【專欄】一文總結(jié)LncRNA研究思路

lncRNA 參與了 X 染色體沉默，基因組印記以及染色質(zhì)修飾，轉(zhuǎn)錄激活，轉(zhuǎn)錄干擾，核內(nèi)運輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程，很多人看到 lncRNA 的熱點還沒有過去，經(jīng)常會問如果沒有相關(guān)的工作基礎(chǔ)，如何開始 lncRNA 的研究?今天我們就褪去虛偽假衣，研究的大方向是這樣子的：

1. 尋找到 lncRNA 分子 

2. lncRNA 分子表型研究 

3. lncRNA 通過何種機制調(diào)節(jié)表型？

將這些研究方向及實驗手段按層次的方式繪成流程圖，如下所示：

首先，是樣本的準(zhǔn)備與收集，高質(zhì)量的樣本是實驗結(jié)果具有可靠性的前提。 

其次，是 lncRNA 檢測，可以先通過芯片的方式高通量篩選到目的基因，然后通過 q-PCR 或 Northernblot 的方法驗證所得到的芯片結(jié)果。 

再次，其研究方向根據(jù)研究目的而定。如果是研究生物標(biāo)志物，那么可以通過收集更多的臨床樣本，研究 lncRNA 對疾病的指示作用。如果是研究其功能，則是研究其細(xì)胞表型，分子表型及機制。

是不是覺得這和 miRNA 的總體研究思路相似呢？這時可以根據(jù)各自的實驗平臺條件選擇相應(yīng)的研究。值得注意的是，lncRNA 的功能研究并不像 miRNA 一樣通過 3’UTR 影響翻譯套路，總的來說 lncRNA 機制研究套路還不成熟。對于很多科研工作者，lncRNA 分子的獲得及其細(xì)胞表型的獲得并非難事，關(guān)鍵在于如何進(jìn)一步進(jìn)行研究，這時候就要涉及到對功能研究的定位。歸納如下：

lncRNA 的功能分為 3 方面: 

1. 是通過修飾染色體參與表觀調(diào)節(jié)； 

2. 通過與轉(zhuǎn)錄因子的相互作用參與轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)； 

3. 通過影響 mRNA 處理過程參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)。 

在以上 3 個方向的研究中，其中轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)相對簡單，大家在選擇 lncRNA 的時候，可以對其序列做一下分析，看看自己研究的 lncRNA 是作為 miRNA 的 sources 還是 sinks？

另外兩方面的調(diào)節(jié)機制均涉及 RNA-蛋白質(zhì)的相互作用。在沒有目的蛋白的時候，此時不得不使用*技術(shù)，用于檢測 RNA-蛋白質(zhì)相互作用的實驗手段如下：

RNA-蛋白質(zhì)相互作用的檢測手段有 nRIP，CLIP；lncRNA 由于其長片段核苷酸序列，堿基之間相互作用，通常二級結(jié)構(gòu)，可通過 RNase 足跡等實驗手段進(jìn)行探討；在染色體結(jié)構(gòu)修飾作用中，還會涉及 RNA-RNA 的相互作用，可通過 CHIRP 等實驗手段來研究。

由于上述實驗手段比較難得，lncRNA 的機制研究相對還是比較困難。那我們該怎樣進(jìn)行 lncRNA 研究呢？咱換個思路，不要將 lncRNA 作為一個調(diào)節(jié)分子，而是把 lncRNA 當(dāng)做和 mRNA 一樣的分子來研究，盡管很少表達(dá)蛋白。在體外，可以通過分子干擾手段，進(jìn)行分子及表型研究；在體內(nèi)，也是如此。兩者通過各種組合，那就等著發(fā) 5 分的文章吧。