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定量PCR實驗技術(shù)分享1

2017-8-2  閱讀(4229)

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1.  如果擴增曲線ct值比較靠后的話,32左右,一般有什么方法解決沒有

 

ct值比較靠后,對實驗有一定的影響,因為經(jīng)過那么多次的循環(huán),酶的活性有可能有所下降,這時候擴增效率會有所改變(而定量PCR的理論基礎(chǔ)就是每次循環(huán)的擴增效率我們認為是確定的一個值)。因此能夠把ct值往前移。
 

解決辦法可以將模板加以濃縮或者抽干之后用少量水去溶解。

 

 

2. 為什么合成的引物做不加摸板的對照也能擴增出目的條帶,而內(nèi)參用同樣體系就沒有呢?

 

引物被污染。

 

3. 實時定量PCR,熒光定量PCR,實時熒光定量PCR,real-time PCR,這些是不是同一個概念

 

是一個概念。

 

4. 我的標準曲線的slope總是大于4,而且每個梯度的平行ct值差別比較大,原因?

 

這個斜率是=1/LOG 10(擴增效率),理論上擴增效率=2,斜率是3.322。如果斜率大于4,說明擴增效率比較小??梢钥疾橐幌路磻?yīng)體系是否合理?酶活是否正常?
 

平行管的CT值差別大可以考查一下自己實驗操作是否規(guī)范,另外一種原因就是儀器本身的誤差也可能會導(dǎo)致CT值差別比較大。

 

當斜率為4的時候,擴增效率是77.8%,斜率大于4的話,效率繼續(xù)下降。
 

擴增效率的問題實際就是引物的擴增效率,可能酶活的關(guān)系沒有那么重要,前提是試劑盒的質(zhì)量有保證?;氐綌U增效率,只有在引物和模板處于zui適比例時才能得到比較滿意的擴增效率,因此通過調(diào)節(jié)PCR反應(yīng)體系中的引物終濃度來解決,可以做一些引物梯度來比較。

 

5. ROX染料是什么作用?

 

ROX的作用ABI宣稱是用來校準加樣誤差的。
 

但是據(jù)說ROX的作用實際上是用來校準光程差的。即每個孔的熒光信號經(jīng)過濾光片在經(jīng)過聚焦到CCD的時候,走過的光程是不一樣的,這樣在CCD上成像的亮度就不一樣了。所以需要把這個差異用ROX來計算孔間差異有多大,然后差異系數(shù)去處理,實際的熒光信號。具體過程我不是非常清楚,請高手指正。

 

 

6. 熒光定量PCR的基線,是怎么確定的呢?

 

基線就是背景值,因此就是曲線在沒有“起跳”之前的一段。在軟件上有一個地方可以輸入baseline從第幾到第幾cycle作為基線。設(shè)置原則是使沒有起跳之前zui多的cycle的信號接近0。

 

 

7. 我剛準備做定量,請教一下,不知道伯樂的機子怎么樣?請推薦幾個合適的SYBR?。牵遥牛牛蔚暮凶?,1000以內(nèi)的(沒錢不好辦?。?,我大約做20個樣。現(xiàn)在對SYBR?。牵遥牛牛握J可嗎?


伯樂的機子不錯。takara的試劑盒,大概在1500元,400個反應(yīng)。大部分人做還是用sybr green I的。這是zui常用的染料。

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