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新型的基因分型技術(shù)（SNP分型）:巢式PCR
點擊次數(shù)：541 發(fā)布時間：2015-12-29
隨著生命科學(xué)迅猛的發(fā)展，與之相適應(yīng)的實驗技術(shù)手段越來越復(fù)雜和專業(yè)化，對于科研人員實驗技能要求也越來越高。由于生物學(xué)實驗高度的復(fù)雜性、使得一個科研人員往往只能精通某一方向的實驗。因此許多生物技術(shù)公司應(yīng)孕而生，他們提供了許多專業(yè)的服務(wù)，其中zui常規(guī)的技術(shù)服務(wù)包括核酸、蛋白測序、引物合成，SNP分型,動物培養(yǎng)及轉(zhuǎn)基因動物實驗。
在國外，生命科學(xué)的研究已經(jīng)初步形成了一個大型技術(shù)平臺共享的研究形式，科研人員的主要工作是進(jìn)行實驗方案的設(shè)計、若干實驗和實驗數(shù)據(jù)的分析工作，而大量的基礎(chǔ)性的實驗工作則由相應(yīng)的技術(shù)公司來完成，據(jù)不*統(tǒng)計，2004年全美60%的SNP分型工作就是外包的生物技術(shù)公司完成。因為專業(yè)的技術(shù)公司在各自領(lǐng)域有著雄厚的技術(shù)背景和豐富的實驗經(jīng)驗，試驗成功率更高,實驗數(shù)據(jù)也更可靠，這樣科研人員也能夠?qū)⒅饕Ψ旁谡嬲目蒲校瓕嶒炘O(shè)計和數(shù)據(jù)分析中去。
出具有針對性的SNP分型技術(shù)，“巢式PCR-RFLP”基因分型技術(shù)，不同于傳統(tǒng)的只能對于有酶切位點的傳統(tǒng)的SNP分型的技術(shù)，本公司開發(fā)的“巢式PCR-RFLP是針對任意的基因分型技術(shù)，使任何位點zui終都能進(jìn)行常規(guī)限制性內(nèi)切酶鑒定；同時該SNP分型技術(shù)利用巢式PCR技術(shù)，使得多個位點同時進(jìn)行分析稱為可能。即使低濃度的DNA也能夠進(jìn)行快速準(zhǔn)確的分型工作。 與現(xiàn)有常規(guī)的分型技術(shù)相比，其zui大的優(yōu)勢包括：
(一)所需DNA濃度低。1-2ng/uL也能完成檢測工作，而taqman技術(shù)所需的DNA含量至少5ng/uL。
(二)價格低。由于不需要合成熒光探針，使得該技術(shù)比Taqman技術(shù)價格低，該優(yōu)勢在對多個位點同時進(jìn)行分型時更明顯。
與Taqman技術(shù)和普通技術(shù)的詳細(xì)對比
分型技術(shù) PCR-RFLP技術(shù) Taqman技術(shù) 普通PCR-RFLP技術(shù)
*運(yùn)用時機(jī) 200-600樣本，任何DNA多態(tài)位點 樣本量大于500人份 僅適合含有現(xiàn)成酶切位點的多態(tài)位點的分型
試劑投入 低 熒光探針，需3000-4000元。有可能實驗失敗需重新花錢設(shè)計熒光探針。 低
技術(shù)的適用性 可適合任何多態(tài)位點的分型 基本適合任何多態(tài)位點的分型，但有時若干位點不能成功進(jìn)行試驗；當(dāng)分型位點過于接近也不能用該方法。 僅適合含有現(xiàn)成酶切位點的多態(tài)位點的分型，有時出現(xiàn)的是一些稀有酶的酶切位點，導(dǎo)致效率低下或費(fèi)用昂貴；
結(jié)果判斷 直觀，明確，穩(wěn)定 間接，每管反應(yīng)必須加熒光參照ROX，否則結(jié)果判斷不確定 一般直觀，明確；有時酶切位點出現(xiàn)在非主頻等位基因上，導(dǎo)致結(jié)果判讀困難
結(jié)果穩(wěn)定性 穩(wěn)定 一般 穩(wěn)定
結(jié)果準(zhǔn)確性 準(zhǔn)確度高 一般 準(zhǔn)確度高
樣本消耗量 1-2ng 5-10ng 50－100ng
實驗耗時 2-3周 由于要定制MGB熒光探針，和預(yù)實驗，也需要2-3周 2-3周
操作流程
1．基本信息收集具體內(nèi)容包括客戶信息、樣本數(shù)(case,control)數(shù)、位點信息等。
2 位點信息的查詢 主要包括：2.1 位點上下游各300bp的確切序列，基因頻度;2.2 有無文獻(xiàn)報道證明該位點多態(tài)存在于中國人群;2.3 如無上述相關(guān)文獻(xiàn),在J-SNP數(shù)據(jù)庫中查詢該位點多態(tài)是否存在于東亞人群中。為了保證結(jié)果的可靠，實驗方案設(shè)計原則上應(yīng)以野生型進(jìn)行酶切鑒定，因此確認(rèn)snp的頻度是非常重要的。