病理檢查一直被譽(yù)為疾病診斷的“金標(biāo)準(zhǔn)"，是認(rèn)識(shí)疾病本質(zhì)的理論基礎(chǔ)，病理學(xué)診斷在醫(yī)學(xué)診斷中常被認(rèn)為是“quan威診斷"，意義重大。但傳統(tǒng)的病理診斷面臨著主觀因素大，缺乏客觀數(shù)據(jù)；效率低，耗費(fèi)大量時(shí)間；沒(méi)有精準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)，重復(fù)性低等缺陷。為此，科學(xué)家們也一直在尋求和創(chuàng)造新的分析技術(shù)及方法：數(shù)字病理，全切片影像系統(tǒng)，機(jī)器學(xué)習(xí)，人工智能....

病理診斷的工作很復(fù)雜，但是病理圖像分析的流程卻很簡(jiǎn)單：從標(biāo)準(zhǔn)化制片到染色、掃描成全切片數(shù)字圖像、再到最后的圖像分析及管理和共享，前面的三步隨著設(shè)備升級(jí)、技術(shù)發(fā)展已經(jīng)能夠高效率進(jìn)行。最后一步的切片觀察難度依然很大，現(xiàn)階段需要憑靠病理學(xué)家們豐富的科研經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行判斷，如遇到大批量一起的切片，就非常耗費(fèi)時(shí)間與人力。

多色老師：我成像完了以后想要做數(shù)據(jù)分析，你們有什么軟件推薦嗎？

小愛(ài)：目前市面上數(shù)據(jù)分析軟件還是比較多的，像免費(fèi)的您可以下載imageJ、Qupath，缺點(diǎn)就是用法都需要您自行摸索；我們公司安裝的是HALO和StrataQuest兩款軟件，HALO病理圖像分析平臺(tái)，StrataQuest是我們TG的掃描儀平臺(tái)自帶的（基本所有的病理領(lǐng)域的分析需求都能滿足，可以出組織流式散點(diǎn)圖，直方圖），從功能、分析的精準(zhǔn)度和可操作性來(lái)說(shuō)，肯定是大大優(yōu)于開(kāi)源軟件的，且有軟件專業(yè)的技術(shù)支持團(tuán)隊(duì)能夠答疑解惑。您可以根據(jù)您的實(shí)際情況選擇合適的分析軟件，如果您實(shí)在無(wú)從下手，也可以找Absin，我們可以提供數(shù)據(jù)分析的服務(wù)~

那么接下來(lái)小愛(ài)給大家介紹的HALO，就是針對(duì)病理診斷的難點(diǎn)痛點(diǎn)而誕生的一個(gè)精準(zhǔn)簡(jiǎn)便的病理圖像分析平臺(tái)。HALO可兼容市場(chǎng)上大多數(shù)掃描儀掃出的圖像文件格式（LEICA, Hamamatsu, 3D Histech, Zeiss, Akoya, KFBIO, JPG, TIFF），這些圖像可直接導(dǎo)入HALO軟件，無(wú)需任何格式轉(zhuǎn)換即可進(jìn)行編輯和分析。  廣泛的應(yīng)用于神經(jīng)科學(xué)、代謝組學(xué)、腫瘤學(xué)、毒理病理學(xué)等領(lǐng)域的病理圖像定量研究中。

mIHC定量分析內(nèi)容：

總分析區(qū)域的細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù)，各marker細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù)，各marker細(xì)胞數(shù)目/細(xì)胞核數(shù)占比，各marker陽(yáng)性細(xì)胞平均熒光強(qiáng)度值，每平方微米的平均細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù)，面積計(jì)數(shù)及多染細(xì)胞的共定位信息等...

空間分析內(nèi)容：

(a)最近鄰分析；(b)鄰近度分析；(c)浸潤(rùn)分析；(d)密度熱圖分析

1、最近鄰分析（Nearest Neighbor）：確定任何兩個(gè)單元格或?qū)ο笕褐g的平均距離和唯YI鄰居的數(shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Cells】–檢測(cè)到的類群A的總數(shù)；

2）到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B】(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm)；

3）唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B】– 檢測(cè)到的唯YI類群B的總數(shù)。

2、鄰近度分析（Proximity Analysis）：計(jì)算與另一個(gè)對(duì)象或單元格一定距離內(nèi)的單元格或?qū)ο蟮臄?shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Count】– 檢測(cè)到的類群A的總數(shù)；

2）類群B數(shù)目【Population B Count】– 檢測(cè)到的類群B的總數(shù)；

3）在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的數(shù)量【Population A within input range µm of Population B】 – 在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的總數(shù)；

4）在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的百分比【% Population A within input range µm of Population B】 – 在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的百分比；

5）到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B】(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm)；

6）唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B】– 檢測(cè)到的唯YI類群B的總數(shù)；

7）在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的平均數(shù)量【Average number of Population A within input range µm of Population B】—在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的平均數(shù)量。

如下所示可以得到zhi定范圍內(nèi)Immune Positive≤500µm和Immune Positive>500µm的原始數(shù)據(jù)和圖片。

3、浸潤(rùn)分析（Infiltration Analysis）：確定感興趣的注釋區(qū)域的設(shè)置范圍內(nèi)的單元格或?qū)ο蟮臄?shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Count】– 檢測(cè)到的類群A的總數(shù)；

2）交界區(qū)域內(nèi)的類群A的數(shù)量 【Population A within interface area】– 在界面區(qū)域內(nèi)檢測(cè)到的類群A的總數(shù)；

3）類群A到交界線的平均距離【Population A average distance to interface】– 類群A到交界線的平均距離(µm)；

4）交界區(qū)域的面積【Total interface area】(mm2) – 總交界區(qū)域的總面積；

5）每平方毫米內(nèi)類群A的平均密度【Population A average density per mm2】– 每平方毫米內(nèi)類群A的平均密度。

如下所示可以分析交界面外的免疫陽(yáng)性細(xì)胞、交界面中的免疫陽(yáng)性（內(nèi)部）細(xì)胞和交界面中的免疫陽(yáng)性（外部）細(xì)胞，且可以提供浸潤(rùn)直方圖（負(fù)值對(duì)應(yīng)于交界面內(nèi)部區(qū)域，正值對(duì)應(yīng)于交界面外部區(qū)域）。

4、密度熱圖分析（Density Heatmap）：計(jì)算和可視化分析區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞或?qū)ο蟮拿芏取?/span>

1）分析區(qū)域面積【Area Analyzed】 (µm2) – 分析區(qū)域的總面積，單位為µm2；

2）細(xì)胞群數(shù)量【Cell Population Count】 – 檢測(cè)到的細(xì)胞群的數(shù)量；

3）距離設(shè)定半徑內(nèi)的平均細(xì)胞數(shù)量【Average Cell Population within Distance µm Radius】– 在每個(gè)像素周圍設(shè)置的半徑內(nèi)計(jì)數(shù)的細(xì)胞類群的平均數(shù)量。將值相加并除以ROI內(nèi)的像素?cái)?shù)。該輸出值等于平均細(xì)胞類群密度輸出乘以給定半徑的圓的面積；

4）平均細(xì)胞類群密度（細(xì)胞種群/µm2）– 此輸出將上述指標(biāo)縮放為每個(gè)區(qū)域的平均對(duì)象數(shù)量單位。在用戶定義的每個(gè)像素周圍的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的平均密度除以給定半徑的圓的面積；

5）距離設(shè)定半徑內(nèi)的最小細(xì)胞類群數(shù)量 – 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的最小對(duì)象數(shù)；

6）最小細(xì)胞類群群密度（細(xì)胞群/µm2）– 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的最小密度；

7）距離設(shè)定半徑內(nèi)的最大細(xì)胞類群數(shù)量 – 在每個(gè)像素周圍的用戶定義區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的最大對(duì)象數(shù)；

8）最大細(xì)胞群密度（細(xì)胞群/µm2）– 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的最大密度。

Absin產(chǎn)品線：

爆款產(chǎn)品：試劑盒(mIHC、IHC、凋亡、ELISA、ChIP、Co-IP、TR-FRET、生化檢測(cè)、殘留檢測(cè)、多因子檢測(cè))；細(xì)胞培養(yǎng)(類器官試劑盒+基質(zhì)膠，胎牛血清+培養(yǎng)添加劑+細(xì)胞因子)、分化試劑盒；分子(mRNA合成服務(wù)+提取試劑盒)；化合物大包裝；輔助試劑、耗材/儀器、定制服務(wù)(抗體/多肽/蛋白/標(biāo)記/檢測(cè))...

特色產(chǎn)品：雞胚提取物CEE、B27、N2、霍亂毒素B亞單位CTB、牛腦垂體提取物BPE、百日咳毒素PTX、重組人胰島素Insulin、人源低密度脂蛋白LDL...