微生物菌種通過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機(jī)酸等酸性物質(zhì)，促進(jìn)土壤中微量元素的釋放及螯合，有效打破土壤板結(jié)，促進(jìn)團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，并能改善土壤的通氣狀況，促進(jìn)有機(jī)質(zhì)、腐殖酸和腐殖質(zhì)的生成。對應(yīng)于當(dāng)前土壤中出現(xiàn)的通透性不強(qiáng)、保水保肥性 差、地力差等問題，正是受土壤中的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)、有機(jī)質(zhì)、腐殖酸和腐殖質(zhì)的影響，而這些物質(zhì)的形成又受土壤中微生物的作用。
微生物在土壤中物質(zhì)和能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色，微生物菌種是物質(zhì)循環(huán)鏈上的重要環(huán)節(jié)。它能夠活化土壤有機(jī)與無機(jī)養(yǎng)分，分解有機(jī)物，釋放養(yǎng)分，增加養(yǎng)分的有效性。對應(yīng)于當(dāng)前土壤中出現(xiàn)的板結(jié)、酸化、鹽漬化、土壤貧瘠、地力衰竭等問題，這些問題出現(xiàn)的原因是肥料在土 壤中長期積累、殘存、得不到有效分解和營養(yǎng)轉(zhuǎn)化，養(yǎng)分的釋放和轉(zhuǎn)化正是靠微生物。
微生物在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、有機(jī)農(nóng)藥、重金屬和其他污染物等，在其理化反應(yīng)中對上述污染物質(zhì)進(jìn)行分解、轉(zhuǎn)化、固定、轉(zhuǎn)移以及新的無害化合成，把他們分解成低害甚至無害的物質(zhì)，降低土壤污染的程度。
此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，微生物菌種這樣就可以防治和減少土壤中土傳微生物對作物的危害，提高作物品質(zhì)和產(chǎn)量。