Chip/CO-IP/Chip-seq

ChIP(Chromatin immunoprecipitation) 染色質(zhì)免疫共沉淀:染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)主要應用于驗證及探尋體內(nèi)環(huán)境中，蛋白質(zhì)和DNA的直接相互作用，旨在探索特定蛋白質(zhì)在DNA上的特定結(jié)合序列，常在研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及組蛋白修飾中被應用到。

實驗過程大致為：交聯(lián)-解交聯(lián)-超聲打碎-免疫沉淀-洗滌-DNA純化-PCR檢測。
 
具體操作：
樣品準備：培養(yǎng)細胞(若樣品為組織，可先培養(yǎng)原代細胞)；固定，或者直接活細胞送樣。
 
細胞固定：此步驟目的為將結(jié)合在DNA上的蛋白用共價形式交聯(lián)在所結(jié)合的位點上，避免在之后的操作步驟中脫離丟失。直接將甲醛加入細胞培養(yǎng)液，搖晃固定10分鐘后，迅速加入2.5M甘氨酸解交聯(lián)5分鐘，PBS洗滌，刮下細胞。
 
超聲打碎：此步驟目的為將長鏈的DNA打碎成200-1000bp的DNA片段。使用設備是超聲水浴鍋，EP管在冰水混合物中超聲，超聲后細胞懸液變得澄清透明。離心取上清。
 
免疫沉淀：此步驟是加入特異性抗體和對照IgG，和結(jié)合抗體的磁珠（或protein A/G）。經(jīng)稀釋后，超聲產(chǎn)物分成兩份，分別加入特異性抗體和對照IgG，輪轉(zhuǎn)過液，第二天加入磁珠輪轉(zhuǎn)4小時。
 
洗滌：此步驟是減少非特異性結(jié)合。分別用稀釋緩沖液、低鹽溶液、高鹽溶液、氯化鋰溶液以及TE緩沖液洗滌共7次。用洗脫緩沖液在65℃洗脫過液。
 
DNA純化：將洗脫的產(chǎn)物用DNA純化試劑盒純化，得到50ul純化產(chǎn)物，用于檢測ChIP結(jié)果。

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