①微生物菌種要選擇適于冷凍干燥的菌齡細(xì)胞；
②要選擇適宜的培養(yǎng)基，因?yàn)槟承┪⑸飳?duì)冷凍的抵抗力，常隨培養(yǎng)基成分的變化而顯示出巨大差異；
③要選擇合適的菌液濃度，通常菌液濃度越高，生存率越高，保存期也越長(zhǎng)；
④在菌液內(nèi)不添加電解質(zhì)(如食鹽等)；
⑤可在菌液內(nèi)添加甘油等保護(hù)劑，以防止在冷凍過(guò)程中出現(xiàn)菌體大量死亡的現(xiàn)象。同樣，也可添加各種糖類(lèi)、去纖維血液和脫脂牛乳等具有良好保護(hù)效果的溶劑，但對(duì)有些微生物而言，不加保護(hù)劑時(shí)更有效。
⑥原則上應(yīng)盡快進(jìn)行冷凍處理，但當(dāng)加入保護(hù)劑時(shí)，可靜置一段時(shí)間后再進(jìn)行處理。
⑦就動(dòng)物細(xì)胞而言，應(yīng)在-20℃范圍內(nèi)以1℃/min左右的速度緩慢降溫，此后必須盡快降到貯藏溫度；而對(duì)絕大多數(shù)微生物而言，則不必如此，如結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜的原蟲(chóng)則可在-35℃范圍內(nèi)進(jìn)行緩慢降溫，而噬菌體則必需采用上述的二階段法進(jìn)行冷凍；
⑧若進(jìn)行長(zhǎng)期保存，則貯藏溫度越低越好；
⑨取用冷凍保存的菌種時(shí)，應(yīng)采取速融措施，即在35～40℃溫水中輕輕振蕩使之迅速融解。而就厭氧菌來(lái)說(shuō)，則應(yīng)選擇靜置融化的措施。當(dāng)冷凍菌融化后，應(yīng)盡量避免再次冷凍，否則菌體的存活率將顯著下降。
微生物菌種常用的冷凍保存法包括：
①低溫冰箱保存法(-20℃、-50℃或-85℃)：
低溫冷凍保存時(shí)使用螺旋口試管較為方便，也可在棉塞試管外包裹塑料薄膜。保存時(shí)菌液加量不宜過(guò)多，有些可添加保護(hù)劑。此外，也可用φ5mm的玻璃珠來(lái)吸附菌液，然后把玻璃珠置于塑料容器內(nèi)，再放入低溫冰箱內(nèi)進(jìn)行保存的。
②干冰保存法(-70℃左右)：即將菌種管插入干冰內(nèi)，再置于冰箱內(nèi)進(jìn)行冷凍保存；
③液氮保存法(-196℃)：是適用范圍zui廣的微生物保存法。
其操作步驟如下：
a、裝安瓶管：使用盡量濃厚的菌體懸浮于含有適當(dāng)防凍劑(保存霉菌不用防凍劑)的滅菌溶液中，將0.2～1mL的這種溶液分裝于安瓶中，或在裝有分散劑的安瓶中直接接種，或?qū)⒕z體瓊脂塊直接懸浮于分散劑中。
b、熔封安瓶管：若直接貯存于氣相液氮中(-150℃～-170℃)時(shí)，則不需熔封。
c、檢查安瓶管是否熔封良好：即在4℃下，將熔封安瓶管在適當(dāng)?shù)纳厝芤褐薪?～30分鐘后，觀察有無(wú)色素進(jìn)入安瓶。
d、緩慢冷卻：微生物菌種將熔封安瓶管置于小罐中，然后用液氮?dú)庖约s1℃/min的速度冷卻至-25℃左右，也可在-20℃～-25℃的冰箱內(nèi)緩慢冷卻30～60min。