營養(yǎng)物、環(huán)境條件的改變以及環(huán)境污染都會對微生物群落產(chǎn)生協(xié)迫，群落的結(jié)構(gòu)會有相應(yīng)的改變，這實際上反映了環(huán)境對群落的選擇。這種選擇原理是我們富集特定生理功能微生物的重要理論基礎(chǔ)，例如，向生活污水投加表面活性劑，使其濃度從低到高達到“定水平，后生活污水中的表面活性劑降解菌會成為優(yōu)勢菌，而易于從其中分離

　　種多樣性、垂直結(jié)構(gòu)、水平結(jié)構(gòu)和優(yōu)勢種是表征群落結(jié)構(gòu)的重要參數(shù)。種多樣性可以用“多樣性指數(shù)" (diversity index) 來表示，多樣性指數(shù)是以群落組成結(jié)構(gòu)中種的數(shù)量和各個種的個體數(shù)量的分配有一定的特點為依據(jù)而設(shè)計的一種數(shù)值指標，種類數(shù)越多或各個種的個體數(shù)分配越均勻，則種多樣性指數(shù)值就越大，反之，種多樣性指數(shù)值就越小。

　　垂直結(jié)構(gòu)是不同種群在垂直方向上的排列狀況，垂直分布是種群間及種群與環(huán)境之間相互關(guān)系的一種特定形式，因此生境中的任何一個群落均有其本身的垂直結(jié)構(gòu)。水平結(jié)構(gòu)主要反映隨著緯度的變化而產(chǎn)生的大氣溫度的變化，微生物在不同溫度環(huán)境下而形成不同的結(jié)構(gòu)。在任何群落中，組成群落的各個種群所表現(xiàn)的作用是不同的，所以群落中的各種種群不具有同等的重要性。其中有部分種群，因其數(shù)量、大小或活性而在群落中起著主要的控制作用。這些對群落和環(huán)境具有決定性意義的種群稱為優(yōu)勢種群。

　　生態(tài)位是生物個體、種群或群落所占據(jù)的具有時空特點的位置。微生物的群落結(jié)構(gòu)受到生態(tài)位的生物和非生物環(huán)境的嚴格選擇，因此群落的組成實際上是生態(tài)位的狀況的真實反映。一定生態(tài)位上的微生物群落也是長期的適應(yīng)性進化的結(jié)果。反芻動物和非反芻動物，都能食纖維素，經(jīng)過長期的適應(yīng)進化，它們的消化器官內(nèi)都有相似的以能分解纖維素的細菌、真菌為主的微生物群落。

　　群落是一定區(qū)域內(nèi)或一定生境中各種微生物種群相互松散結(jié)合的一種結(jié)構(gòu)和功能單位。這種結(jié)構(gòu)單位雖然結(jié)合松散，但并非是雜亂的堆積，而是有規(guī)律的結(jié)合，并由于其組成的種群種類及特點而顯現(xiàn)出一定的特性。任何微生物群落都是由一定的微生物種群所組成，而每個種群的個體都有一定的形態(tài)和大小，它們對周圍的生態(tài)環(huán)境各有其一定的要求和反應(yīng)，它們在群落中處于不同的地位和起著不同的作用。一定生境條件下的微生物群落具有相應(yīng)的生態(tài)功能，結(jié)構(gòu)和功能緊密相連。一個種群有多種生理功能，多個種群組合成一個群落完成一種生態(tài)功能。