導致抗生素失效。今天耐青霉素的超級細菌泛濫,不知道是否有我們實驗人員的功勞呢?大家“隨便倒掉"已經(jīng)獲得氨芐抗性的大腸桿菌之前有沒有經(jīng)過煮沸或者消毒等處理呢?從以前的一針50萬單位到現(xiàn)在100多萬個單位,青霉素劑量似乎越來越大了。

對于做表達來說,如果不是要研究啟動子的強弱,通常比較少關(guān)心或者用到報告基因吧。綠色熒光蛋白是zui常用的報告基因了(注意選擇適用原核表達版本的GFP),其他還有半乳糖苷酶啊,熒光素酶啊等等。一些融合表達Tag也有報告基因的功能。

啟動子、終止子和核糖體結(jié)合位點

啟動子:啟動子的強弱是對表達量有決定性影響的因素之一。從轉(zhuǎn)錄模式上看有組成型表達和誘導調(diào)控型表達。lac和Tac,PL和PR,T7是zui常用的啟動子。

組成型表達: 表達載體的啟動子為組成型啟動子,也就是一直努力不停表達目的蛋白的啟動子,如pMAL系統(tǒng)。持續(xù)性表達通常表達量比較高,成本低,但是不適合表達一些對宿主細菌生長有害的蛋白。因為過量或者有害的表達產(chǎn)物會影響細菌的生長,反過來影響表達量的積累。

誘導調(diào)控型表達:表達載體采用誘導型啟動子,只有在誘導劑存在的條件下才能表達目的產(chǎn)物。這種方法有助于避免菌體生長前期高表達對菌體生長的影響,又可減少菌體蛋白酶對目標產(chǎn)物的降解。特別適合解決有毒蛋白的表達。另外也有啟動子是組成型的,但是啟動子所依賴的轉(zhuǎn)錄酶是誘導表達的,也屬于誘導表達系統(tǒng)。

融合表達 :表達載體的多克隆 位點上有一段融合表達標簽(Tag),表達產(chǎn)物為融合蛋白(有分N端或者C端融合表達),方便后繼的純化步驟或者檢測。對于特別小的分子建議用較大的Tag(如GST)以獲得穩(wěn)定表達;而一般的基因多選擇小Tag以減少對目的蛋白的影響。His-Tag是zui廣泛采用的Tag。

分泌表達: 在起始密碼和目的基因之間加入信號肽,可以引導目的蛋白穿越細胞膜,避免表達產(chǎn)物在細胞內(nèi)的過度累積而影響細胞生長,或者形成包含體,而且表達產(chǎn)物是可溶的活性狀態(tài)不需要復性。通常這種分泌只是分泌到細胞膜和細胞壁之間的周質(zhì)空間。

可溶性表達:大腸桿菌表達效率很高,特別是強啟動子,目的蛋白來不及折疊而形成不溶的包含體顆粒,包含體容易純化但是復性效率不高。分泌表達可以得到可溶的產(chǎn)物,也有部分融合Tag有助于提高產(chǎn)物的可溶性,比如Thio,pMAL系統(tǒng)。

轉(zhuǎn)錄終止子對外源基因在大腸桿菌中的表達有重要作用――控制轉(zhuǎn)錄的RNA長度提高穩(wěn)定性,避免質(zhì)粒上異常表達導致質(zhì)粒穩(wěn)定性下降。放在啟動子上游的轉(zhuǎn)錄終止子還可以防止其他啟動子的通讀,降低本底。轉(zhuǎn)錄終止子有兩類,Rho因子作用下使轉(zhuǎn)錄終止mRNA和根據(jù)模版上的對稱序列形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)而終止mRNA。常見的是rrnB

rRNA操縱子的T1T2串連轉(zhuǎn)錄終止子。

核糖體結(jié)合位點:啟動子下游從轉(zhuǎn)錄起始位點開始延伸的一段堿基序列,其中能與rRNA16S亞基3'端互補的SD序列對形成翻譯起始復合物是必需的,多數(shù)載體啟動子下游都有SD序列,也有些載體沒有,適合自帶SD序列的基因表達,要留意。

表達菌株:我們往往zui容易忽視的一點。不同的表達載體對應有不同的表達菌株,一些特別設(shè)計的菌株更有助于解決一些表達難題,這一點生物通會有專門的介紹。同樣的,交換獲得的免費菌株,要小心其遺傳背景是否已經(jīng)發(fā)生改變?當心。

注:以上各種特性是可以相互組合的,不是排他的!

幾個常用的啟動子和誘導調(diào)控表達系統(tǒng)

zui早應用于的表達系統(tǒng)是Lac乳糖操縱子,由 啟動子Plac+ 操縱基因lacO+

結(jié)構(gòu)基因組成。其轉(zhuǎn)錄受CAP正調(diào)控和lacI負調(diào)控。lacUV5突變能夠在沒有CAP的存在下更有效地起始轉(zhuǎn)錄,該啟動子在轉(zhuǎn)錄水平上只受lacI的調(diào)控,因而隨后得到了更廣泛采用。lacI產(chǎn)物是一種阻遏蛋白,能結(jié)合在操縱基因lacO

上從而阻遏轉(zhuǎn)錄起始。乳糖的類似物IPTG可以和lacI產(chǎn)物結(jié)合,使其構(gòu)象改變離開lacO,從而激活轉(zhuǎn)錄。這種可誘導的轉(zhuǎn)錄調(diào)控成為了大腸桿菌表達系統(tǒng)載體構(gòu)建的常用元件。tac啟動子是trp啟動子和lacUV5的拼接雜合啟動子,且轉(zhuǎn)錄水平更高,比lacUV5更*。trc啟動子是trp啟動子和lac啟動子的拼合啟動子,同樣具有比trp更高的轉(zhuǎn)錄效率和受lacI阻遏蛋白調(diào)控的強啟動子特性。在常規(guī)的大腸桿菌中,lacI阻遏蛋白表達量不高,僅能滿足細胞自身的lac操縱子,無法應付多拷貝的質(zhì)粒的需求,導致非誘導條件下較高的本底表達,為了讓表達系統(tǒng)嚴謹調(diào)控產(chǎn)物表達,能過量表達lacI阻遏蛋白的lacIq突變菌株常被選為Lac/Tac/trc表達系統(tǒng)的表達菌株。現(xiàn)在的Lac/Tac/trc載體上通常還帶有l(wèi)acIq 基因,以表達更多l(xiāng)acI阻遏蛋白實現(xiàn)嚴謹?shù)恼T導調(diào)控。IPTG廣泛用于誘導表達系統(tǒng),但是IPTG有一定毒性,有人認為在制備醫(yī)療目的的重組蛋白并不合適,因而也有用乳糖代替IPTG作為誘導物的研究。另外一種研究方向是用lacI的溫度敏感突變體,30度下抑制轉(zhuǎn)錄,42度開發(fā)。熱誘導不用添加外來的誘導物,成本低,但是由于發(fā)酵過程中加熱升溫比較慢而影響誘導效果,而且熱誘導本身會導致大腸桿菌的熱休克蛋白激活,一些蛋白酶會影響產(chǎn)物穩(wěn)定。

以λ噬菌體再起轉(zhuǎn)錄啟動子PL、PR 構(gòu)建的載體也為大家所熟悉。這兩個強啟動子受控于λ噬菌體cI基因產(chǎn)物。cI基因的溫度敏感突變體cI857(ts)常常被用于調(diào)控PL、PR啟動子的轉(zhuǎn)錄。同樣也是30度下阻遏啟動子轉(zhuǎn)錄,42度下解除抑制開發(fā)轉(zhuǎn)錄。同樣的,PL、PR 表達載體需要攜帶cI857(ts)菌株作為表達載體,現(xiàn)在更常見的做法是在載體上攜帶cI857(ts)基因,所以可以有更大的宿主選擇范圍。另外一種思路是通過嚴謹調(diào)控cI產(chǎn)物來間接調(diào)控PL、PR啟動子的轉(zhuǎn)錄。比如Invitrogen的PL表達系統(tǒng),就是將受trp啟動子嚴謹調(diào)控的cI基因溶源化到宿主菌染色體上,通過加入酪氨酸誘導抑制trp啟動子,抑制cI基因的表達,從而解除強大的PL啟動子的抑制。

T7啟動子是當今大腸桿菌表達系統(tǒng)的主流,這個功能強大兼專一性高的啟動子經(jīng)過巧妙的設(shè)計而成為原核表達的,尤其以Novagen公司的pET系統(tǒng)為杰出代表。強大的T7啟動子*專一受控于T7 RNA 聚合酶,而高活性的T7 RNA 聚合酶合成mRNA的速度比大腸桿菌RNA聚合酶快5倍——當二者同時存在時,宿主本身基因的轉(zhuǎn)錄競爭不過T7表達系統(tǒng),幾乎所有的細胞資源都用于表達目的蛋白;誘導表達后僅幾個小時目的蛋白通??梢哉嫉郊毎偟鞍椎?0%以上。由于大腸桿菌本身不含T7 RNA 聚合酶,需要將外源的T7 RNA 聚合酶引入宿主菌,因而T7 RNA 聚合酶的調(diào)控模式就決定了T7系統(tǒng)的調(diào)控模式——非誘導條件下,可以使目的基因*處于沉默狀態(tài)而不轉(zhuǎn)錄,從而避免目的基因毒性對宿主細胞以及質(zhì)粒穩(wěn)定性的影響;通過控制誘導條件控制T7 RNA 聚合酶的量,就可以控制產(chǎn)物表達量,某些情況下可以提高產(chǎn)物的可溶性部分。

有何高招?且看我為你一一道來:

有幾種方案可用于調(diào)控T7 RNA 聚合酶的合成,從而調(diào)控T7表達系統(tǒng)。

1.噬菌體DE3是lambda噬菌體的衍生株,含有l(wèi)acI抑制基因和位于lacUV5啟動子下的T7 RNA 聚合酶基因。DE3溶源化的菌株如BL21(DE3)就是zui常用的表達菌株,構(gòu)建好的表達載體可以直接轉(zhuǎn)入表達菌株中,誘導調(diào)控方式和lac一樣都是IPTG誘導。

2.另一種策略是用不含T7RNA聚合酶的宿主菌克隆目的基因,即可*避免因目的蛋白對宿主細胞的潛在毒性而造成的質(zhì)粒不穩(wěn)定。然后用λCE6噬菌體侵染宿主細胞——CE6是lambda噬菌體含溫度敏感突變(cI857ts)和pL/pR啟動子控制T7RNA 聚合酶的衍生株,在熱誘導條件下可以激活T7 RNA 聚合酶的合成。

此了噬菌體之外,還可以通過共轉(zhuǎn)化質(zhì)粒提供T7 RNA 聚合酶。比如有人用受溶氧濃度控制的啟動子調(diào)控T7 RNA聚合酶合成,據(jù)說這比較適合工業(yè)化發(fā)酵的條件控制。

由于T7 RNA 聚合酶的調(diào)控方式仍有可能有痕量的本底表達,控制基礎(chǔ)表達的手段之一是培養(yǎng)基外加葡萄糖,有助于控制本底表達水平。二是采用帶有T7lac啟動子的載體——在緊鄰T7 啟動子的下游有一段lacI操縱子序列編碼表達lac 阻遏蛋白(lacI),lac阻遏蛋白可以作用于宿主染色體上T7 RNA 聚合酶前的lacUV5 啟動子并抑制其表達,也作用于載體T7 lac 啟動子,以阻斷任何T7RNA聚合酶導致的目的基因轉(zhuǎn)錄。pLacI工轉(zhuǎn)化也是同樣的原理。如果這還不夠,更為嚴謹調(diào)控手段還有——在宿主菌中表達另一個可以結(jié)合并抑制T7 RNA聚合酶的基因——T7融菌酶,降低本底。常用的帶溶菌酶質(zhì)粒有pLysS和pLysE,相容的ori都不會影響后繼的表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)化,前者表達的溶菌酶的水平要比后者低得多,對細胞生長影響小,而pLysE會明顯降低宿主菌的生長水平,容易出現(xiàn)過度調(diào)節(jié),增加蛋白表達的滯后時間,從而降低表達水平。通過幾種不同方法來巧妙調(diào)控T7聚合酶合成,T7啟動子發(fā)展出了*功能zui強大,zui豐富的表達系統(tǒng)。

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