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7大亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)染料怎么選?一文教會(huì)你

閱讀:801        發(fā)布時(shí)間:2023-6-25

使用細(xì)胞器選擇性染色劑或染料讓細(xì)胞器顯色是細(xì)胞和組織熒光成像的關(guān)鍵。這些特異性染色劑適合用作抗體復(fù)染劑,幫助識(shí)別細(xì)胞內(nèi)特定位置的目標(biāo)靶點(diǎn)。除了固定細(xì)胞的研究外,對(duì)活細(xì)胞的研究可以更好的了解細(xì)胞內(nèi)生命活動(dòng)的狀態(tài)及其變化,其難點(diǎn)在于活細(xì)胞細(xì)胞膜的選擇透過(guò)性,會(huì)阻止外界物質(zhì)的進(jìn)出,因此選擇合適的熒光染料至關(guān)重要。

本文主要針對(duì)以下幾個(gè)常見(jiàn)的亞細(xì)胞架構(gòu):細(xì)胞骨架、線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、高爾基體、細(xì)胞核、溶酶體、細(xì)胞膜,為大家介紹如何在活細(xì)胞或固定細(xì)胞中選擇合適的試劑/探針?lè)謩e對(duì)它們進(jìn)行染色。

 

一、細(xì)胞骨架

1.1 肌動(dòng)蛋白

1.1(a)活細(xì)胞肌動(dòng)蛋白染色

對(duì)于活細(xì)胞中的肌動(dòng)蛋白染色,可以通過(guò)帶有熒光染料的肌動(dòng)蛋白,或帶有GFP標(biāo)記的肌動(dòng)蛋白來(lái)進(jìn)行染色。雖然熒光肌動(dòng)蛋白能夠最準(zhǔn)確的定位出靶點(diǎn)肌動(dòng)蛋白的結(jié)構(gòu),但對(duì)于某些細(xì)胞(如原代細(xì)胞),通過(guò)顯微注射或蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)染試劑的手段,較難實(shí)現(xiàn)將熒光肌動(dòng)蛋白引入目標(biāo)細(xì)胞中。此時(shí)好的方式是使用低細(xì)胞毒性、高特異性、可通過(guò)活細(xì)胞的細(xì)胞呈象探針(SIR-actin™)

《Natural Method》中,就描述了如何利用這種探針來(lái)進(jìn)行細(xì)胞骨架結(jié)構(gòu)的活細(xì)胞呈象,如圖2所示。同時(shí),其中還就染色探針在長(zhǎng)期成像濃度下對(duì)細(xì)胞的毒性進(jìn)行了研究,結(jié)果表明在24小時(shí)內(nèi),SiR -tubulin和SiR -actin對(duì)原代人成纖維細(xì)胞都沒(méi)有表現(xiàn)出明顯的細(xì)胞毒性。

圖1. 結(jié)構(gòu)化照明顯微鏡(Structured illumination microscopy,SIM)下,使用SIR -tubulin(左)或SIR -actin(右)染色的人成纖維細(xì)胞。

 

圖2. 對(duì)SiR-tubulin(上)和SiR-actin(下)熒光染色探針毒性測(cè)試結(jié)果。白色亮點(diǎn)代表代表沒(méi)辦法繼續(xù)進(jìn)行有絲分裂或由于細(xì)胞骨架的改變無(wú)法在表面繼續(xù)生長(zhǎng)的細(xì)胞。

 

1.1(b)固定細(xì)胞肌動(dòng)蛋白染色

最常見(jiàn)的固定細(xì)胞中肌動(dòng)蛋白染色劑是鬼筆環(huán)肽偶聯(lián)物(phalloidins)。帶正電或負(fù)電的熒光染料會(huì)通過(guò)非特異性的離子相互作用與其他蛋白質(zhì)結(jié)合,導(dǎo)致產(chǎn)生更高的背景;Actin-stain系列的鬼筆環(huán)肽熒光探針是非離子型的,因此更有助于獲得理想的低背景結(jié)果。

IMG_256

圖3. 在Swiss3TS細(xì)胞中,使用 anti-vinculin(紅色)進(jìn)行,Dapi進(jìn)行核染(藍(lán)色),用Actin -stain™488 Phalloidin (# PHDG1, Cytoskeleton對(duì)F-actin進(jìn)行染色(綠色)

 

下表對(duì)幾種鬼筆環(huán)肽熒光染料的生物特性(染色亮度、光漂白穩(wěn)定性、背景強(qiáng)度、親和力等)進(jìn)行了對(duì)比:

偶聯(lián)物Ex/Em亮度
(AFU*
光漂白穩(wěn)定性
(half life in seconds**
背景強(qiáng)度
(% of total AFU at 100nM)
親和力
(Kd in nanomolar)
貨號(hào)
Fluorescein-phalloidin485/535 FITC filter set43262272 +/-12na
Acti-stain™ 488485/535 FITC filter set83257555 +/-8PHDG1
Acti-stain™ 535535/585 TRITC filter set430271236 +/-7PHDR1
Acti-stain™ 555535/585 TRITC filter set551461663 +/-8PHDH1
Acti-stain™ 670640/680 Cy5 filter set33281850 +/-12PHDN1

*= AFU's measured by quantitative cell imaging.

**=Measured in stained Swiss 3T3 cells in the absence of antifade.

若實(shí)驗(yàn)中使用到甲醛進(jìn)行固定或透化,甲醛會(huì)破壞鬼筆環(huán)肽的天然結(jié)構(gòu),因此可以考慮使用免疫熒光法對(duì)固定細(xì)胞中的肌動(dòng)蛋白進(jìn)行染色。如今被發(fā)現(xiàn)的肌動(dòng)蛋白亞型總共有6種,包括α-actin (ACTA1)、平滑肌α-actin(ACTA2)、細(xì)胞質(zhì)β-actin(ACTB)、心肌α-actin(ACTC1)、細(xì)胞質(zhì)γ-actin(ACTG1)、平滑肌γ-actin(ACTG2/ACTA3)。針對(duì)不同亞型的肌動(dòng)蛋白,可以選擇不同的特異性一抗,如下表所示:

貨號(hào)產(chǎn)品抗體特異性
AAN02Anti pan-actin antibodyAll isoforms of actin
sc-32251α-Actin 抗體 (1A4)α-actin
4970β-Actin (13E5) Rabbit mAbβ-Actin
sc-65638γ-Actin 抗體 (1-17)γ-actin
8457β-Actin (D6A8) Rabbit mAb細(xì)胞質(zhì)γ-actin
sc-53142Smooth Muscle Actin (B4)腸平滑肌γ-actin,平滑肌α-actin,心肌α-actin

若使用沒(méi)有標(biāo)記的一抗試劑,則需要選擇合適的二抗試劑來(lái)進(jìn)行后續(xù)的顯色,二抗的選擇指南可以參考這篇文章:二抗選擇超全攻略,一秒收藏!。

 

1.2 微管蛋白

微管蛋白(Tubulin)的染色和肌動(dòng)蛋白類(lèi)似,固定細(xì)胞中可以使用鬼筆環(huán)肽和免疫熒光法(相關(guān)特異性抗體如下表所示);活細(xì)胞中則可以使用特殊的熒光探針進(jìn)行顯色。

貨號(hào)產(chǎn)品抗體特異性
sc-5286α-Tubulin antibody (B-7)α-Tubulin
sc-5274β-Tubulin antibody (D-10)β-Tubulin

 

部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:

活細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)Abs/Em染色部位
CY-SC001 SiR-Actin Kit652/674Actin
CY-SC002SiR-Tubulin Kit652/674Tubulin
CY-SC006Cytoskeleton Kit652/674SiR-Actin & SiR-Tubulin
APHRActin Protein (Rhodamine): Human Platelet535/585Actin
AR05Actin protein (rhodamine): rabbit skeletal muscle535/585Actin
固定細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)Abs/Em染色部位
PHDG1Acti-Stain 488 Phalloidin485/535 FITC filter setF-actin
PHDR1Rhodamine Phalloidin535/585 Rhodamine filter setF-actin

 

二、細(xì)胞核

對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行染色主要是利用能與DNA相結(jié)合的染料或探針,活細(xì)胞的細(xì)胞核熒光探針,如SiR™、SPY™、Hoechst™固定細(xì)胞的細(xì)胞核染料:DAPI和溴化乙錠(EB)。

 

2.1 活細(xì)胞中細(xì)胞核的染色

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圖4. 使用SPY™505-DNA(綠色)和SPY555-actin(洋紅色)對(duì)Hela活細(xì)胞進(jìn)行復(fù)染。

 

部分相關(guān)熒光探針推薦:

貨號(hào)產(chǎn)品Abs/Em
CY-SC007SiR-DNA Kit652/674
CY-SC101SPY505-DNA512/531
CY-SC501SPY650-DNA652/674
CY-SC601SPY700-DNA696/718

 

2.2 固定細(xì)胞中細(xì)胞核的染色

固定細(xì)胞還可以使用免疫熒光法對(duì)細(xì)胞和進(jìn)行染色定位,此時(shí)可以精確的定位到核膜和核仁,如圖5(綠色熒光)所示:

 

 

圖5. 免疫熒光法分別對(duì)核膜(A) / 細(xì)胞核(B) /核仁 (C) / 細(xì)胞核(剔除核仁) (D)進(jìn)行染色(綠色熒光)。

 

圖5中使用的相關(guān)抗體:

貨號(hào)產(chǎn)品染色部位抗體靶標(biāo)基因
AMAb91251Monoclonal Anti-LMNB1 AntibodyNuclear membraneLamin b1
AMAb90959Monoclonal Anti-PARP1 AntibodyNucleuspoly (ADP-ribose) polymerase 1
AMAb90961Monoclonal Anti-NIFK AntibodyNucleoliNucleolar protein interacting with the fha domain of mki67
AMAb90549Monoclonal Anti-FUS AntibodyNuclear (without nucleoli)fused in sarcoma

 

三、線粒體

線粒體是細(xì)胞中重要的功能器官,使用特定的熒光染料或探針對(duì)其進(jìn)行染色,可作為細(xì)胞是否健康的重要指標(biāo)之一。染料在線粒體上的積累和定位取決于線粒體膜電位,在有線粒體膜電位的健康細(xì)胞中,會(huì)顯示明亮的熒光信號(hào),而在失去線粒體膜電位的細(xì)胞中,則熒光信號(hào)弱。

 

3.1 活細(xì)胞中線粒體染色

為了在活細(xì)胞中對(duì)線粒體標(biāo)記,也需要借助專(zhuān)門(mén)的熒光探針試劑。細(xì)胞將在一定濃度的特定探針中培養(yǎng),接著探針通過(guò)被動(dòng)擴(kuò)散穿過(guò)細(xì)胞膜并在活性線粒體中積累。一旦線粒體被探針標(biāo)記,細(xì)胞就可以用醛基固定劑進(jìn)行處理,以便對(duì)樣本進(jìn)一步處理。因?yàn)镸itoTracker® Red CMXRos和MitoTracker® Deep Red FM探針產(chǎn)生的熒光波長(zhǎng)更長(zhǎng),因此適用于多重染色標(biāo)記實(shí)驗(yàn)中。

部分相關(guān)染料推薦:

貨號(hào)產(chǎn)品Abs (nm)Em (nm)活/固定細(xì)胞
9074MitoTracker®Green FM490516活細(xì)胞
2252LumiTracker® Mito Orange CMTMRos551576活細(xì)胞
9082MitoTracker® Red CMXRos579599活細(xì)胞
3170LumiTracker® Mito Red FM581644活細(xì)胞
8778MitoTracker® Deep Red FM644665活細(xì)胞

 

3.2 固定細(xì)胞中線粒體染色

在固定細(xì)胞中,有許多可用的線粒體標(biāo)志物,常見(jiàn)的線粒體標(biāo)志物如表1所示

蛋白名稱(chēng)基因名稱(chēng)Uniprot ID
Apoptosis-inducing factor 1 , mitochondrialAIFM1O95831
Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrialCOX4I1P13073
Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrialCPS1P31327
FAST kinase domain-containing protein 2, mitochondrialFASTKD2Q9NYY8
Hexokinase-1HK1P19367
Heat shock 70 kDa protein 1AHSPA1APODMV8
60 kDa heat shock protein, mitochondrialHSPD1P10809
Mitochondrial dynamics protein MID51MIEF1Q9NQG6
Cytochrome c oxidase subunit 1MT-CO1P00395
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrialNDUFS7O75251
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM16PAM16Q9Y3D7
ProhibitinPHBP35232
Superoxide dismutase [Cu-Zn]sOD1P00441
Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homologTOMM22Q9NS69
Elongation factor Tu, mitochondrialTUFMP49411
Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1UCP1P25874
Mitochondrial uncoupling protein 2UCP2P55851
Mitochondrial uncoupling protein 3UCP3P55916
Voltage-dependent anion-selective channel proteinVDAC1P21796

表1. 常見(jiàn)的線粒體標(biāo)志物。

部分相關(guān)抗體推薦:

貨號(hào)蛋白名稱(chēng)產(chǎn)品名稱(chēng)應(yīng)用亞型
AMAb90964Tu translation elongation factor, mitochondrialAnti-TUFMICC-IF, IHC, WBIgG1
AMAb91005Tu translation elongation factor, mitochondrialAnti-TUFMICC-IF, IHC, WBIgG2a
AMAb91005Citrate synthaseAnti-CSICC-IF, IHC, WBIgG1
5318Apoptosis-inducing factor 1 , mitochondrialAIF (D39D2) XP® Rabbit mAbIF, IP, WB/
4850Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrialCOX IV (3E11) Rabbit mAbWB,IP,IHC, IF, F/

 

四、溶酶體

溶酶體是動(dòng)物細(xì)胞中重要的細(xì)胞器,內(nèi)部含有豐富的水解酶,其結(jié)構(gòu)的完整性與生命體的生理病理均有著密切的關(guān)系。

 

4.1 活細(xì)胞溶酶體染色

常見(jiàn)的針對(duì)活細(xì)胞中溶酶體的熒光探針包括LysoTracker™系列,由于其對(duì)酸性細(xì)胞器有高度選擇性(溶酶體內(nèi)部pH約3.5~5),因此可以對(duì)溶酶體進(jìn)行特異性染色。

相比LysoTracker™,LysoBrite™的探針在長(zhǎng)時(shí)間追蹤活細(xì)胞中的溶酶體上,具有更明顯的優(yōu)勢(shì)。LysoBrite™染料可以在活細(xì)胞中停留超過(guò)一周,細(xì)胞毒性極小,而LysoTracker染料只能使用幾個(gè)小時(shí)。且LysoBrite™染料比LysoTracker染料更具有光穩(wěn)定性,如圖6所示。

IMG_256

圖6.A: LysoBrite™ Red染色, B: LysoTracker™ Red (來(lái)自Invitrogen)進(jìn)行染色的Hela細(xì)胞圖像。用Olympus熒光顯微鏡對(duì)0秒和120秒曝光時(shí)間下的信號(hào)進(jìn)行比較

 

NameExcitation (nm)Emission (nm)
LysoBrite™ Blue434480
LysoBrite™ Green501510
LysoBrite™ Red576596
LysoBrite™ Deep Red597619
LysoBrite™ NIR636651

表2. LysoBrite™系列探針的激發(fā)/吸收波長(zhǎng)對(duì)比表

部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:

活細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)Abs/Em
CY-SC012SiR-Lysosome Kit652/674
8783LysoTracker® Green DND-26504/511
25157LysoBrite™ Red576/596
25152LysoBrite™ Blue442/353
固定細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)基因名稱(chēng)應(yīng)用
AMAb91170Anti-LAMP1Lysosomal-associated membrane protein 1IHC, WB

 

五、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和高爾基體

內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER)和高爾基體主要負(fù)責(zé)細(xì)胞內(nèi)脂質(zhì)和蛋白質(zhì)的分類(lèi),因此,針對(duì)這兩個(gè)細(xì)胞器的大部分染色探針都是脂質(zhì)或是可以影響蛋白質(zhì)運(yùn)動(dòng)的化學(xué)物質(zhì)。在活細(xì)胞和固定細(xì)胞中,ER和高爾基體的扁平膜囊可以用各種親脂探針進(jìn)行染色,然后根據(jù)其形態(tài)進(jìn)行區(qū)分。

 

5.1 活細(xì)胞中ER和高爾基體的染色

ER-Tracker™ 系列的染色探針針對(duì)的是活細(xì)胞,對(duì)ER具有高度選擇性。這些染料很少染色線粒體,不像傳統(tǒng)的ER染色劑DiOC6(3) (D273),ER-Tracker™ 探針的對(duì)細(xì)胞毒性很小。當(dāng)使用特定優(yōu)化方案對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色時(shí),即使經(jīng)過(guò)甲醛的處理,染色模式仍然保留。

還有一類(lèi)熒光鞘脂衍生物(sphingosine derivative),如NBD C6-ceramide、BDP FL-ceramide等,也是ER/高爾基體在活細(xì)胞中的重要染色探針之一。

部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:

活細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)Abs/Em染色部位
878ER-Tracker™ Green (BODIPY® FL Glibenclamide)504/511內(nèi)質(zhì)網(wǎng)
3058BDP TMR ceramide542/574高爾基體
固定細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)基因名稱(chēng)應(yīng)用染色部位
AMAb91016Anti-GORASP2Golgi reassembly stacking protein 2ICC-IF,IHC,WB高爾基體
AMAb90988Anti-PDIA3Protein disulfide isomerase family AICC-IF,IHC,WB內(nèi)質(zhì)網(wǎng)
AMAb91019Anti-HSP90B1Heat shock protein 90kda beta (grp94), member 1ICC-IF,IHC,WB內(nèi)質(zhì)網(wǎng)

 

六、細(xì)胞膜

細(xì)胞脂膜是動(dòng)態(tài)的、流體結(jié)構(gòu)(約4納米厚),這是生物學(xué)上的必要條件,因?yàn)槿粢?xì)胞參與基本的細(xì)胞和亞細(xì)胞生理功能(如遷移、細(xì)胞擴(kuò)散、吞噬、細(xì)胞分裂、內(nèi)吞、機(jī)械轉(zhuǎn)導(dǎo)和代謝等),則需要這些細(xì)胞膜/基質(zhì)膜能夠改變形狀和張力。

 

6.1 活細(xì)胞中細(xì)胞膜染色

對(duì)細(xì)胞膜張力的研究在細(xì)胞生理學(xué)中很重要。熒光膜張力探針Flipper-TR®(Spirochrome, Ltd.)可以對(duì)活細(xì)胞中的膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行特異性染色,以對(duì)膜的張力進(jìn)行研究。如圖6所示,對(duì)經(jīng)歷了高滲透沖擊的細(xì)胞的細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化分析。

圖7. 使用Flipper-TR®探針對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色。在高滲透沖擊前(上)和沖擊后(下)染色的Flipper-TR®圖像?;叶缺硎緹晒鈴?qiáng)度,彩色編碼表示熒光壽命。右邊的直方圖顯示了滲透沖擊后的壽命變化。

除此之外Flipper-TR®探針還提供針對(duì)其他細(xì)胞器膜/基質(zhì)膜(Plasma membrane)的染色,如溶酶體膜、線粒體膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜。

 

部分相關(guān)產(chǎn)品推薦:

活細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)Abs/Em染色部位
CY-SC020Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy480/600細(xì)胞膜
CY-SC021ER Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy480/600內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜
CY-SC022Lyso Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy480/600溶酶體膜
CY-SC023Mito Flipper-TR Kit for fluorescence cell membrane microscopy480/600線粒體膜
固定細(xì)胞
貨號(hào)產(chǎn)品名稱(chēng)基因名稱(chēng)應(yīng)用染色部位
AMAb90976Anti-EZREzrinICC-IF,IHC,WBPlasma membrane

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