1.青海發(fā)光桿菌菌種鑒定的方法和步驟是什么？

菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA，然后PCR擴(kuò)增16srDNA，上GeneBank或者Eztaxon對(duì)比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認(rèn)為是同種細(xì)菌（當(dāng)然也有例外，DNA序列僅僅是一個(gè)參考指標(biāo)）。
2. 微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級(jí)嗎？

如果你的菌株是自然界中分離得到，就只能鑒定到種，不能鑒定到株，因?yàn)槎喽嗌偕俸推渌晗档募?xì)菌有區(qū)別，即便你做了一些特征的鑒定，發(fā)現(xiàn)和某一株細(xì)菌一模一樣，你也沒有理由說你的細(xì)菌就是那一株細(xì)菌，因?yàn)槟悴豢赡馨阉械奶卣鞫甲鐾?，株和株之間的關(guān)系就相當(dāng)于不同的人之間的關(guān)系，世界上不可能有*相同的兩個(gè)人。除非你知道你的細(xì)菌本來就是某一株細(xì)菌擴(kuò)增出來的（而且要保證沒有變異，否則就是一個(gè)新株），可是這樣就沒必要鑒定了。
3．為什么鑒定出來的菌種跟我想象的相差太大？

答：我們青海發(fā)光桿菌菌種鑒定使用PCR直接擴(kuò)增的方法，即以客戶提供的菌株為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增，中間不經(jīng)過傳代培養(yǎng)，因此不會(huì)引入新的污染，如果出現(xiàn)結(jié)果不一致的情況，一般有以下原因?qū)е拢?/p>

     1、您提供的樣品未經(jīng)過三次分離純化，含有其他雜菌；

     2、您提供樣品的情況確認(rèn)如此。

建議您提供三次純化的菌株重新進(jìn)行鑒定。

4．為什么有時(shí)會(huì)出現(xiàn)PCR擴(kuò)增不出的現(xiàn)象；

答：擴(kuò)增不出的原因主要有以下幾種：

     1、您提供的菌種從嚴(yán)格意義上講不是細(xì)菌或者真菌，或者是信息有誤；

     2、您提供的菌種為革蘭氏陽性菌，由于細(xì)胞壁較厚，采用常規(guī)方法不能有效地破壁；

     3、培養(yǎng)基或菌體中表達(dá)產(chǎn)物含有抑制PCR產(chǎn)物的組份。對(duì)于第二種或第三種情況需要提供基因組DNA。
5．PCR擴(kuò)增直接測(cè)序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)套峰的現(xiàn)象；

答：1、測(cè)序結(jié)果個(gè)別堿基出現(xiàn)N，是由細(xì)菌rDNA多態(tài)性造成，對(duì)菌種鑒定沒有無影響；

   2、所有測(cè)序反應(yīng)均出現(xiàn)大面積套峰，是由于您提供的樣品模版不純?cè)斐傻摹?/p>

這種情況需要重新純化菌種。

6．PCR產(chǎn)物克隆測(cè)序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)結(jié)果分離的現(xiàn)象？

答：我們以菌種為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增，然后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序，如果出現(xiàn)2種或以上的測(cè)序結(jié)果，說明您提供的模版不單一，即菌種不純，含有其他雜菌，這種情況建議您將菌種重新進(jìn)行三次以上純化。

7．青海發(fā)光桿菌菌種鑒定可以鑒定到種嗎？

答：利用rRNA的保守區(qū)域進(jìn)行鑒定只是菌種鑒定的一個(gè)分子生物學(xué)指標(biāo)，通過鑒定結(jié)果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個(gè)種屬比較接近。如果鑒定至種，還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標(biāo)等來綜合判斷。