Namocell分選單個(gè)植物原生質(zhì)體用于單細(xì)胞測(cè)序

2022年11月28日， Zhan et al.研究團(tuán)隊(duì)在The Plant Journal雜志發(fā)表文章Coexpression network and trans-activation analyses of maize reproductive phasiRNA loci，鑒定了與玉米花藥發(fā)育相關(guān)的時(shí)序基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（模塊），包括兩個(gè)高度富集的21-或24-PHAS位點(diǎn)的模塊。

作者利用Bulk-protoplast RNA測(cè)序?qū)τ衩自|(zhì)體進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄分析，發(fā)現(xiàn)2個(gè)與21-PHAS位點(diǎn)共表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子可以激活幾個(gè)21個(gè)核苷酸phasiRNAs通路基因，但不能激活21-PHAS位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄。同時(shí)使用單細(xì)胞（原生質(zhì)體）RNA測(cè)序的24-PHAS位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子，也都沒有檢測(cè)到21-PHAS或24-PHAS位點(diǎn)的可重復(fù)激活。研究結(jié)果表明，玉米花藥中的內(nèi)源性轉(zhuǎn)錄機(jī)制和/或染色質(zhì)狀態(tài)是激活生殖PHAS位點(diǎn)所必需的。

【重點(diǎn)】通過單細(xì)胞（原生質(zhì)體）RNA-Seq篩選共同調(diào)控生殖PHAS位點(diǎn)的TF組合

為了確定減數(shù)分裂前轉(zhuǎn)錄因子的任何組合是否可以共同激活21-PHAS位點(diǎn)或與21-核苷酸phasiRNA通路相關(guān)的基因，作者在玉米葉片原生質(zhì)體中瞬時(shí)表達(dá)了上述原生質(zhì)體RNA-Seq分析中使用的所有結(jié)構(gòu)，包括23個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)和p35S：：GFP質(zhì)粒。使用Namocell Hana單細(xì)胞分離儀分離GFP陽性原生質(zhì)體，其中96個(gè)單原生質(zhì)體，以下稱為PS1（原生質(zhì)體組合1），用于單細(xì)胞（原生質(zhì)體）RNA-Seq處理。為了確定MS23、MS32、bHLH51和bHLH122的任何組合是否可以共同激活24個(gè)-PHAS位點(diǎn)或24個(gè)核苷酸的phasiRNA通路基因，作者還對(duì)另一組96個(gè)原生質(zhì)體（原生質(zhì)體組合2；PS2）進(jìn)行了單一原生質(zhì)體RNA-Seq實(shí)驗(yàn)，轉(zhuǎn)染了8個(gè)表達(dá)4個(gè)bHLHs的質(zhì)粒，每個(gè)都作為與GFP的N端和c端融合，以及p35S：：GFP（表S11）。所有192個(gè)原生質(zhì)體的PCA顯示，這兩個(gè)細(xì)胞群在第二主成分上可以很好地分離出來（圖4a），表明兩個(gè)TF構(gòu)建庫(kù)在原生質(zhì)體中激活了不同的基因表達(dá)程序。在每一組原生質(zhì)體中，表達(dá)大量結(jié)構(gòu)的原生質(zhì)體通常與那些沒有可檢測(cè)到的構(gòu)建特異性轉(zhuǎn)錄本的原生質(zhì)體不同（圖4a），這進(jìn)一步支持了單個(gè)原生質(zhì)體的不同轉(zhuǎn)錄組譜是由于轉(zhuǎn)錄因子的異位表達(dá)所致的觀點(diǎn)。

• 輕 柔 - 壓力小于 2psi，保護(hù)細(xì)胞活性

• 快 速 - 分選快（1min），初始化快（2min），樣本切換快（1min）

• 精 準(zhǔn) - 配備 2-11 色熒光通道，精準(zhǔn)捕獲目的細(xì)胞

• 無 菌 - 一次性無菌芯片，隔絕樣本污染

• 輕 松 - 無需調(diào)校，開機(jī)即用

• 輕 巧 - 體積小巧，方便搬動(dòng)

Namocell 是一家成立于美國(guó)硅谷的專注于單細(xì)胞分選技術(shù)的生物儀器公司，2022年7月加入Bio-Techne。公司自主研發(fā)的微流控單細(xì)胞分選平臺(tái)，使復(fù)雜的單細(xì)胞分選變得極其簡(jiǎn)單快速，極大地推動(dòng)了單細(xì)胞分析在基礎(chǔ)研究和臨床上的應(yīng)用。我們的單細(xì)胞分選儀已在細(xì)胞株的構(gòu)建，單克隆抗體的篩選，細(xì)胞基因編輯，基因及細(xì)胞治療，癌癥液體活檢，癌癥免疫治療，產(chǎn)前基因篩查，噬菌體展示，單細(xì)胞基因組學(xué)等多方面得到廣泛的應(yīng)用。目前Namocell微流控單細(xì)胞分選儀已經(jīng)被世界各大頂尖研究機(jī)構(gòu)及生物制藥公司廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域，例如美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)，美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA)，美國(guó)疾病控制與預(yù)防中心(CDC)，哈佛大學(xué)，斯坦福大學(xué)，麻省理工大學(xué)，Genentech，Merck，Biogen，BMS，Janssen，Boehringer-Ingelheim等。