基因研究做引物設(shè)計，一定要知道轉(zhuǎn)錄本能干什么！

我們平常通過數(shù)據(jù)庫查找某個基因的相關(guān)信息時，會發(fā)現(xiàn)該基因有多個轉(zhuǎn)錄本。為什么一個基因可以有多個轉(zhuǎn)錄本呢？轉(zhuǎn)錄本能干什么？ 

轉(zhuǎn)錄本其實就是基因通過轉(zhuǎn)錄形成的一種或多種可供編碼蛋白質(zhì)的成熟的 mRNA。 

一個基因有可能有多個轉(zhuǎn)錄本，原因是由于不同的剪接方式造成的。我們都知道，基因轉(zhuǎn)錄之后，首先是形成前體 mRNA，通過剪切內(nèi)含子連接外顯子，5’端加帽及 3’端加尾之后形成成熟的 mRNA。 但是在剪切的過程中可能會剪切掉外顯子，也有可能保留部分內(nèi)含子，這樣就形成了多種 mRNA 即多個轉(zhuǎn)錄本。

舉個栗子：這是一個三個外顯子兩個內(nèi)含子的基因結(jié)構(gòu)圖

該圖通過不同的剪接方式得到了四種 mRNA 即四種轉(zhuǎn)錄本（我只是列出了部分可能性），實際中可能該基因只具有其中的一種或兩種轉(zhuǎn)錄本，也有可能都具有。 

我們需要特別注意的是大多數(shù)基因有多個轉(zhuǎn)錄本，而且有可能每個轉(zhuǎn)錄本都會編碼產(chǎn)生相應(yīng)的蛋白，這樣就有可能造成一個基因有多種功能。 

我們平常研究某個基因時（該基因有多個轉(zhuǎn)錄本），其實我們研究的是它的其中一個轉(zhuǎn)錄本所編碼的蛋白的功能。雖然該基因有多個轉(zhuǎn)錄本，而且每個轉(zhuǎn)錄本都編碼蛋白，但是一般情況下它的不同的轉(zhuǎn)錄本分布在不同類型的細胞中，當然也有可能多種轉(zhuǎn)錄本同時存在于某一細胞中。

那我們研究該基因時應(yīng)該怎么做呢？ 

首先，我們需要確定我們應(yīng)該研究該基因的哪個轉(zhuǎn)錄本。 

因為我們平常研究某個基因的功能的時候，是因為該基因在某一特定的組織和細胞中表達， 它在這些組織和細胞中具有特定的功能，所以我們只需要確定該基因的哪個轉(zhuǎn)錄本在這些組織和細胞中表達即可。 

確定的方法當然就是設(shè)計每種轉(zhuǎn)錄本特異性引物，然后通過 RT-PCR 就可知道哪種轉(zhuǎn)錄本在組織和細胞中特異性表達。那這個轉(zhuǎn)錄本就是我們接下來要研究的。 

之所以要確定我們應(yīng)該研究哪個轉(zhuǎn)錄本，那是因為它關(guān)系到引物的設(shè)計以及蛋白分子量的計算。 

當我們研究某個基因的功能時，通常會抽提總的 RNA，然后反轉(zhuǎn)錄得到 cDNA，然后將 cDNA 連接到表達載體中轉(zhuǎn)化到原核或真核細胞中進行表達，然后進行接下來的研究。 

通過反轉(zhuǎn)錄獲得 cDNA 時，引物的設(shè)計就是根據(jù)轉(zhuǎn)錄本設(shè)計的。而且之后我們會將表達的蛋白跑電泳后進行分析，那蛋白的大小是如何計算的呢，當然也是通過該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白的 氨基酸序列計算的啊。