7大亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)染料怎么選?一文教會(huì)你
使用細(xì)胞器選擇性染色劑或染料讓細(xì)胞器顯色是細(xì)胞和組織熒光成像的關(guān)鍵。這些特異性染色劑適合用作抗體復(fù)染劑,幫助識(shí)別細(xì)胞內(nèi)特定位置的目標(biāo)靶點(diǎn)。除了固定細(xì)胞的研究外,對(duì)活細(xì)胞的研究可以更好的了解細(xì)胞內(nèi)生命活動(dòng)的狀態(tài)及其變化,其難點(diǎn)在于活細(xì)胞細(xì)胞膜的選擇透過(guò)性,會(huì)阻止外界物質(zhì)的進(jìn)出,因此選擇合適的熒光染料至關(guān)重要。
本文主要針對(duì)以下幾個(gè)常見(jiàn)的亞細(xì)胞架構(gòu):細(xì)胞骨架、線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、高爾基體、細(xì)胞核、溶酶體、細(xì)胞膜,為大家介紹如何在活細(xì)胞或固定細(xì)胞中選擇合適的試劑/探針?lè)謩e對(duì)它們進(jìn)行染色。
一、細(xì)胞骨架
1.1 肌動(dòng)蛋白
1.1(a)活細(xì)胞肌動(dòng)蛋白染色:
對(duì)于活細(xì)胞中的肌動(dòng)蛋白染色,可以通過(guò)帶有熒光染料的肌動(dòng)蛋白,或帶有GFP標(biāo)記的肌動(dòng)蛋白來(lái)進(jìn)行染色。雖然熒光肌動(dòng)蛋白能夠最準(zhǔn)確的定位出靶點(diǎn)肌動(dòng)蛋白的結(jié)構(gòu),但對(duì)于某些細(xì)胞(如原代細(xì)胞),通過(guò)顯微注射或蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)染試劑的手段,較難實(shí)現(xiàn)將熒光肌動(dòng)蛋白引入目標(biāo)細(xì)胞中。此時(shí)好的方式是使用低細(xì)胞毒性、高特異性、可通過(guò)活細(xì)胞的細(xì)胞呈象探針(SIR-actin™)
《Natural Method》中,就描述了如何利用這種探針來(lái)進(jìn)行細(xì)胞骨架結(jié)構(gòu)的活細(xì)胞呈象,如圖2所示。同時(shí),其中還就染色探針在長(zhǎng)期成像濃度下對(duì)細(xì)胞的毒性進(jìn)行了研究,結(jié)果表明在24小時(shí)內(nèi),SiR -tubulin和SiR -actin對(duì)原代人成纖維細(xì)胞都沒(méi)有表現(xiàn)出明顯的細(xì)胞毒性。
圖1. 結(jié)構(gòu)化照明顯微鏡(Structured illumination microscopy,SIM)下,使用SIR -tubulin(左)或SIR -actin(右)染色的人成纖維細(xì)胞。
圖2. 對(duì)SiR-tubulin(上)和SiR-actin(下)熒光染色探針毒性測(cè)試結(jié)果。白色亮點(diǎn)代表代表沒(méi)辦法繼續(xù)進(jìn)行有絲分裂或由于細(xì)胞骨架的改變無(wú)法在表面繼續(xù)生長(zhǎng)的細(xì)胞。
1.1(b)固定細(xì)胞肌動(dòng)蛋白染色:
最常見(jiàn)的固定細(xì)胞中肌動(dòng)蛋白染色劑是鬼筆環(huán)肽偶聯(lián)物(phalloidins)。帶正電或負(fù)電的熒光染料會(huì)通過(guò)非特異性的離子相互作用與其他蛋白質(zhì)結(jié)合,導(dǎo)致產(chǎn)生更高的背景;Actin-stain系列的鬼筆環(huán)肽熒光探針是非離子型的,因此更有助于獲得理想的低背景結(jié)果。
圖3. 在Swiss3TS細(xì)胞中,使用 anti-vinculin(紅色)進(jìn)行,Dapi進(jìn)行核染(藍(lán)色),用Actin -stain™488 Phalloidin (# PHDG1, Cytoskeleton對(duì)F-actin進(jìn)行染色(綠色)
下表對(duì)幾種鬼筆環(huán)肽熒光染料的生物特性(染色亮度、光漂白穩(wěn)定性、背景強(qiáng)度、親和力等)進(jìn)行了對(duì)比:
偶聯(lián)物 | Ex/Em | 亮度 (AFU*) | 光漂白穩(wěn)定性 (half life in seconds**) | 背景強(qiáng)度 (% of total AFU at 100nM) | 親和力 (Kd in nanomolar) | 貨號(hào) |
Fluorescein-phalloidin | 485/535 FITC filter set | 432 | 6 | 22 | 72 +/-12 | na |
Acti-stain™ 488 | 485/535 FITC filter set | 832 | 57 | 5 | 55 +/-8 | PHDG1 |
Acti-stain™ 535 | 535/585 TRITC filter set | 430 | 27 | 12 | 36 +/-7 | PHDR1 |
Acti-stain™ 555 | 535/585 TRITC filter set | 551 | 46 | 16 | 63 +/-8 | PHDH1 |
Acti-stain™ 670 | 640/680 Cy5 filter set | 332 | 8 | 18 | 50 +/-12 | PHDN1 |
*= AFU's measured by quantitative cell imaging.
**=Measured in stained Swiss 3T3 cells in the absence of antifade.
若實(shí)驗(yàn)中使用到甲醛進(jìn)行固定或透化,甲醛會(huì)破壞鬼筆環(huán)肽的天然結(jié)構(gòu),因此可以考慮使用免疫熒光法對(duì)固定細(xì)胞中的肌動(dòng)蛋白進(jìn)行染色。如今被發(fā)現(xiàn)的肌動(dòng)蛋白亞型總共有6種,包括α-actin (ACTA1)、平滑肌α-actin(ACTA2)、細(xì)胞質(zhì)β-actin(ACTB)、心肌α-actin(ACTC1)、細(xì)胞質(zhì)γ-actin(ACTG1)、平滑肌γ-actin(ACTG2/ACTA3)。針對(duì)不同亞型的肌動(dòng)蛋白,可以選擇不同的特異性一抗,如下表所示:
貨號(hào) | 產(chǎn)品 | 抗體特異性 |
AAN02 | Anti pan-actin antibody | All isoforms of actin |
sc-32251 | α-Actin 抗體 (1A4) | α-actin |
4970 | β-Actin (13E5) Rabbit mAb | β-Actin |
sc-65638 | γ-Actin 抗體 (1-17) | γ-actin |
8457 | β-Actin (D6A8) Rabbit mAb | 細(xì)胞質(zhì)γ-actin |
sc-53142 | Smooth Muscle Actin (B4) | 腸平滑肌γ-actin,平滑肌α-actin,心肌α-actin |
若使用沒(méi)有標(biāo)記的一抗試劑,則需要選擇合適的二抗試劑來(lái)進(jìn)行后續(xù)的顯色,二抗的選擇指南可以參考這篇文章:二抗選擇超全攻略,一秒收藏!。
1.2 微管蛋白
微管蛋白(Tubulin)的染色和肌動(dòng)蛋白類(lèi)似,固定細(xì)胞中可以使用鬼筆環(huán)肽和免疫熒光法(相關(guān)特異性抗體如下表所示);活細(xì)胞中則可以使用特殊的熒光探針進(jìn)行顯色。
貨號(hào) | 產(chǎn)品 | 抗體特異性 |
sc-5286 | α-Tubulin antibody (B-7) | α-Tubulin |
sc-5274 | β-Tubulin antibody (D-10) | β-Tubulin |
部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:
活細(xì)胞 | |||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | Abs/Em | 染色部位 |
CY-SC001 | SiR-Actin Kit | 652/674 | Actin |
CY-SC002 | SiR-Tubulin Kit | 652/674 | Tubulin |
CY-SC006 | Cytoskeleton Kit | 652/674 | SiR-Actin & SiR-Tubulin |
APHR | Actin Protein (Rhodamine): Human Platelet | 535/585 | Actin |
AR05 | Actin protein (rhodamine): rabbit skeletal muscle | 535/585 | Actin |
固定細(xì)胞 | |||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | Abs/Em | 染色部位 |
PHDG1 | Acti-Stain 488 Phalloidin | 485/535 FITC filter set | F-actin |
PHDR1 | Rhodamine Phalloidin | 535/585 Rhodamine filter set | F-actin |
二、細(xì)胞核
對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行染色主要是利用能與DNA相結(jié)合的染料或探針,活細(xì)胞的細(xì)胞核熒光探針,如SiR™、SPY™、Hoechst™等;固定細(xì)胞的細(xì)胞核染料:DAPI和溴化乙錠(EB)。
2.1 活細(xì)胞中細(xì)胞核的染色
圖4. 使用SPY™505-DNA(綠色)和SPY555-actin(洋紅色)對(duì)Hela活細(xì)胞進(jìn)行復(fù)染。
部分相關(guān)熒光探針推薦:
貨號(hào) | 產(chǎn)品 | Abs/Em |
CY-SC007 | SiR-DNA Kit | 652/674 |
CY-SC101 | SPY505-DNA | 512/531 |
CY-SC501 | SPY650-DNA | 652/674 |
CY-SC601 | SPY700-DNA | 696/718 |
2.2 固定細(xì)胞中細(xì)胞核的染色
固定細(xì)胞還可以使用免疫熒光法對(duì)細(xì)胞和進(jìn)行染色定位,此時(shí)可以精確的定位到核膜和核仁,如圖5(綠色熒光)所示:
圖5. 免疫熒光法分別對(duì)核膜(A) / 細(xì)胞核(B) /核仁 (C) / 細(xì)胞核(剔除核仁) (D)進(jìn)行染色(綠色熒光)。
圖5中使用的相關(guān)抗體:
貨號(hào) | 產(chǎn)品 | 染色部位 | 抗體靶標(biāo)基因 |
AMAb91251 | Monoclonal Anti-LMNB1 Antibody | Nuclear membrane | Lamin b1 |
AMAb90959 | Monoclonal Anti-PARP1 Antibody | Nucleus | poly (ADP-ribose) polymerase 1 |
AMAb90961 | Monoclonal Anti-NIFK Antibody | Nucleoli | Nucleolar protein interacting with the fha domain of mki67 |
AMAb90549 | Monoclonal Anti-FUS Antibody | Nuclear (without nucleoli) | fused in sarcoma |
三、線粒體
線粒體是細(xì)胞中重要的功能器官,使用特定的熒光染料或探針對(duì)其進(jìn)行染色,可作為細(xì)胞是否健康的重要指標(biāo)之一。染料在線粒體上的積累和定位取決于線粒體膜電位,在有線粒體膜電位的健康細(xì)胞中,會(huì)顯示明亮的熒光信號(hào),而在失去線粒體膜電位的細(xì)胞中,則熒光信號(hào)弱。
3.1 活細(xì)胞中線粒體染色
為了在活細(xì)胞中對(duì)線粒體標(biāo)記,也需要借助專(zhuān)門(mén)的熒光探針試劑。細(xì)胞將在一定濃度的特定探針中培養(yǎng),接著探針通過(guò)被動(dòng)擴(kuò)散穿過(guò)細(xì)胞膜并在活性線粒體中積累。一旦線粒體被探針標(biāo)記,細(xì)胞就可以用醛基固定劑進(jìn)行處理,以便對(duì)樣本進(jìn)一步處理。因?yàn)镸itoTracker® Red CMXRos和MitoTracker® Deep Red FM探針產(chǎn)生的熒光波長(zhǎng)更長(zhǎng),因此適用于多重染色標(biāo)記實(shí)驗(yàn)中。
部分相關(guān)染料推薦:
貨號(hào) | 產(chǎn)品 | Abs (nm) | Em (nm) | 活/固定細(xì)胞 |
9074 | MitoTracker®Green FM | 490 | 516 | 活細(xì)胞 |
2252 | LumiTracker® Mito Orange CMTMRos | 551 | 576 | 活細(xì)胞 |
9082 | MitoTracker® Red CMXRos | 579 | 599 | 活細(xì)胞 |
3170 | LumiTracker® Mito Red FM | 581 | 644 | 活細(xì)胞 |
8778 | MitoTracker® Deep Red FM | 644 | 665 | 活細(xì)胞 |
3.2 固定細(xì)胞中線粒體染色
在固定細(xì)胞中,有許多可用的線粒體標(biāo)志物,常見(jiàn)的線粒體標(biāo)志物如表1所示
蛋白名稱(chēng) | 基因名稱(chēng) | Uniprot ID |
Apoptosis-inducing factor 1 , mitochondrial | AIFM1 | O95831 |
Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial | COX4I1 | P13073 |
Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial | CPS1 | P31327 |
FAST kinase domain-containing protein 2, mitochondrial | FASTKD2 | Q9NYY8 |
Hexokinase-1 | HK1 | P19367 |
Heat shock 70 kDa protein 1A | HSPA1A | PODMV8 |
60 kDa heat shock protein, mitochondrial | HSPD1 | P10809 |
Mitochondrial dynamics protein MID51 | MIEF1 | Q9NQG6 |
Cytochrome c oxidase subunit 1 | MT-CO1 | P00395 |
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial | NDUFS7 | O75251 |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16 | PAM16 | Q9Y3D7 |
Prohibitin | PHB | P35232 |
Superoxide dismutase [Cu-Zn] | sOD1 | P00441 |
Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog | TOMM22 | Q9NS69 |
Elongation factor Tu, mitochondrial | TUFM | P49411 |
Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1 | UCP1 | P25874 |
Mitochondrial uncoupling protein 2 | UCP2 | P55851 |
Mitochondrial uncoupling protein 3 | UCP3 | P55916 |
Voltage-dependent anion-selective channel protein | VDAC1 | P21796 |
表1. 常見(jiàn)的線粒體標(biāo)志物。
部分相關(guān)抗體推薦:
貨號(hào) | 蛋白名稱(chēng) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | 應(yīng)用 | 亞型 |
AMAb90964 | Tu translation elongation factor, mitochondrial | Anti-TUFM | ICC-IF, IHC, WB | IgG1 |
AMAb91005 | Tu translation elongation factor, mitochondrial | Anti-TUFM | ICC-IF, IHC, WB | IgG2a |
AMAb91005 | Citrate synthase | Anti-CS | ICC-IF, IHC, WB | IgG1 |
5318 | Apoptosis-inducing factor 1 , mitochondrial | AIF (D39D2) XP® Rabbit mAb | IF, IP, WB | / |
4850 | Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial | COX IV (3E11) Rabbit mAb | WB,IP,IHC, IF, F | / |
四、溶酶體
溶酶體是動(dòng)物細(xì)胞中重要的細(xì)胞器,內(nèi)部含有豐富的水解酶,其結(jié)構(gòu)的完整性與生命體的生理病理均有著密切的關(guān)系。
4.1 活細(xì)胞溶酶體染色
常見(jiàn)的針對(duì)活細(xì)胞中溶酶體的熒光探針包括LysoTracker™系列,由于其對(duì)酸性細(xì)胞器有高度選擇性(溶酶體內(nèi)部pH約3.5~5),因此可以對(duì)溶酶體進(jìn)行特異性染色。
相比LysoTracker™,LysoBrite™的探針在長(zhǎng)時(shí)間追蹤活細(xì)胞中的溶酶體上,具有更明顯的優(yōu)勢(shì)。LysoBrite™染料可以在活細(xì)胞中停留超過(guò)一周,細(xì)胞毒性極小,而LysoTracker染料只能使用幾個(gè)小時(shí)。且LysoBrite™染料比LysoTracker染料更具有光穩(wěn)定性,如圖6所示。
圖6.A: LysoBrite™ Red染色, B: LysoTracker™ Red (來(lái)自Invitrogen)進(jìn)行染色的Hela細(xì)胞圖像。用Olympus熒光顯微鏡對(duì)0秒和120秒曝光時(shí)間下的信號(hào)進(jìn)行比較
Name | Excitation (nm) | Emission (nm) |
LysoBrite™ Blue | 434 | 480 |
LysoBrite™ Green | 501 | 510 |
LysoBrite™ Red | 576 | 596 |
LysoBrite™ Deep Red | 597 | 619 |
LysoBrite™ NIR | 636 | 651 |
表2. LysoBrite™系列探針的激發(fā)/吸收波長(zhǎng)對(duì)比表
部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:
活細(xì)胞 | |||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | Abs/Em | |
CY-SC012 | SiR-Lysosome Kit | 652/674 | |
8783 | LysoTracker® Green DND-26 | 504/511 | |
25157 | LysoBrite™ Red | 576/596 | |
25152 | LysoBrite™ Blue | 442/353 | |
固定細(xì)胞 | |||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | 基因名稱(chēng) | 應(yīng)用 |
AMAb91170 | Anti-LAMP1 | Lysosomal-associated membrane protein 1 | IHC, WB |
五、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體
內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER)和高爾基體主要負(fù)責(zé)細(xì)胞內(nèi)脂質(zhì)和蛋白質(zhì)的分類(lèi),因此,針對(duì)這兩個(gè)細(xì)胞器的大部分染色探針都是脂質(zhì)或是可以影響蛋白質(zhì)運(yùn)動(dòng)的化學(xué)物質(zhì)。在活細(xì)胞和固定細(xì)胞中,ER和高爾基體的扁平膜囊可以用各種親脂探針進(jìn)行染色,然后根據(jù)其形態(tài)進(jìn)行區(qū)分。
5.1 活細(xì)胞中ER和高爾基體的染色
ER-Tracker™ 系列的染色探針針對(duì)的是活細(xì)胞,對(duì)ER具有高度選擇性。這些染料很少染色線粒體,不像傳統(tǒng)的ER染色劑DiOC6(3) (D273),ER-Tracker™ 探針的對(duì)細(xì)胞毒性很小。當(dāng)使用特定優(yōu)化方案對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色時(shí),即使經(jīng)過(guò)甲醛的處理,染色模式仍然保留。
還有一類(lèi)熒光鞘脂衍生物(sphingosine derivative),如NBD C6-ceramide、BDP FL-ceramide等,也是ER/高爾基體在活細(xì)胞中的重要染色探針之一。
部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:
活細(xì)胞 | ||||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | Abs/Em | 染色部位 | |
878 | ER-Tracker™ Green (BODIPY® FL Glibenclamide) | 504/511 | 內(nèi)質(zhì)網(wǎng) | |
3058 | BDP TMR ceramide | 542/574 | 高爾基體 | |
固定細(xì)胞 | ||||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | 基因名稱(chēng) | 應(yīng)用 | 染色部位 |
AMAb91016 | Anti-GORASP2 | Golgi reassembly stacking protein 2 | ICC-IF,IHC,WB | 高爾基體 |
AMAb90988 | Anti-PDIA3 | Protein disulfide isomerase family A | ICC-IF,IHC,WB | 內(nèi)質(zhì)網(wǎng) |
AMAb91019 | Anti-HSP90B1 | Heat shock protein 90kda beta (grp94), member 1 | ICC-IF,IHC,WB | 內(nèi)質(zhì)網(wǎng) |
六、細(xì)胞膜
細(xì)胞脂膜是動(dòng)態(tài)的、流體結(jié)構(gòu)(約4納米厚),這是生物學(xué)上的必要條件,因?yàn)槿粢?xì)胞參與基本的細(xì)胞和亞細(xì)胞生理功能(如遷移、細(xì)胞擴(kuò)散、吞噬、細(xì)胞分裂、內(nèi)吞、機(jī)械轉(zhuǎn)導(dǎo)和代謝等),則需要這些細(xì)胞膜/基質(zhì)膜能夠改變形狀和張力。
6.1 活細(xì)胞中細(xì)胞膜染色
對(duì)細(xì)胞膜張力的研究在細(xì)胞生理學(xué)中很重要。熒光膜張力探針Flipper-TR®(Spirochrome, Ltd.)可以對(duì)活細(xì)胞中的膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行特異性染色,以對(duì)膜的張力進(jìn)行研究。如圖6所示,對(duì)經(jīng)歷了高滲透沖擊的細(xì)胞的細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化分析。
圖7. 使用Flipper-TR®探針對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色。在高滲透沖擊前(上)和沖擊后(下)染色的Flipper-TR®圖像?;叶缺硎緹晒鈴?qiáng)度,彩色編碼表示熒光壽命。右邊的直方圖顯示了滲透沖擊后的壽命變化。
除此之外Flipper-TR®探針還提供針對(duì)其他細(xì)胞器膜/基質(zhì)膜(Plasma membrane)的染色,如溶酶體膜、線粒體膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜。
部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:
活細(xì)胞 | ||||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | Abs/Em | 染色部位 | |
CY-SC020 | Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy | 480/600 | 細(xì)胞膜 | |
CY-SC021 | ER Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy | 480/600 | 內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜 | |
CY-SC022 | Lyso Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy | 480/600 | 溶酶體膜 | |
CY-SC023 | Mito Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy | 480/600 | 線粒體膜 | |
固定細(xì)胞 | ||||
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱(chēng) | 基因名稱(chēng) | 應(yīng)用 | 染色部位 |
AMAb90976 | Anti-EZR | Ezrin | ICC-IF,IHC,WB | Plasma membrane |
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