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基因甲基化研究的Z佳工具

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甲基化研究對于基因的 調控和腫瘤的發(fā)生有非常密切的關系。在一般正常的細胞中,基因調控區(qū)CpG島處于非甲基化的狀態(tài)。而當細胞發(fā)生癌變后,這些CG區(qū)域往往呈現(xiàn)甲基化狀態(tài)。英國醫(yī)學刊物《the Lancet》報道奧地利因斯布魯克醫(yī)學院的專家們早就可以通過檢測大便中DNA的甲基化變化,把健康人的大便與結腸癌患者的大便區(qū)分開。大便標本中SFRP2 甲基化的程度是診斷結腸癌zui靈敏的標記。研究人員發(fā)現(xiàn),腫瘤的發(fā)生以及一些遺傳病的出現(xiàn)和基因甲基化有非常密切的關系。目前DNA甲基化研究是腫瘤分子生物學研究的一個重要領域。

 

Pyrosequencing技術作為一種新的序列分析技術,能夠快速地檢測甲基化的頻率,對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測,為甲基化研究提供了新的途徑。Pyrosequencing是一種通過合成方法進行序列分析的方法,它通過核苷酸和模板結合后釋放的焦磷酸引發(fā)酶級聯(lián)反應,促使熒光素發(fā)光并進行檢測。這項技術曾經被用作單核苷酸多態(tài)性(SNP)的基因型和單倍型的檢測,以及細菌和病毒的鑒定和分型研究。這項技術的一個主要特點是在Pyrogarm™軟件上顯示的峰值高度來自于序列分析的原始數(shù)據(jù),通過峰值的高度可以的檢測混合DNA模板中等位基因的頻率。

Pyrosequcing系統(tǒng)可以獲得以下結果:

1 那些DNA序列位點發(fā)生甲基化?

2 每個位點的甲基化程度是多少?

3 這些位點的甲基化和疾病的相關性?
分析結果→<img alt="DNA分析系統(tǒng):基因甲基化研究的*工具" dna分析系統(tǒng):基因甲基化研究的*工具"="" height="326" data-cke-saved-src="http://img100.bio1000.com/2012/0508/095339/598.gif" src="http://img100.bio1000.com/2012/0508/095339/598.gif" width="494" align="center" border="0" style="vertical-align: middle; border: 0px;">

 

參考文獻:

1. Colella S., Shen L., Baggerly K.A., Issa J.-P.J., Krahe R. Sensitive and quantitative universal Pyrosequencing methylation analysis of CpG sites. BioTechniques, Jul 2003; 35: 146-150.

2. Dupont JM, Tost J, Jammes H, and Gut IG. De novo quantitative bisulfite sequencing using the pyrosequencing technology. Anal Biochem, Oct 2004; 333(1): 119-27.

3. Kiss, C., Nishikawa, J., Takada, K., Trivedi, P., Klein, G., Szekely, L. T cell leukemia I oncogene expression depends on the presence of Epstein-Barr virus in the virus-carrying Burkitt lymphoma lines.PNAS, 2003; 100(8): 4813-4818.

4. Tooke N and Pettersson M. CpG methylation in clinical studies: utility, methods, and quality assurance. IVDT. Nov 2004; 41.

5. Tost J, Dunker J, Gut IG.Analysis and quantification of multiple methylation variable positions in CpG islands by PyrosequencingTM. BioTechnigues. Jul 2003; 35: 152-156.

6. Uhlmann K., Brinckmann A., Toliat M. R., Ritter H., Nürnberg P. Evaluation of a potential epigenetic biomarker by quantitative methyl-single nucleotide polymorphism analysis. Electrophoresis. 2002; 23: 4072-4079.

7. Yang AS, Estecio MR, Doshi K, Kondo Y, Tajara EH, Issa JP. A simple method for estimating global DNA methylation using bisulfite PCR of repetitive DNA elements. Nucleic Acids Res. Feb 2004; 32(3): e38.

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