2023年第二季度已經結束，又到了陳老濕交季報的時間。這個季度的國內Octet® 文章涵蓋了蛋白、小分子等多種應用，并包含多篇CNS。從那么多高水平文章中不難看出：Octet® 非標記分析互作系統(tǒng)是一臺功能強大、應用廣泛、經濟高效的好儀器！今天，我們統(tǒng)計了約60篇文章的單位和應用方向（見文末）與大家分享。
 

Octet® 文獻單位統(tǒng)計

中山大學、南京大學和南京農業(yè)大學等多個單位發(fā)表的文章在兩篇以上。從應用方向上看，依舊涉及到多個方向，其中小分子的應用文章最多！生物層干涉（BLI）技術無流路、對溶劑（DMSO）不敏感、假陽性低、高通量、操作簡單、低成本、儀器穩(wěn)定性好等優(yōu)點可以幫助研究人員更加快速和高質量的獲得小分子親和力數(shù)據；而且還具備垂釣（用已知物質垂釣未知物質進行鑒定功能）、多聚物和定量方法開發(fā)等應用。

武漢大學Nature

揭示害蟲取食與植物反取食的分子機制[1]

褐飛虱是對水稻造成損失最嚴重的害蟲之一。BISP（BPH14-Interacting Salivary Protein）在褐飛虱唾液腺中高表達，是抑制水稻害蟲防御的重要蛋白。武漢大學何光存課題組表達并純化了受體BPH14——當BISP進入水稻細胞后，它會立即與BPH14發(fā)生特異性結合而被識別，激發(fā)強烈的抗蟲反應，從而阻止了褐飛虱的侵害，賦予水稻對褐飛虱的高抗性。Octet® 在這項研究中被用來檢測BISP與BPH14的親和力。

 

 

圖1. Octet® 檢測發(fā)現(xiàn)，BISP26-124結構域與BPH14的LRR結構域結合，但與BISP125-241不結合

 

陳老師點評

中科院生化所

Octet® 互作儀和Incucyte® 聯(lián)用文章[2]

動態(tài)調節(jié)整合素的激活和失活對于精確控制細胞粘附和遷移非常重要。本文確定了LRP12作為α4整合素激活的內源性跨膜抑制劑。LRP12細胞質結構域直接與α4整合素胞質尾部結合，并抑制talin與β亞基的結合，從而保持整合素無活性。在遷移細胞中，LRP12-α4相互作用使得誘導新生粘附（NA）翻轉。LRP12的敲除導致NAs增加和細胞遷移增強。在文章中，賽多利斯Octet® 被用來檢測LRP12和α4整合素的直接互作，Incucyte® 則被用來檢測細胞遷移（劃痕實驗）。

圖2. Incucyte® 結果顯示，加入外源LRP12可以抑制細胞遷移；如果沉默LRP基因，可以增加細胞遷移

圖3. Octet® 證明了LRP12細胞質結構域直接與α4整合素胞質尾部結合

 

陳老師點評

Octet® 作為分子水平互作研究的利器，結合Incucyte® 細胞水平表型研究應用，使得研究更加全面、深入，強強聯(lián)合。

 

廣西大學

適配子垂釣[3]

 

近年來，蝗災在世界范圍內頻繁發(fā)生，引起了人們的高度關注。本文開發(fā)了一種便攜式、獨立的核酸適配子傳感器來檢測蝗蟲信息素4-乙烯基苯甲醚（4VA），以監(jiān)測蝗蟲種群動態(tài)，實現(xiàn)蝗災預警。文章使用Octet® 的垂釣方法獲得了針對4VA的高親和力適配子，其KD值為269.25±90.65nM的，并用此來建立傳感器檢測方法。

 

 

 

圖4. 使用Octet® 傳感器固化4-乙烯基苯甲醚（4VA），結合適配子庫，然后用不同強度方法洗脫與4VA結合的適配子

 

陳老師點評

重要的事情說一萬遍，Octet®是做分子垂釣實驗的一把好手。

 

 

清華大學CELL

病毒受體結合機制[4]

 

塞姆利基森林病毒（SFV）是一種在脊椎動物宿主和昆蟲媒介感染期間使用極低密度脂蛋白受體（VLDLR）作為受體的病毒。本文使用冷凍電子顯微鏡觀察了VLDLR與SFV的復合物結構。研究發(fā)現(xiàn)：SFV的表面蛋白E1的DII結構域結合VLDLR的膜遠端LDLR A類（LA）重復序列。在VLDLR的LA重復序列中LA3對SFV的結合親和力最好。高分辨率結構解析結果也驗證了這個結論。

 

圖5. Octet® 測試發(fā)現(xiàn)，VLDLR的LA重復序列中LA3與E1 DIII的親和力最高

 

陳老師點評

這里列出的數(shù)據僅為這篇文章中Octet® 檢測數(shù)據的1/4，還有各種突變體的Octet® 檢測親和力數(shù)據，復合物結構解析還是要通過Octet® 互作來進行驗證！

 

 

Octet® 非標記分子互作分析系統(tǒng)的優(yōu)勢在于：

 

非標記Direct binding是趨勢，結果更準確;本文的三次重復結果非常一致

 

快速測定親和力，更加定量化地表征分子互作; 比如本文也用了IP或者其他標記方法來測試受體與細胞因子的互作，最終還是需要用Octet® 來定量檢測兩者互作

 

無洗滌步驟，可測弱親和力（解離快）

 

寫入了美國藥典，文章多，認可度廣

 

萬金油技術，可以用與檢測DNA，小分子，蛋白質等各種生物分子

 

操作簡便，耗材及維護成本低

 

 

最后，祝愿大家都可以用賽多利斯“神器”發(fā)好文章！

Octet®  Q2文獻列表

High-affinity decoy protein, nFD164, with an inactive Fc region as a  potential therapeutic drug targeting CD47.Biomedicine & Pharmacotherapy 162 (2023) 114618

軍科院，抗體

A procedure for producing an anti-AXL nanobody in E. coli.Protein Expression and Purification 207 (2023) 106268

中國海洋大學，抗體

Potent NTD-Targeting Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Selected from a Synthetic Immune System.Vaccines 2023, 11, 771

上海科技大學，抗體

Structural Insights into the Binding of Red Fluorescent Protein mCherry-Specific Nanobodies.Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 6952.

復旦大學，抗體

A Novel Rabbit Anti-Myoglobin Monoclonal Antibody’s Potential Application in Rhabdomyolysis Associated Acute Kidney Injury。Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 7822.

天津大學，抗體

Mpox multi-antigen mRNA vaccine candidates by a simplified manufacturing strategy afford efficient protection against lethal orthopoxvirus challenge。Emerging Microbes & Infections

中國科學院微生物研究所，抗體

Preclinical Evaluation of 9MW2821, a Site-Specific Monomethyl  Auristatin E-based Antibody-Drug Conjugate for treatment of Nectin-4-expressing Cancers。AACR

華西醫(yī)院，抗體

Inside-out assembly of viral antigens for the enhanced vaccination。Signal Transduction and Targeted Therapy (2023) 8:189

中國科學院過程工程研究所，抗體

AMT-562, a novel HER3-targeting antibody drug conjugate, demonstrates a potential to broaden therapeutic opportunities for HER3-expressing tumors.

中山大學，抗體

African Swine Fever Virus I73R is A Critical Virulence-related Gene: A Potential Target for Attenuation。PNAS

上海獸醫(yī)研究所，DNA

lincRNA RP24-315D19.10 promotes endometrial decidualization via upregulation of hnRNPA2B1。BBA - Molecular Basis of Disease 1869 (2023) 166762

重慶醫(yī)科大學，RNA

A meet-up of acetyl phosphate and c-di-GMP modulates BldD activity for development and antibiotic production.Nucleic Acids Research, 2023

華東理工大學，RNA

Structural and biochemical characterization of Schlafen11 N-terminal domain.Nucleic Acids Research, 2023

病原生物學研究所，RNA