核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)是一種物理方法，其基本原理是使試樣中各組分在離子源中發(fā)生電離，生成不同荷質(zhì)比的帶正電荷的離子，經(jīng)加速電場(chǎng)的作用，形成離子束，進(jìn)入質(zhì)量分析器。在質(zhì)量分析器中，再利用電場(chǎng)和磁場(chǎng)使發(fā)生相反的速度色散，將它們分別聚焦而得到質(zhì)譜圖，從而確定其質(zhì)量。

核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)分離和檢測(cè)不同同位素的儀器。即根據(jù)帶電粒子在電磁場(chǎng)中能夠偏轉(zhuǎn)的原理，按物質(zhì)原子、分子或分子碎片的質(zhì)量差異進(jìn)行分離和檢測(cè)物質(zhì)組成的一類(lèi)儀器。

核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)通過(guò)測(cè)定離子化生物分子的質(zhì)荷比便可得到相關(guān)分子的質(zhì)量。但長(zhǎng)期以來(lái)，質(zhì)譜方法于小分子和中等分子的研究，由于要將質(zhì)譜應(yīng)用于生物大分子需要將之制備成氣相帶電分子，然后在真空中物理分解成離子。但如何使蛋白分子經(jīng)受住離子化過(guò)程轉(zhuǎn)成氣相帶電的離子而又不喪失其結(jié)構(gòu)外形是個(gè)困難。

核酸質(zhì)譜分析系統(tǒng)由進(jìn)樣系統(tǒng)、電離源、質(zhì)量分析器、真空系統(tǒng)和檢測(cè)系統(tǒng)構(gòu)成。
1、真空系統(tǒng)
質(zhì)譜儀中所有部分均要處高度真空的條件下,其作用是減少離子碰撞損失。真空度過(guò)低，將會(huì)引起：
a)大量氧會(huì)燒壞離子源燈絲；
b)引起其它分子離子反應(yīng)，使質(zhì)譜圖復(fù)雜化；
c)干擾離子源正常調(diào)節(jié)；
d)用作加速離子的幾千伏高壓會(huì)引起放電。
2、進(jìn)樣系統(tǒng)
對(duì)進(jìn)樣系統(tǒng)的要求：重復(fù)性、不引起真空度降低。
進(jìn)樣方式：
a)間歇式進(jìn)樣：適于氣體、沸點(diǎn)低且易揮發(fā)的液體、中等蒸汽壓固體。