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人類基因組計劃何時能達終點?基因測序的硬件往事

閱讀:952        發(fā)布時間:2019-10-30

1986年,一位名叫杜爾貝科的美國生物學家震驚了醫(yī)學界。他發(fā)表了一篇名叫《癌癥研究的轉折點——人類基因組的全序列分析》文章,提出了從基因角度研究癌癥,攻克癌癥的新思路。在20世紀前后,好奇的人類已經(jīng)在探索未知的路上開展了兩大科學工程,其中一個叫做“曼哈頓原zi彈計劃”,另一個則是大家熟知的“阿波羅登月計劃”。

 

基因測序的硬件往事 人類基因組計劃何時能達終點?

 

在杜爾貝科發(fā)表的這篇論文過去4年的時間,美國國立衛(wèi)生研究院和能源部宣布了第三項人類科學工程:“人類基因組計劃”。

 

這個計劃將測定組成人類染色體所包含的核苷酸序列,從而繪制人類基因組圖譜,后達到破譯人類遺傳信息的終目的。

 

跟原zi彈和登月計劃不同的是,人類基因組計劃是一項跨國跨學科的科學探索工程,因為人類種族多樣,遍布,只靠美國一己之力無法完成。英、日、法、德等國家先后加入。

 

在美國,一名叫福萊特利(Jay Flatly)的年輕人成為了“人類基因組計劃”的一員。8年之后,他被一家剛剛融資不久的基因公司招入麾下。

 

時至今日,這家公司已經(jīng)是*大的基因測序儀制造公司。公司的名字叫Illumina,而這家公司的董事會執(zhí)行主席正是福萊特利。

 

同樣是在90年代,有一位比福萊特利小一歲的中國研究員在“人類基因組計劃”中跳了出來,他跟幾位中國科學家一起,代表中國承擔了人類基因組計劃的1%工作,即人類3號染色體短臂一側約30cM區(qū)域的測序與分析任務。

 

中國也成為“人類基因組計劃”的第六個、也是后一個參與國,是wei一的發(fā)展中國家。

 

這位研究員叫做汪建,幾乎跟Illumina同一時間,汪建等人在1999年成立了中國di 家基因公司——華大基因(下稱華大集團)。

 

2016年4月,華大下屬測序設備業(yè)務板塊——深圳華大智造成立,后者也在今天成為了測序儀領域的明星公司。

 

在 “人類基因組計劃”完成后的20年后,華大和Illumina都站上了基因領域的技術和商業(yè)之巔。一家在中國被認為“基因界的騰訊”,另外一家則是長期以來基因領域的霸主。

 

但福萊特利和汪建可能都不曾想到,曾經(jīng)聯(lián)手為揭示生命奧妙做出貢獻的兩位科學家,會在若干年后短兵相接。

 

2019年的三個月時間里,這兩家公司已經(jīng)在戰(zhàn)上有了超過5次的交鋒。4月至6月,Illumina先是在德國、丹麥等地對華大智造發(fā)起訴訟。5月,華大智造則在美國qi訴Illumina侵權。

 

在更早之前,兩家公司已經(jīng)在基因測序儀領域進行著激烈的“賽馬”。2018年10月,華大智造發(fā)布了自主研發(fā)的超高通量基因測序儀——“DNBSEQ-T7”(發(fā)布時產(chǎn)品名MGISEQ-T7)。

 

這臺堪稱“超級生命計算機”日產(chǎn)出數(shù)據(jù)達6Tb,算得上是目前日生產(chǎn)能力zui強的基因測序儀。

 

另一方面,2018年年末,Illumina斥資12億美元收購PacBio,除此之外,Illumina公司MiSeq™Dx基因測序儀獲得國家藥品監(jiān)督管理局的批準上市。

 

這是基因測序設備領域di一次如此密集、針對性的兩家公司的技術交鋒?;驕y序儀領域的冠亞軍,正在掀起了一場有史以來兇猛的技術之戰(zhàn)。

 

測序儀的十五年往事

 

“登上月球和治療癌癥,你覺得哪個更容易實現(xiàn)?”上世紀美國媒體的一次民調(diào)中,被問到這個問題的多數(shù)人都會回答,癌癥可能治療,登上月球是不可能的。

 

然而時至今日,阿波羅號飛船已經(jīng)登月50年,人類依舊奮斗在治療癌癥的征途中。

 

今天,生物醫(yī)學界對癌癥的其中一個主要共識是:癌癥是一類基yin病,幾乎所有癌癥都是由于基因的變化(突變)引起的。可以說,人類攻克癌癥的di一步就是破譯基因序列。

 

但在本世紀初,di一個個人全基因組測序耗費13年,花費30億美元才得以繪制完成,這也基因科技難以快速突破和普及的主要原因。

 

成本、速度、質量是基因測序領域的三大要義。做好以上三點,才可能獲取足夠多的基因數(shù)據(jù)量,以構建龐大的數(shù)據(jù)庫,進一步探究某個基因的變異所代表的確切含義。

 

換句話說,癌癥的秘密,人體生老病死的秘密,萬物生長的秘密都受控于生命的遺傳密碼——基因組,但要更高質量、更快速和更低成本獲取這些數(shù)據(jù),實現(xiàn)對生命的認知和掌控,需要的核心工具就是基因測序儀。

 

有位醫(yī)學領域的研究人士表示,只有測序儀不斷迭代推動測序成本下降,整個基因科技產(chǎn)業(yè)才可能走進公眾醫(yī)療領域,進而擁有商業(yè)前景。

 

一位基因領域的研發(fā)人士對記者說:因為測序儀制造需要整合光、機、電、液、生化、芯片、算法等諸多前沿學科能力,并且需要經(jīng)過長期磨合。因此,基因測序儀技術壁壘*。

 

在“人類基因組計劃”開始之后的15年里,涌現(xiàn)了大量投身測序儀制造的公司,在技術和商業(yè)的更迭中,這些公司也不斷經(jīng)歷起伏、消失、競合。

 

初的市場者是美國應用生物系統(tǒng)公司(ABI),這家公司在上世紀80年代中期設計了di一臺自動化平板熒光測序儀,幫助生命科學研究進入了自動測序的時代。但不久之后,它的地位就被撼動了。

 

測序儀的另一個浪潮出現(xiàn)在2005年,幾家推動行業(yè)格局嬗變并影響至今的公司開始嶄露頭角。

 

這一年,di一臺高通量基因測序儀由454公司推出,這是di一個基于焦磷酸測序原理的高通量基因組測序系統(tǒng)。隨后,羅氏公司以1.55億美元收購了454公司,并在2006年推出了更新的GS FLX測序系統(tǒng)。

 

同是在2005年,出現(xiàn)一家叫做Complete Genomics的公司(簡稱CG),具備自主研發(fā)測序儀的能力,且有測序儀產(chǎn)品。在日后,這家公司對于中國測序儀的發(fā)展有著極為重要的意義。

 

第二年,Solexa公司也推出了自己的測序儀系統(tǒng)——Genome Analyzer,簡稱GA。2007年,Illumina公司以6億美元的高價收購了Solexa,使GA得以商品化,自此進入快速發(fā)展階段。

 

2008年,ABI與Invitrogen合并,成立了Life Technologies。并在兩年后推出了Ion PGM桌面型測序,而在2013年,這家公司就被Thermo Fisher所收購。

 

在諸多西方公司的努力下,基因測序的成本也開始不斷下降。通過測序設備和技術的迭代,顯著降低測序成本并進而贏得市場優(yōu)勢,也成為基因測序領域諸多競合、并購的背后邏輯。

 

一個數(shù)字是,2010年,全基因組測序的成本已經(jīng)從億元的成本開始下降到了5000美元。2011年,進一步降至4000美元。

 

對于此時遠在中國的華大基因來說,在過去很長一段時間,其技術積累都在基因組學研究與基因測序技術應用,而不是上游測序儀。

 

令華大更加聲名鵲是在3年后。在非典肆虐,用30個小時就測出了SARS病毒序列,用96個小時做出了SARS檢測試劑酶聯(lián)免疫試劑盒。

 

2007年,華大從中科院體系分離,南下落戶深圳。同在這一年,美國公司Illumina基于邊合成邊測序方法的高通量測序儀開始投入市場,基因科技迅速迭代突破,科技競爭越來越激烈。

 

做上游硬件還是中下游應用?選擇測序儀還是測序服務?5年光景,于基因領域奮戰(zhàn)的公司們在當時已經(jīng)開始抉擇了。

 

測序儀戰(zhàn)爭的前夜

 

時間來到2010年。

 

經(jīng)過了超十年的發(fā)展,華大已經(jīng)形成了較為成熟的業(yè)務,公司主要的領域集中在產(chǎn)業(yè)的中下游,即測序業(yè)務。但在上游測序設備則幾乎處于空白地帶。

 

缺乏測序儀的華大在當時面臨著艱難的境遇?;驕y序服務業(yè)務正在大幅上升,受制于測序平臺能力有限,華大不得不需要購入大量的測序儀,重新“武裝”測序平臺。

 

當時的測序儀制造公司之一就是Illumina。Illumina的儀器性能,新型測序儀既保留了邊合成邊測序的模式,也增加了光學和系統(tǒng)設計,這讓華大創(chuàng)始人汪建頗為心動。

 

終,為了購買Illumina的儀器,華大和汪建走了一步震動行業(yè)的“險棋”。當時,華大資金有限,便向中國國家開發(fā)銀行申請了15億美元的信貸,而其中花費了1億美元購買128臺Illumina生產(chǎn)的HiSeq2000測序儀,每臺的市場價為69萬美元左右,相當于一臺豪華跑車的價格。

 

頂著外界的質疑,華大斥巨資購入了Illumina的儀器。當時對于這個舉動的質疑之一是,測序技術更迭迅速,儀器價格會下降很快,是否有必要購買這么多臺、如此昂貴的測序儀;質疑之二,是否真的有這么大的市場,來支撐這128臺測序儀的運轉。

 

但終從結果來看,華大賭對了。

 

在買入設備之后,其中的88臺儀器部署在華大香港中心,20臺放在深圳總部,其他放在各地實驗室,為客戶提供服務。

 

2010年,華大的營收突破十億。2009年,這一數(shù)字還只是3.43億元。利用這128臺測序儀,華大一躍成為zui大的基因組學研究機構。

 

這項合作也讓Illumina收獲頗豐。一個數(shù)據(jù)是,華大的訂單是Illumina迄今為止大的單筆交易,占據(jù)了Illumina2010年全部產(chǎn)量的70%。

 

這也許是華大跟Illumina的wei一而又短暫的蜜月期,好景不長,隨后的兩年,華大跟Illumina的關系開始急轉直下。

 

一位華大的管理層對記者說,原本Illumina 出售給華大的儀器價格就比北美市場的售價高出一倍,但后續(xù)出售給華大的試劑,仍不斷提價,每年的漲幅約為4%,而且到貨時間不定,損壞的儀器也未及時地維修,嚴重影響華大與下游機構的合作和科研進展。

 

除此之外,在華大準備按國家規(guī)定,基于購買的Illumina設備向國家監(jiān)管部門申請基因測序設備注冊審批時,遭到了Illumina的消極對待。

 

有基因行業(yè)的資深人士對記者分析,Illumina這樣做的主要原因在于,華大已經(jīng)在中下游測序服務領域占據(jù)了較大的份額,Illumina作為上游企業(yè),希望通過設備和技術壁壘,“壟斷“整個產(chǎn)業(yè)鏈條的話語權,而消極對待這位大客戶,核心是為了遏制華大的快速發(fā)展。

 

2011年至2012年,因上游設備受限,華大的測序服務業(yè)務遭遇了的阻力。遭遇到“卡脖子”的切膚之痛,被按下“暫停鍵”的中國基因測序儀開發(fā)被再次啟動。

 

國產(chǎn)測序儀曙光初現(xiàn)

 

在芯片領域,上游受限的“卡脖子”情況司空見慣。比如近期發(fā)生的日本停止給韓國供應原材料,也讓韓國公司頗為被動。

 

基因領域同樣如此。汪建等人清清楚楚地看到了技術壁壘所帶來的威脅,但同時存在的矛盾在于,解決這個問題的路徑艱難且狹窄:要么從零開始做研發(fā),要么與擁有技術產(chǎn)權的上游制造商展開合作。

 

通過自主研發(fā)儀器是華大首先考慮的方式。但因為測序儀制造屬于資金密集和技術密集領域,需要長時間的技術積累,自主開發(fā)難度太大。

 

因此退而求其次,收購成為wei一可行且現(xiàn)實突破路徑。但收購的標的在何處呢?

 

在當時,除了Illumina,測序儀產(chǎn)業(yè)鏈上的公司并不多,Complete Genomics、Thermo fisher、羅氏等算得上是測序儀領域的企業(yè)。

 

不久后,機會來了。

 

 

在資金短缺的情況下,CG于當年6月宣布尋求戰(zhàn)略合作和并購買家。在華大之外,Illumina等廠商均表達了收購意愿。

 

“CG與華大的目標相近,優(yōu)勢互補。華大能獲得測序儀技術,比如聯(lián)合探針錨定聚合的關鍵性技術,還能擺脫 Illumina 對其發(fā)展的束縛,獲得主動權,降低測序成本”,一名基因行業(yè)高層人士對界面新聞記者表示。

 

曙光初現(xiàn),但即便是你情我愿的收購,中國基因測序儀的“萌芽”也需要沖破重重“鐵閘”。

 

0.05美元之差的驚魂收購

 

“華大并沒有100%的成功把握。”一名參與當時交易的人士對記者說。

 

中國民營機構收購海外納斯達克上市公司,并沒有成功先例可循。此前華為、中興以及中海油在美國的收購計劃都因為各種阻撓而終失敗。

 

就在華大宣布收購CG之前,三一重工在美國投資風電站的計劃剛被拒絕。這也為收購CG增添了新的壓力。此次收購風險高,不確定性大,競爭者強大。

 

其中,競爭者Illumina便是大的不確定性之一。同為具有測序設備生產(chǎn)能力的企業(yè),Illumina是CG的競爭者, Illumina以其強大的*成為基因產(chǎn)業(yè)上游的*。兩家測序儀生產(chǎn)商都有自己*的核心技術,如果Illumina擁有CG,或許會為了鞏固自己的技術地位而讓CG的技術在市場上消失。

 

在并購前夕,Illumina開始向CG提qi訴訟,告它侵犯自己的權。這一“策略”一時讓華大進退兩難——如果這一侵權成立,華大看重的組合探針錨點結扎讀取的關鍵性技術,將不再為CG所有,收購將變得毫無意義。

2012年,華大收到了一家Complete Genomics(以下簡稱CG)的公司的收購邀請函。這是一家位于硅谷的公司,地處美國加州山景城。

 

雖然Illumina已經(jīng)是明星公司,但CG在技術實力方面,也頗為硬核。CG成立于2005年,具備自主研發(fā)測序儀的能力,且有測序儀產(chǎn)品,但它只提供測序服務,不售賣測序儀。在它的創(chuàng)始人看來,這能降低科研工作者在設備上的經(jīng)費和時間投入,把更多的時間用在研究本身。

 

《科學》雜志曾于2009年刊登了CG、哈佛醫(yī)學院和華盛頓大學的研究人員的科研成果,他們完整地測序和分析了三個人的全基因組序列,在保證精度的同時,成功地將個人基因組測序的成本降至 1726 美元。

 

其中的奧秘便是CG*的聯(lián)合探針錨定聚合等關鍵性技術,一次測序每臺機器能獲得1000Gb的數(shù)據(jù)。

 

雖然技術*,但CG的商業(yè)運營并不是太順暢,作為納斯達克上市公司,CG在產(chǎn)品商業(yè)化上面臨來自投資人與產(chǎn)業(yè)環(huán)境的雙重壓力。

同時,CG隨時面臨破產(chǎn)風險,一旦CG在收購尚未完成前宣布破產(chǎn)而被拍賣,華大便再無收購的可能。面對這一風險,幾方人員都在等待靴子的落地。

 

競拍要求參與者對每股價格進行報價,價高者得。“這意味著如果報價比對手高出很多,雖然能讓對手出局,但也會提高收購成本。而如果報價比對手低,出局的便是自己。”上述人士說。

 

華大的財務團隊經(jīng)過估算給出了每股3美元的建議價格,而此次收購的財務顧問花旗則給出了每股3.7美元的報價。

 

上述參與過交易的人士回憶,華大終給出了3.15美元的報價,奇妙的是,這一報價終以0.05美元的優(yōu)勢擊敗Illumina。華大與CG達成每股3.15美元的收購協(xié)議。

 

2013年3月18日,華大以1.17億美元的價格完成對CG的收購。這一全額收購方式既保留了CG的完整性,也讓華大獲得CG的技術,并迅速完成技術、產(chǎn)業(yè)升級,得以在測序服務之外,在上游測序設備領域突破布局。

 

僅僅有了CG公司的和早期技術,并不意味著就能直接轉化出量產(chǎn)且成功的國產(chǎn)基因測序儀,不然該公司也不會選擇出售的道路。

 

當時的項目組成員,拿到CG公司的基因測序儀原型時曾感到*莫展:設備整體設計精密、追求硬件系統(tǒng)的,但也造就了重達兩噸的個頭和數(shù)千萬元的售價,從定位上和產(chǎn)品形態(tài)上,像極了“超算”。

 

在華大工程師看來,追求極限的原有設計,在早期測序儀集中在少數(shù)玩家的情況下比較適合,但是在測序儀逐漸普及到許多企業(yè)客戶、高校和臨床醫(yī)院的時候,更需要性價比高、更靈活而同樣的“臺式機”、甚至“筆記本”。

 

這也終成為中國基因測序儀潛心突破的“路線圖”。

 

在收購了CG三年之后,2016年4月,深圳華大智造科技有限公司成立,這是華大集團為了上游測序儀產(chǎn)業(yè)而獨立設置的業(yè)務板塊。

 

《財新》的報道指出,華大與Illumina的爭議上,華大的測序信號放大技術正是來自于美國CG公司創(chuàng)始人Radoje Drmanac。

 

這幾年來,華大智造發(fā)展迅猛,根據(jù)其*提供的數(shù)據(jù),成立三年來收入復合增長率超過200%,中國*超過三分之一。

 

截至2019年9月,華大智造測序儀裝機量突破1200臺,用戶超300家,遍布24個國家及地區(qū)?;谌A大智造測序平臺累計產(chǎn)出數(shù)據(jù)超28Pb,發(fā)表高水平論文超500篇。

 

使用國產(chǎn)測序儀替代進口測序儀也開始了,數(shù)據(jù)顯示,2014年-2016年,華大從Illumina的采購金額分別為1.96億元、1.99億元和1.38億元,在當年的采購額中分別占比40.46%,44.27%和25.93%,而在2017年,華大對Illumina的采購額同比下降30.65%。與此對應的媒體報道是,華大表示在2017年公司內(nèi)部已“*實現(xiàn)自主替代”。

 

目前,只有兩個國家、三個公司可以量產(chǎn)臨床級別的高通量基因測序儀,分別是Illumina、華大智造、Thermo Fisher。

 

國產(chǎn)基因測序儀,就是在這樣一個寡頭之爭的環(huán)境中,破局伊始,就開啟了技術與的大戰(zhàn)。

 

征途剛剛開始

 

“*先生,你能攻克癌癥。”

 

1969 年,拉斯克醫(yī)學獎創(chuàng)建人瑪麗·拉斯克(Mary Lasker)花了2.2萬美元登了這個廣告,巨大的標題幾乎占了《紐約時報》的整個版面。

 

標題下方還寫有一句話,“我們就快找到解藥了,只缺把人送上月球的那種決心、資金和全盤計劃”,這句話來自被*為癌癥研究教父的波士頓醫(yī)生悉尼·法伯(Sidney Farber)。

 

在人類基因組計劃中,美國每年準備斥資2億美元投入這個項目,預計15年完成。

 

1984年12月,在美國猶他州阿爾塔(Alta)的一個小會議室里,美國能源部召集起來的一眾遺傳學ding尖科學家們正討論如何探索美國在日本廣島投下di一顆原zi彈后,居住在下風口的人口中基因突變的發(fā)生情況。但眾人經(jīng)過長久的討論,也并未得出任何可行的方法。

 

幾十年的基因探索,決心有了,資金到位,計劃周全,但人類的基因仍舊沒有獲得的解答。

 

“人類對于自己的了解可能還只是區(qū)區(qū)1%。”一名基因行業(yè)人士對記者說。

 

基因領域的人都明白,目前整個行業(yè)需要做的,還是要想方設法讓測序數(shù)據(jù)通量不斷增大,價格再不斷下降,這是基因科技終能走向大眾wei一、核心,且必要的條件。

 

測序成本的新一輪競爭已經(jīng)再次開始,這一次的“主角”換成中國基因測序儀。前文提到已正式交付的國產(chǎn)超高通量測序儀DNBSEQ-T7,已將每Gb的測序成本降低至約5美元,這也是目前zui低的測序成本。

 

技術層出不窮,測序時長不斷壓縮、成本逐年下降。這個行業(yè)從不乏新玩家,因循不同的技術路線, Oxford Nanopore等公司正成為市場的追趕者,一如當年的Illumina和華大。

 

在2018年天津達沃斯上,福萊特利與汪建見面了,他們在一場論壇上成為了嘉賓,和諧而自由地表達各自的見解,就像一對老朋友一樣在場上談笑風生。

 

他們倆的心理應該都明白,五十年基因探索,其實征途才剛剛開始。

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