技術(shù)文章
淺談細(xì)胞周期的不同階段
閱讀:1133 發(fā)布時(shí)間:2020-3-12從而產(chǎn)生單個(gè)細(xì)胞類(lèi)型的準(zhǔn)確信息。然而,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)構(gòu)的根本復(fù)雜性,對(duì)于弄懂這些數(shù)據(jù)提出了一個(gè)重大挑戰(zhàn)。
利用單細(xì)胞基因組學(xué),我們能夠選取一個(gè)組織的細(xì)胞,根據(jù)它們的表達(dá)譜,把它們分成不同的類(lèi)型,從而確定可能有一系列功能作用的細(xì)胞亞型。但是,為了正確地做到這一點(diǎn),我們需要處理一些混雜因素,直到現(xiàn)在,我們還沒(méi)有可靠的方法解決這些混雜因素。
一種組織類(lèi)型的樣本具有固有的復(fù)雜性:一些細(xì)胞將會(huì)是新的,一些則是舊的,在任何給定的時(shí)間點(diǎn)上它們將處于。大多數(shù)細(xì)胞類(lèi)型也有隱藏的亞型,每一種可能具有不同的功能。該研究小組開(kāi)發(fā)出一種新的單細(xì)胞潛變量模型(scLVM),可讓我們檢測(cè)和控制隱藏的亞結(jié)構(gòu),從而使相關(guān)的生物信號(hào)更容易識(shí)別。
已經(jīng)明確了如何考慮細(xì)胞周期階段、測(cè)量噪聲或生物學(xué)過(guò)程這樣的因素,從而可能獲得不同細(xì)胞類(lèi)型和亞型中基因表達(dá)的更準(zhǔn)確信息。將單細(xì)胞分析與統(tǒng)計(jì)方法相結(jié)合,可讓我們確定細(xì)胞類(lèi)型,否則它們?nèi)匀徊槐话l(fā)現(xiàn)。
如果你所有的數(shù)據(jù)都來(lái)自于單細(xì)胞的基因表達(dá),你就需要一種方法來(lái)識(shí)別和糾正可區(qū)分單個(gè)細(xì)胞的潛在因素,所以你可以了解其深層的生物學(xué)因素。我們的模型解釋了單細(xì)胞之間的關(guān)聯(lián)性,例如它們是否處于細(xì)胞周期的相同階段,識(shí)別可能混雜的變量,并去除它們。這也使我們更容易發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞亞型——你可能不知道已存在的變量,然后一并糾正它們。