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中級(jí)會(huì)員 | 第7年

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Namocell單細(xì)胞分離儀應(yīng)用---單細(xì)胞測(cè)序

時(shí)間:2019/3/2閱讀:855
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201811月,NamocellCZ-BiohubChan Zuckerburg Biohub)合作,在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域做出了新的嘗試。CZ-Biohub利用Namocell單細(xì)胞分離儀分選出目的B細(xì)胞,并且將其進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序,為抗體新藥的發(fā)現(xiàn)邁出了重要一步。

單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)作為一種全基因組測(cè)序的方式,在單細(xì)胞層面廣泛用于確定細(xì)胞類型和細(xì)胞變異的鑒定。Namocell單細(xì)胞分離儀可以通過(guò)細(xì)胞標(biāo)記CD27以及一種細(xì)胞活性的染料,來(lái)分選出單個(gè)活的B細(xì)胞。通過(guò)分析分離后的單細(xì)胞基因表達(dá)情況,對(duì)比靜息記憶B細(xì)胞,可以從單細(xì)胞層面研究基因表達(dá)差異。

圖一,人的未成熟記憶B細(xì)胞在mCD40L-3T3中批量刺激培養(yǎng)6天。收集細(xì)胞并用CD27-PECellTracker Green進(jìn)行細(xì)胞染色。通過(guò)Namocell單細(xì)胞分離儀篩選PE/FITC雙陽(yáng)性的細(xì)胞,單細(xì)胞分選至96PCR板,分選前PCR板中已預(yù)先鋪好4ul/孔的裂解液。通過(guò)cDNA合成情況得出單細(xì)胞分選的比例為97%。接下來(lái)進(jìn)行VHVL抗體可變區(qū)域(A,n=8)的特異性基因的擴(kuò)增或者全轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備;通過(guò)二代測(cè)序獲取序列,參照靜息記憶B細(xì)胞BCR抗體表達(dá)資料組進(jìn)行對(duì)比分析(B);B細(xì)胞激活基因的差異(C);   整體基因升降規(guī)律(D)。每孔只有一組BCR轉(zhuǎn)錄物,以及通過(guò)Sanger測(cè)序確定的VHVL質(zhì)量,都充分說(shuō)明了分入PCR管中的只有一個(gè)細(xì)胞。

上述實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)確定了分選出來(lái)的單細(xì)胞的效率,同時(shí)也驗(yàn)證了通過(guò)實(shí)驗(yàn)前期處理和設(shè)門標(biāo)準(zhǔn)得到的確定是激活的B細(xì)胞。更重要的是,來(lái)自分選后的單細(xì)胞的cDNA適用于后續(xù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備和免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的全長(zhǎng)PCR。Namocell單細(xì)胞分離儀提供了一種全新的桌面式單細(xì)胞分選平臺(tái),并且可以與下游單細(xì)胞測(cè)序分析無(wú)縫對(duì)接。

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