微生物工業(yè)自從采用純種發(fā)酵以來，產(chǎn)率有了很大的提高，然而防止雜菌污染的要求也更高了。人們在與雜菌污染的斗爭中，積累總結(jié)出很多寶貴的經(jīng)驗。規(guī)范了管理措施，設(shè)計了一系列設(shè)備（例如密閉式發(fā)酵罐，培養(yǎng)基滅菌設(shè)備，無菌空氣制備設(shè)備等）和管道，應(yīng)用了無菌室甚至無菌車間，建立了無菌操作技術(shù)，因而大大降低了發(fā)酵染菌率。但是某些發(fā)酵工業(yè)還遭受著染菌的威脅，染菌后輕者影響產(chǎn)率、產(chǎn)物提取收得率和產(chǎn)品質(zhì)量，重者造成“倒罐” ，不但 浪費大量原材料，造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失，還會對周圍環(huán)境造成破壞。
凡是在發(fā)酵液或發(fā)酵容器中侵入了非接種的微生物統(tǒng)稱為雜菌污染，及早發(fā)現(xiàn)雜菌并采取相應(yīng)措施，對減少由雜菌污染造成的損失至關(guān)重要。因此檢查的方法要求準(zhǔn)確、快速。發(fā)酵污染可發(fā)生在各個時期。種子培養(yǎng)期染菌的危害zui大，因嚴(yán)格防止。一旦發(fā)現(xiàn)種子染菌，均應(yīng)滅菌后棄去，并對種子罐及其管道進(jìn)行*滅菌。發(fā)酵前期養(yǎng)分豐富，容易染菌，此時養(yǎng)分消耗不多，應(yīng)將發(fā)酵液補(bǔ)足必要養(yǎng)分后迅速滅菌，并重新接種發(fā)酵。發(fā)酵中期染菌不但嚴(yán)重干擾菌株的代謝，而且會影響產(chǎn)物的生成，甚至使已形成的產(chǎn)物分解。
由于發(fā)酵中期養(yǎng)分已被大量消耗，代謝產(chǎn)物的生成又不是很多，挽救處理比較困難，可考慮加入適量的抗生素或殺菌劑。如果是發(fā)酵后期染菌，此時產(chǎn)物積累已較多，糖等養(yǎng)分已接近耗盡，若染菌不嚴(yán)重，可繼續(xù)進(jìn)行發(fā)酵；若污染嚴(yán)重，可提錢放罐。染菌程度越重，危害越大；染菌少，對發(fā)酵的影響就小。所以，實際中，應(yīng)當(dāng)根據(jù)污染程度和發(fā)酵時期區(qū)別對待。