常用指標(biāo)是菌株的存活率和接種物成活率。為確切判斷菌株在保藏后是否發(fā)生變異，還須從以下4個方面進(jìn)行觀察和測定：①生物學(xué)特征，如菌絲形態(tài)、顏色等；②對基質(zhì)分解能力，如走菌、吃料速度等；③遺傳特征，如相關(guān)酶的酶譜、酶活力等；④出菇能力，包括產(chǎn)量、質(zhì)量。通過經(jīng)常檢驗，以確保不出現(xiàn)任何退化跡象的菌株取得菇農(nóng)的信賴。通過保藏菌種的效果鑒定，可以對保藏方法加以改善，使保藏體系更加完善。
羊肚菌屬    Morchella sp.
嗜酸乳桿菌    Lactobacillus acidophilus
植物乳桿菌    Lactobacillusphantarum(Orla-Jehsen)Holland
藍(lán)色犁頭霉    Absidia coerulea
串珠鐮孢    Fusarium moniliforme
巴氏醋桿菌    Acetobacterpasteurianus
火針層孔菌    Phellinus igniarius (L.) Quél.
蟬花1-13    Isaria cicadae Miq.
茯苓    Poriacocos(Fr.)Wolf
白地霉    GeotrichumcandidumLink
蛹蟲草(北冬蟲夏草，北蟲草)    Cordyceps militaris
蛹蟲草（北冬蟲夏草，北蟲草）    Cordyceps militaris
嗜熱乳酸鏈球菌    StreptococusthermophilusOrla-Jensen
白僵菌    Aspergillus awamori
構(gòu)巢曲霉    Aspergillus nidulans
產(chǎn)氨棒桿菌    Corynebacterium ammoniagenes
金黃色葡萄球菌    Staphylococcus aureus
糞腸球菌    Enterococcus faecalis
致瀉大腸埃希氏菌    Escherichia coli EPEC O86：K61
沼澤紅假單胞菌    Rhodopseudomonas palustris (Molisch) van Niel