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更新時(shí)間:2024-05-27 17:07:20
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植物通用(被子開花植物)rRNA去除試劑盒
RNA測序是一種高度準(zhǔn)確且靈敏的轉(zhuǎn)錄組追蹤工具。然而,一些豐度很高的RNA種類卻影響了NGS文庫制備,浪費(fèi)了寶貴的測序資源。
在提取到的總RNA中,核糖體RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,還有2-3%是非編碼RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。所以,在RNA測序的過程當(dāng)中,首先要解決的問題,是如何去除核糖體RNA(rRNA)。
riboPOOL是來自德國的核糖體RNA去除產(chǎn)品,能夠高效去除與研究無關(guān)的RNA,讓研究人員更高效地利用測序資源。
Pan-Plant riboPOOL植物通用型核糖體RNA去除試劑盒,通用高效去除開花植物(被子植物)核糖體RNA.
1、高效的rRNA去除試劑
2、廣泛覆蓋開花植物
3、適合葉片、種子和根等各種組織部位
4、可去除28S, 18S, 5.8S & 5S rRNAü
5、可去除線粒體 rRNA
6、可去除質(zhì)體rRNA(包括葉綠體)
7、高豐度的核糖體 RNA (rRNA)限制了轉(zhuǎn)錄組測序中目的RNA的檢測。植物通用型 riboPOOL 為您提供特異性去除開花植物rRNA的通用解決方案,適合葉片、種子和根等各種組織部位,可去除細(xì)胞質(zhì)(28S、18S、5.8S和5S)、質(zhì)體和線粒體rRNA。
植物通用型 riboPOOL覆蓋物種廣泛
植物通用型 riboPOOL由生.物.素標(biāo)記的DNA探針組成,可以覆蓋開花植物的主要門類。
植物通用型 riboPOOL 可去除的植物物種包括30多個(gè)目(見下圖)
常見物種,如下:
水稻、麻瘋樹、大豆、土豆 、棉花、咖啡、胡蘿卜、洋薊、橄欖、擬南芥、玉米、翠菊、小麥、蘋果、橙子、蕎麥及其他。
如果您感興趣的物種不屬于這些門類,請咨詢我們的定制型 riboPOOL產(chǎn)品。
植物通用型 riboPOOL的測試結(jié)果不同門類中rRNA去除效率都很高;
植物通用型核糖體RNA去除試劑的β測試(客戶測試)結(jié)果如下:開花植物的去除效率大于91%,測試物種為被子植物的蝶形花科、刺蓮花科、蕓苔屬和薔薇科的六種植物。值得注意的是,原始藻類綠藻在測試中的rRNA去除效率為80%,表明植物通用型riboPOOL可以應(yīng)用于被子植物以外的植物門類。
測試數(shù)據(jù)由馬克斯·普朗克基因組中心的Dr. Bruno Huettel和Dr. Christian W?hle提供。用QIAgen RNeasy提取總RNA(1 μg,RIN ~8),用Pan-Plant riboPOOL法去除rRNA,然后用RNA XPClean (Beckman Coulter)純化。分別使用NEB試劑盒(modified)和Illumina HiSeq3000進(jìn)行文庫制備和測序。
更多信息:
無酶去除法
非Poly-A捕獲
實(shí)驗(yàn)時(shí)間約70分鐘
適宜的RNA起始量為100 ng - 3 μg
與各種RNA純化方法和RNA建庫試劑盒兼容
可以與其他物種的RiboPOOL混合使用,用于組成復(fù)雜的樣本。例如:植物通用型與原核通用型riboPOOL混合使用,可用于植物微生物群研究。
植物通用(被子開花植物)rRNA去除試劑盒產(chǎn)品形式:
(空格分隔,最多3個(gè),單個(gè)標(biāo)簽最多10個(gè)字符)