RAPA3G SYBR Green qPCR Mix

RAPA3G SYBR Green qPCR Mix公司正在出售的產(chǎn)品：結(jié)腸癌細(xì)胞　RALYL蛋白封閉多肽　牛呼吸道合胞體病毒PCR檢測(cè)試劑盒　大鼠凝血子Ⅷ相關(guān)抗原(FⅧ-Ag)ELISA檢測(cè)試劑盒　呤氧化（XOD）活性比色法檢測(cè)試劑盒　潮汐希瓦氏菌　晚期包膜蛋白1抗體

商品屬性：

本制品是采用 SYBR Green 嵌 合 熒 光 法 進(jìn) 行Real-Time PCR 的專用試劑，本 SYBR Green qPCR Mix將化學(xué)修飾的熱啟動(dòng) RAPA3G DNA 聚合酶、反應(yīng) Buffer、dNTP、SYBR Green 染料等試劑預(yù)混在一起，是一種 2×濃度的單組分預(yù)混試劑。該制品配有單獨(dú)的 ROX 內(nèi)參染料，可用于需要 ROX 進(jìn)行孔間校正的定量 PCR 儀。RAPA3G DNA 聚合酶為第三代 DNA 聚合酶，其具有最高的雜質(zhì)耐受性（對(duì)乙醇、胍鹽、肝素具有高的耐受性），因此對(duì)于純度較差的 DNA 模板，該 Mix 仍然可以獲得理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。RAPA3G DNA 聚合酶為化學(xué)法修飾的 HotStart版本，其在 50℃以下 100%無(wú)活性，只有 95℃條件下加熱5min 后才能恢復(fù)酶的活力。因此該系統(tǒng)可以有效抑制非特異性 PCR 擴(kuò)增，極大的提高了 PCR 擴(kuò)增特異性。該試劑盒的反應(yīng)緩沖液，可在寬范圍中得到良好的擴(kuò)增結(jié)果、檢測(cè)靈敏度更高、信號(hào)更強(qiáng)。
包裝
規(guī) 格
2×RAPA3G SYBR
Green qPCR Mix
50×ROX Dye
1ml （A2250A） 1 ml 200 μl
5ml （A2250B） 1 ml×5 200 μl
儲(chǔ)存：
請(qǐng)避光置于-20℃以下可保存３年。該試劑經(jīng) 30 次凍融后性能無(wú)下降，因此不使用時(shí)請(qǐng)置于-20℃避光保存。
操作方法
1. 根據(jù)機(jī)型選擇步驟 A 或 B
A: 需要添加 ROX 染料進(jìn)行反應(yīng)孔間信號(hào)矯正的 Real-TimePCR 儀，包括：ABI PRISM7900HT, 7300/7500/7500 FastReal-Time PCR (Applied Biosystems)；Mx3000P(Stratagene)等。按照如下組分配制 20 μl PCR 反應(yīng)體系：終濃度
2×RAPA3G SYBR Green qPCR Mix 10 μl 1×
50×ROX Reference Dye 0.4 μl 1×
PCR Forward Primer(10 μM) 0.4 μl 0.2 μM
PCR Reverse Primer(10 μM) 0.4 μl 0.2 μM
DNA 模板 0.5~2 μl
ddH2O Up to 20 μl
注意：引物用量有時(shí)可提高到 0.8 μl 以提高擴(kuò)增效率。B:無(wú)需添加 ROX 染料進(jìn)行反應(yīng)孔間信號(hào)矯正的 Real-TimePCR 儀，包括：LightCycler (Roche Diagnostics)； CFX96Real-Time PCR(Bio-Rad & MJ)；Line-Gene等。按照如下組分配制 20 μl PCR 反應(yīng)體系：終濃度
2×RAPA3G SYBR Green qPCR Mix 10 μl 1×
PCR Forward Primer(10 μM) 0.4 μl 0.2 μM
PCR Reverse Primer(10 μM) 0.4 μl 0.2 μM
DNA 模板 0.5~2 μl
ddH2O Up to 20 μl
2. 進(jìn)行 Real-Time PCR 反應(yīng),通常采用兩步法，程序如下：
 Stage 1: 95℃ 5min*
 Stage 2: 95℃ 10s
60℃ 20s 40 cycles
 Stage 3: Dissociation analysis
注意：由于該酶為化學(xué)修飾的熱啟動(dòng) RAPA3G DNA 聚合酶，必須于 95℃加熱 5min 才能恢復(fù)酶的活性，該熱啟動(dòng)步驟不能縮短時(shí)間。
3. 反應(yīng)結(jié)束后確認(rèn) Real-Time PCR 的擴(kuò)增曲線、融解曲線和標(biāo)準(zhǔn)曲線。

PCR基本步驟及注意事項(xiàng)？

一、實(shí)驗(yàn)原理

PCR是體外人工選擇性擴(kuò)增DNA的一種方法，它類似于生物體內(nèi)DNA的復(fù)制。在生物體內(nèi)DNA復(fù)制需要模板、引物、DNA聚合酶、DNA解旋酶、 dNTPs；而體外PCR反應(yīng)同樣需要類似的成分，有模板、引物、PCR Buffer、Taq酶、dNTPs。其中引物是人工設(shè)計(jì)的特定序列，實(shí)現(xiàn)對(duì)特定位置的擴(kuò)增；PCR Buffer提供一個(gè)反應(yīng)的緩沖環(huán)境；反應(yīng)過(guò)程同生物體內(nèi)一樣，DNA雙鏈打開，引物結(jié)合模板，延伸形成新鏈。而這些過(guò)程在生物體內(nèi)靠DNA解旋酶解鏈，而在體外在通過(guò)控制反應(yīng)溫度實(shí)現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈，在退火溫度處引物結(jié)合到模板上，最后在72℃完成延伸，并反復(fù)重復(fù)此過(guò)程即可實(shí)現(xiàn)對(duì)特定片段DNA的大量擴(kuò)增。到第三循環(huán)開始才產(chǎn)生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子，進(jìn)一步循環(huán)地產(chǎn)生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。

在擴(kuò)增后期,由于產(chǎn)物積累,使原來(lái)呈指數(shù)擴(kuò)增的反應(yīng)變成平坦的曲線,產(chǎn)物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺(tái)效應(yīng)。平臺(tái)期(Plateau)會(huì)使原先由于錯(cuò)配而產(chǎn)生的低濃度非特異性產(chǎn)物繼續(xù)大量擴(kuò)增，達(dá)到較高水平。因此，應(yīng)適當(dāng)調(diào)節(jié)循環(huán)次數(shù)，在平臺(tái)期前結(jié)束反應(yīng)， 減少非特異性產(chǎn)物。到達(dá)平臺(tái)期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。

二、主要的成分

1.模板可以是多種形式，主要包括基因組DNA、質(zhì)粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA、PCR產(chǎn)物，cDNA等，但不能為RNA。對(duì)于不同類型的模板，其主要不同在于預(yù)變性的時(shí)間以及模板的量。一般對(duì)于大的基因組DNA預(yù)變性時(shí)間10min足夠，質(zhì)粒DNA2min、攜帶病毒的基因組DNA預(yù)變性2min、PCR產(chǎn)物預(yù)變性2min即可。

注意cDNA為單鏈DNA，但仍可做PCR的模板，只不過(guò)在第一輪循環(huán)時(shí)只有一個(gè)引物結(jié)合，合成另一條鏈。從第二輪開始，兩個(gè)引物均與特異位點(diǎn)結(jié)合，從而實(shí)現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌。而同作為單鏈的RNA卻不能進(jìn)行PCR擴(kuò)增，原因就在于實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng)的是DNA聚合酶，只能特意識(shí)別DNA鏈。

2.對(duì)于模版的量來(lái)說(shuō)，一般25ul體系DNA的質(zhì)量為50—100ng。對(duì)于基因組DNA由于其結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，提取的濃度也往往比較大，為防止?jié)舛冗^(guò)大對(duì)PCR造成影響，故需對(duì)提取的DNA進(jìn)行梯度稀釋。否則濃度過(guò)高則可能會(huì)引起非特異性擴(kuò)增。對(duì)于質(zhì)粒及PCR產(chǎn)物由于其結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單，且提取濃度一般較低，則無(wú)需稀釋。

PCR實(shí)驗(yàn)中應(yīng)該注意的問題有哪些?

沒有ct值

檢測(cè)結(jié)果遇到?jīng)]有Ct值情況,排查是否有以下問題:

1、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過(guò)45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準(zhǔn));

2、PCR程序設(shè)置錯(cuò)誤,檢測(cè)熒光信號(hào)的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時(shí)采集,TaqMan法則一般在退火結(jié)束時(shí)或延伸時(shí)采集信號(hào),另外熒光采集是否選中;

3、引物或探針降解。可通過(guò)PAGE電泳檢測(cè)引物和探針是否降解;

4、模板量可能降解或上樣量不足(不超過(guò)500ng,根據(jù)試劑盒說(shuō)明書即可), 對(duì)未知濃度的樣本應(yīng)從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應(yīng)考慮樣本準(zhǔn)備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲(chǔ)備,避免反復(fù)凍融;

5、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內(nèi)含子,以確保擴(kuò)增基因組DNA;上下游引物Tm值超過(guò)4℃以上也會(huì)影響擴(kuò)增)。

ct值過(guò)晚

在相對(duì)定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對(duì)定量中, 對(duì)低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會(huì)增大, 但是一般不宜超過(guò)40循環(huán), 否則定量不準(zhǔn)確。

因此,判斷Ct值出現(xiàn)過(guò)晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和目的進(jìn)行。

1、擴(kuò)增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進(jìn)行優(yōu)化;引物或探針設(shè)計(jì)不合理, 需要重新設(shè)計(jì);

2、PCR程序不合適, 改用三步法進(jìn)行反應(yīng), 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當(dāng)降低退火溫度; 退火/延伸時(shí)間短(可以在推薦的時(shí)間條件下延長(zhǎng)10s);

3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足;

4、PCR產(chǎn)物太長(zhǎng)。PCR產(chǎn)物設(shè)計(jì)超過(guò)500bp;

5、模板中存在抑制物。用高純度模板進(jìn)行PCR檢測(cè)或?qū)⒛０暹M(jìn)行稀釋。

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