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北大學(xué)者歷時7年刷新DNA測序精度,打破*壟斷
北京大學(xué)黃巖誼教授帶領(lǐng)的團(tuán)隊在《Nature Biotechnology》期刊上在線發(fā)表《基于信息理論來修正錯誤的高準(zhǔn)確度熒光產(chǎn)生DNA測序方法》,這標(biāo)志著我國學(xué)者已成功刷新DNA信息解讀的程度,從根本上提高了測序方法本身的精度,打破了國外在基因測序領(lǐng)域的技術(shù)壟斷。
*,生命之所以能夠代代相傳、生生不息,奧秘在于承載遺傳信息的DNA。人的基因組含有多達(dá)30億對堿基對,理論上有無窮的排列組合。
北京大學(xué)黃巖誼教授帶領(lǐng)的團(tuán)隊在《Nature Biotechnology》期刊上在線發(fā)表《基于信息理論來修正錯誤的高準(zhǔn)確度熒光產(chǎn)生DNA測序方法》,這標(biāo)志著我國學(xué)者已成功刷新DNA信息解讀的程度,從根本上提高了測序方法本身的精度,打破了國外在基因測序領(lǐng)域的技術(shù)壟斷,極大推動了我國生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)的研究發(fā)展,同時今后有望為嬰兒基因突變檢測、循環(huán)腫瘤DNA等測序臨床醫(yī)學(xué)應(yīng)用的進(jìn)一步發(fā)展提供更好的工具。
這個研究團(tuán)隊,包括北京大學(xué)教授謝曉亮、黃巖誼,博士后陳子天,博士研究生周文雄、喬朔、康力以及副研究員段海峰。7位成員分別來自化學(xué)、物理、生物等不同學(xué)科背景。
以基礎(chǔ)研究促進(jìn)新技術(shù)發(fā)展,從根本上推動應(yīng)用
“隨著產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展壯大,競爭將越來越集中于‘上游’技術(shù)源頭。此次ECC測序方法的發(fā)現(xiàn),正是從源頭把握住DNA測序方法,打破其他國家商業(yè)壟斷的鉗制,掌握核心知識產(chǎn)權(quán)。” 黃巖誼介紹。“這是非常重要的原創(chuàng)文章,不是那種快速論文。”謝曉亮表示,ECC測序方法將把下一代測序儀的精度大幅提升。
從中國制造向中國智造邁進(jìn),現(xiàn)代農(nóng)業(yè)通過篩選優(yōu)良基因進(jìn)行育種、現(xiàn)代醫(yī)學(xué)通過DNA測序進(jìn)行疾病監(jiān)測與預(yù)防……DNA測序研究成果不僅促進(jìn)中國生命科學(xué)研究的發(fā)展,也能夠為世界提供中國智慧。“雖然目前在一些領(lǐng)域我國依舊是跟跑階段,但是相信我們有潛力在未來成為。” 黃巖誼說。
ECC測序法研究成果屬于基礎(chǔ)前沿研究,是其他學(xué)科研究發(fā)展的原始創(chuàng)新與先導(dǎo)。“我們從基礎(chǔ)科學(xué)出發(fā)推動新的技術(shù)發(fā)展,才能從根本上推動應(yīng)用。如同只會造車,沒有高度過硬的核心發(fā)動機(jī)驅(qū)動也不行。”黃巖誼介紹。
用7年的時間做一項研究,經(jīng)歷了科研難關(guān)、經(jīng)費(fèi)緊張、工作停頓、人員不穩(wěn)定等諸多問題。“很多時候不能直接感覺到關(guān)鍵突破口在哪里,需要不斷摸索。很多已有知識不能直接應(yīng)用,需要融會貫通。”黃巖誼介紹。“論文發(fā)表當(dāng)然很開心,但更重要的是科學(xué)研究自身的價值,和探索過程中的成就感。”這是課題組成員的共同感受。
北京富瑞恒創(chuàng)科技有限公司,成立于2009年8月,成立至今已經(jīng)和國內(nèi)多家教育機(jī)構(gòu),全國各地多家企業(yè)有過長期的合作關(guān)系,專注于新型材料試驗機(jī)的研究,長期聘請清華大學(xué)精密儀器系的專家為技術(shù)顧問,并成立新型材料檢測儀器研發(fā)中心。
北京富瑞恒創(chuàng)科技有限公司是集專業(yè)設(shè)計、開發(fā)、生產(chǎn)與銷售于一體的*股份制企業(yè),專注于新型材料試驗機(jī)的研制、材料檢測技術(shù)的提高及材料試驗方法的創(chuàng)新,是國內(nèi)的材料試驗檢測儀器的生產(chǎn)企業(yè)。
富瑞恒創(chuàng)儀器研發(fā)部擁有行業(yè)內(nèi)zui的、的研發(fā)力量及技術(shù)團(tuán)隊,,并成立新型材料檢測儀器研發(fā)中心,是對推動國內(nèi)材料檢測技術(shù)的提高和試驗方法創(chuàng)新的重要技術(shù)保證力量。富瑞恒創(chuàng)同時還與中科院自動化研究所、國防科技大學(xué)等全國數(shù)十所科研院所開展緊密合作,并為中國國fang軍工企業(yè)及航天科技企業(yè)和重點(diǎn)實驗室定制生產(chǎn)了大量標(biāo)準(zhǔn)和非標(biāo)準(zhǔn)的測試儀器。
發(fā)明了糾錯編碼測序法,大幅提升了基因序列測定的精度
*,生命之所以能夠代代相傳、生生不息,奧秘在于承載遺傳信息的DNA。人的基因組含有多達(dá)30億對堿基對,理論上有無窮的排列組合。而DNA的序列測定是進(jìn)一步研究和改造目的基因的基礎(chǔ),在生物學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域意義重大。因此在科學(xué)家解讀遺傳密碼時,測序技術(shù)是強(qiáng)有力的解碼工具。
以前,中國的DNA測序技術(shù)在世界上處于第二梯隊,前沿科技仍被美國公司和科研機(jī)構(gòu)壟斷。中國的數(shù)千家測序服務(wù)公司只能斥巨資引進(jìn)國外測序儀,并不具備在技術(shù)源頭的解決方案,更沒有自己的測序儀。
“就像需要自己的飛機(jī)一樣,中國也需要自己的測序儀。如果一味借用別人的技術(shù),將永遠(yuǎn)沒有機(jī)會。”正是出于這種想法,黃巖誼帶領(lǐng)的課題組利用7年時間,發(fā)明了糾錯編碼(ECC)測序法,自此,我國基因測序技術(shù)擁有了獨(dú)立自主的核心技術(shù)與知識產(chǎn)權(quán)。
如同古埃及羅塞塔石碑一樣,碑上分別用古希臘文字、古埃及象形文字和當(dāng)時的通俗體文字刻了同樣的內(nèi)容,近代的考古學(xué)家對照3種語言版本內(nèi)容,解讀出古埃及象形文字。ECC測序方法同樣利用3種不同方式檢測同一序列,通過創(chuàng)建3個正交簡并序列,將信息冗余和測序過程結(jié)合,發(fā)現(xiàn)和糾正測序中產(chǎn)生的錯誤,從而大幅提升基因測序精度。
論文沒有秘密,希望與的科學(xué)家共享進(jìn)步
科學(xué)研究的美在于真理往往以同一本質(zhì)的不同面目貫穿于諸多學(xué)科之間。這也使得研究需要集合多方知識進(jìn)行探索。
測序技術(shù)的開發(fā)就涉及化學(xué)、生物醫(yī)學(xué)、計算機(jī)、微電子學(xué)、光學(xué)、材料科學(xué)和精密加工等多學(xué)科技術(shù)。
如果沒有近年陸續(xù)成立的北京大學(xué)前沿交叉學(xué)科研究院和包括團(tuán)隊成員所在的生物動態(tài)光學(xué)成像中心等諸多跨學(xué)科研究中心,像ECC測序方法這樣的需調(diào)動多方資源的復(fù)雜工程就很難組隊。黃巖誼表示,“將不同研究領(lǐng)域、研究背景的老師和學(xué)生聚集在一起,共同推動科研發(fā)展,這才使得此次研究能夠融合多方智慧,zui終獲得成功。”
承擔(dān)了關(guān)鍵的數(shù)學(xué)推導(dǎo)、算法優(yōu)化以及編程實現(xiàn)的團(tuán)隊主要成員、北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物物理學(xué)專業(yè)博士生周文雄表示,關(guān)鍵算法的誕生是來自一次偶然的課堂實踐。“美國國家科學(xué)院院士邁克爾·沃特曼教授的研究理論在70年代的生物信息學(xué)研究領(lǐng)域影響深遠(yuǎn),我幸運(yùn)地在一次課堂活動中獲得了與他訪談的機(jī)會。一天晚上做完實驗回家的路上,我突然發(fā)現(xiàn)這一理論為課題提供了算法計算的靈感。”
當(dāng)然,一切大膽猜想都需要細(xì)致嚴(yán)謹(jǐn)?shù)挠∽C。在黃巖誼看來,“研究成果體現(xiàn)了基礎(chǔ)工作抽象原理的突破和工匠精神的結(jié)合。不僅要想得好,而且要做得好。用更好的技術(shù),做更好的科學(xué)。”
以前,中國的DNA測序技術(shù)在世界上處于第二梯隊。研究團(tuán)隊發(fā)表的《基于信息理論來修正錯誤的高準(zhǔn)確度熒光產(chǎn)生DNA測序方法》,這標(biāo)志著我國學(xué)者已成功刷新DNA信息解讀的程度,打破了國外在基因測序領(lǐng)域的技術(shù)壟斷,將大力推動科研發(fā)展。