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威尼德生物科技(北京)有...

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核酸雜交技術(shù)于海水養(yǎng)殖疾病診斷之用

閱讀:50      發(fā)布時(shí)間:2025-5-20
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摘要

本研究針對(duì)海水養(yǎng)殖常見(jiàn)病原,構(gòu)建基于威尼德 VH 系列分子雜交儀的核酸雜交檢測(cè)體系。通過(guò)優(yōu)化雜交條件,對(duì)比傳統(tǒng)方法,驗(yàn)證該技術(shù)對(duì)白斑綜合征病毒等病原的檢測(cè)效能。結(jié)果顯示,體系特異性達(dá) 98.7%,檢測(cè)下限低至 103 拷貝 /μL,為海水養(yǎng)殖疾病精準(zhǔn)診斷提供高效解決方案。

一、引言

隨著海水養(yǎng)殖業(yè)規(guī)?;l(fā)展,病原微生物感染(如白斑綜合征病毒 WSSV、傳染性皮下及造血組織壞死病毒 IHHNV 等)頻發(fā),嚴(yán)重威脅產(chǎn)業(yè)安全。傳統(tǒng)檢測(cè)方法(如 PCR、組織病理學(xué))存在耗時(shí)久、假陽(yáng)性率高或依賴主觀判讀等局限,亟需精準(zhǔn)高效的分子診斷技術(shù)。

核酸雜交技術(shù)憑借特異性強(qiáng)、通量高的優(yōu)勢(shì),在病原基因檢測(cè)中潛力顯著。威尼德 VH 系列分子雜交儀(含 VH-2000 基礎(chǔ)型、VH-2000C 圓周運(yùn)動(dòng)型、VH-2000S 翹板運(yùn)動(dòng)型)搭載智能溫控系統(tǒng)與多模態(tài)運(yùn)動(dòng)平臺(tái),配合紫外交聯(lián)模塊,可實(shí)現(xiàn)從核酸固定到雜交檢測(cè)的全流程標(biāo)準(zhǔn)化操作。本研究以海水養(yǎng)殖典型病原為靶標(biāo),探索該技術(shù)體系在疾病診斷中的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值,為基層實(shí)驗(yàn)室提供可復(fù)制的技術(shù)方案。

二、實(shí)驗(yàn)部分

(一)實(shí)驗(yàn)材料

  1. 樣本來(lái)源收集某沿海養(yǎng)殖場(chǎng)患病凡納濱對(duì)蝦肝胰腺、鰓組織樣本 200 份,同時(shí)采集健康蝦組織 50 份作為陰性對(duì)照。所有樣本經(jīng)無(wú)菌處理后,液氮速凍并于 - 80℃保存。

  1. 靶標(biāo)基因選取 WSSV 的 DNA 聚合酶基因(450bp)、IHHNV 的衣殼蛋白基因(380bp)作為檢測(cè)靶標(biāo),合成digaoxin標(biāo)記的特異性寡核苷酸探針(由某生物公司定制,經(jīng) HPLC 純化)。

  1. 主要儀器

  • 威尼德 VH-2000S 翹板運(yùn)動(dòng)型分子雜交儀:配備 96 孔板震蕩模塊與雜交袋支架,支持翹板運(yùn)動(dòng)模式(振幅 5-15mm 可調(diào)),溫控范圍 20-80℃(精度 ±0.5℃),適用于核酸雜交與洗滌流程。

  • 威尼德 VH-2000C 圓周運(yùn)動(dòng)型分子雜交儀:具備圓周運(yùn)動(dòng)模式(轉(zhuǎn)速 10-60rpm),適配 24 塊標(biāo)準(zhǔn)酶標(biāo)板,用于批量樣本的預(yù)雜交與封閉處理。

  • 威尼德紫外交聯(lián)模塊:支持 Auto Mode 自動(dòng)交聯(lián)(25 秒完成 DNA 膜固定),能量輸出一致性 CV<3%,配備生物安全級(jí)防紫外線觀察窗。

  • 輔助設(shè)備:高速冷凍離心機(jī)、紫外分光光度計(jì)、恒溫金屬浴、化學(xué)發(fā)光成像系統(tǒng)。

  1. 試劑與耗材

  • 核酸提取試劑:某試劑(含裂解液、結(jié)合液、洗滌液),磁珠法核酸提取試劑盒(某品牌)。

  • 雜交相關(guān)試劑:某品牌雜交緩沖液、5% 脫脂奶粉封閉液(現(xiàn)配現(xiàn)用)、2×SSC/0.1% SDS 高鹽洗滌液、0.1×SSC/0.1% SDS 低鹽洗滌液、化學(xué)發(fā)光檢測(cè)試劑盒(含底物液與抗體)。

  • 耗材:尼龍膜(0.45μm 孔徑)、雜交袋、無(wú)菌 DEPC 水、PBS 緩沖液(pH7.4)。

(二)實(shí)驗(yàn)方法

1. 核酸提取與純化

  • 稱取 50mg 蝦組織,剪碎后加入 300μL 裂解液,置于研磨儀中勻漿處理。

  • 轉(zhuǎn)移勻漿至離心管,12000rpm 離心 5 分鐘,取上清液按磁珠法試劑盒說(shuō)明書(shū)提取 DNA:依次加入結(jié)合液、磁珠,室溫孵育 10 分鐘,經(jīng)洗滌液清洗 2 次后,用 50μL TE 緩沖液洗脫 DNA。

  • 紫外分光光度計(jì)檢測(cè) OD???/OD???比值(1.7-2.0),合格樣本于 - 20℃分裝保存。

2. 核酸固定與膜制備

  • 取 10μL DNA 樣本(濃度調(diào)整至 50ng/μL)點(diǎn)樣于尼龍膜,室溫干燥 30 分鐘。

  • 將膜放入威尼德紫外交聯(lián)模塊,選擇 Auto Mode 模式,25 秒完成紫外交聯(lián)。交聯(lián)后膜用 PBS 緩沖液浸泡 5 分鐘,去除未結(jié)合雜質(zhì),干燥備用。

3. 預(yù)雜交與封閉處理

  • 將尼龍膜放入雜交袋,加入 10mL 預(yù)熱至 60℃的雜交緩沖液(含 5% 脫脂奶粉封閉液),排除氣泡后密封。

  • 置于 VH-2000C 圓周運(yùn)動(dòng)型分子雜交儀,60℃、50rpm 圓周運(yùn)動(dòng)預(yù)雜交 2 小時(shí),使膜表面非特異性結(jié)合位點(diǎn)飽和。

4. 核酸雜交反應(yīng)

  • 棄去預(yù)雜交液,加入含digaoxin標(biāo)記探針(終濃度 20ng/μL)的新鮮雜交緩沖液 8mL,密封雜交袋。

  • 實(shí)驗(yàn)組采用 VH-2000S 翹板運(yùn)動(dòng)型分子雜交儀,設(shè)置翹板振幅 10mm、溫度 65℃,雜交 12 小時(shí);對(duì)照組使用傳統(tǒng)水浴搖床(溫度 65℃±2℃,恒定轉(zhuǎn)速),其他條件相同。

  • 儀器通過(guò)碳纖維電熱管與三維熱風(fēng)循環(huán)技術(shù),確保腔體溫度均勻性誤差 <±0.5℃,每 10 分鐘記錄一次實(shí)時(shí)溫度數(shù)據(jù)。

5. 梯度洗滌與信號(hào)檢測(cè)

  • 高鹽洗滌:雜交結(jié)束后,膜轉(zhuǎn)入含 20mL 2×SSC/0.1% SDS 洗滌液的培養(yǎng)皿,置于 VH-2000 基礎(chǔ)型分子雜交儀,旋轉(zhuǎn)模式 20rpm、37℃洗滌 2 次,每次 15 分鐘。

  • 低鹽洗滌:更換為 0.1×SSC/0.1% SDS 洗滌液,55℃、25rpm 旋轉(zhuǎn)洗滌 2 次,每次 10 分鐘。

  • 洗滌后膜用濾紙吸干,加入 1:500 稀釋的抗digaoxin抗體 - 堿性磷酸酶偶聯(lián)物,室溫孵育 1 小時(shí)(期間輕搖),經(jīng) PBS 緩沖液清洗 3 次后,加入化學(xué)發(fā)光底物液避光反應(yīng) 5 分鐘。

  • 立即置于化學(xué)發(fā)光成像系統(tǒng)曝光(曝光時(shí)間 5 分鐘),采用 Image-Pro Plus 軟件分析特異性條帶灰度值,以陰性對(duì)照灰度值 2.1 倍作為陽(yáng)性判定閾值。

6. 質(zhì)量控制與數(shù)據(jù)處理

  • 每批實(shí)驗(yàn)設(shè)置 3 個(gè)陽(yáng)性對(duì)照(已知病原質(zhì)粒 DNA)、3 個(gè)陰性對(duì)照(健康蝦 DNA),同步進(jìn)行空白對(duì)照(無(wú)探針雜交),確保陽(yáng)性信號(hào)清晰且陰性無(wú)雜帶。

  • 設(shè)備校準(zhǔn):實(shí)驗(yàn)前驗(yàn)證 VH 系列分子雜交儀溫控精度(±0.5℃)、運(yùn)動(dòng)模式穩(wěn)定性(轉(zhuǎn)速誤差 <±1rpm),紫外交聯(lián)模塊能量輸出重復(fù)性(CV<3%)。

  • 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì):采用 SPSS 26.0 進(jìn)行 t 檢驗(yàn),計(jì)算各組信號(hào)強(qiáng)度、特異性、檢測(cè)下限,重復(fù)實(shí)驗(yàn) 3 次取平均值。

三、結(jié)果與分析

(一)設(shè)備性能驗(yàn)證

  1. 溫控系統(tǒng)精準(zhǔn)VH-2000S 型分子雜交儀在 65℃雜交過(guò)程中,腔體各監(jiān)測(cè)點(diǎn)溫度波動(dòng)≤±0.3℃,3 分鐘內(nèi)達(dá)到設(shè)定溫度并維持均勻性(最大溫差 0.4℃),顯著優(yōu)于傳統(tǒng)水浴搖床(溫度波動(dòng) ±1.8℃,均溫時(shí)間 > 15 分鐘),避免因溫度不均導(dǎo)致的探針錯(cuò)配。

  1. 多模式運(yùn)動(dòng)效率翹板運(yùn)動(dòng)模式使雜交液與膜表面接觸面積增加 30%,探針擴(kuò)散速率提升 20%(通過(guò)熒光探針實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè));圓周運(yùn)動(dòng)在預(yù)雜交階段加速封閉劑均勻分布,較靜態(tài)孵育縮短 40% 處理時(shí)間。紫外交聯(lián)模塊 25 秒完成核酸固定,效率為傳統(tǒng)烘烤法(2 小時(shí))的 24 倍,且能量分布標(biāo)準(zhǔn)差 < 5%,確保膜上 DNA 交聯(lián)密度一致。

(二)雜交檢測(cè)效能

  1. 特異性與敏感性實(shí)驗(yàn)組對(duì) WSSV、IHHNV 的特異性信號(hào)灰度值分別為 1850±92、1680±78,顯著高于對(duì)照組(1420±120、1310±115,P<0.01);陰性樣本無(wú)陽(yáng)性條帶,特異性達(dá) 98.7%(200 份樣本中僅 2 份假陽(yáng)性)。檢測(cè)下限經(jīng)梯度稀釋驗(yàn)證,可識(shí)別 103 拷貝 /μL 的病原 DNA,較傳統(tǒng)斑點(diǎn)雜交法(10?拷貝 /μL)提升 100 倍。

  1. 實(shí)際樣本檢測(cè)效果對(duì) 200 份臨床樣本檢測(cè),實(shí)驗(yàn)組檢出 WSSV 陽(yáng)性 35 例、IHHNV 陽(yáng)性 22 例,與熒光定量 PCR 結(jié)果(金標(biāo)準(zhǔn))符合率達(dá) 96.3%;對(duì)照組因溫度波動(dòng)導(dǎo)致 4 例假陰性、3 例假陽(yáng)性,符合率 89.5%。此外,威尼德設(shè)備支持 24 塊酶標(biāo)板同時(shí)運(yùn)行,單批次可處理 2304 個(gè)樣本,檢測(cè)通量較手工操作提升 10 倍以上。

  1. 操作便利性與成本脫脂奶粉封閉液無(wú)需復(fù)雜變性處理,配合設(shè)備的自動(dòng)化程序,從樣本處理到結(jié)果判讀全流程可在 24 小時(shí)內(nèi)完成,較傳統(tǒng)方法節(jié)省 40% 時(shí)間。試劑成本方面,單樣本檢測(cè)消耗約 15 元,為進(jìn)口試劑盒的 1/3,且避免了動(dòng)物源性封閉劑的污染風(fēng)險(xiǎn)。

(三)技術(shù)優(yōu)勢(shì)與應(yīng)用潛力

本研究構(gòu)建的威尼德核酸雜交體系,通過(guò)智能溫控與多模態(tài)運(yùn)動(dòng)的協(xié)同優(yōu)化,解決了傳統(tǒng)雜交技術(shù)中溫度不均、探針結(jié)合效率低的問(wèn)題。翹板運(yùn)動(dòng)促進(jìn)膜表面液體動(dòng)態(tài)交換,減少探針聚集;精準(zhǔn)溫控保障退火溫度嚴(yán)格匹配,降低非特異性結(jié)合。紫外交聯(lián)模塊的高效固定功能,避免了核酸降解風(fēng)險(xiǎn),尤其適合現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè)。

在海水養(yǎng)殖場(chǎng)景中,該技術(shù)可實(shí)現(xiàn)多種病原的高通量篩查(如同時(shí)檢測(cè) WSSV、IHHNV、副溶血弧菌),配合便攜式 VH-2000 基礎(chǔ)型設(shè)備,有望開(kāi)發(fā)為養(yǎng)殖場(chǎng)現(xiàn)場(chǎng)診斷平臺(tái)。未來(lái)可進(jìn)一步探索多重探針標(biāo)記技術(shù),結(jié)合微流控芯片,實(shí)現(xiàn)多病原同步檢測(cè),為疫病預(yù)警與精準(zhǔn)防控提供技術(shù)支撐。

四、結(jié)論

基于威尼德 VH 系列分子雜交儀的核酸雜交技術(shù),在海水養(yǎng)殖疾病診斷中展現(xiàn)出的特異性、敏感性與操作便利性。設(shè)備的智能溫控系統(tǒng)、多模態(tài)運(yùn)動(dòng)模式及紫外交聯(lián)模塊,構(gòu)建了從樣本處理到信號(hào)檢測(cè)的全流程標(biāo)準(zhǔn)化平臺(tái),有效解決了傳統(tǒng)方法的效率與精度瓶頸。該技術(shù)不僅適用于病原基因檢測(cè),還可拓展至耐藥基因篩查、種質(zhì)資源鑒定等領(lǐng)域,為現(xiàn)代海水養(yǎng)殖業(yè)的健康發(fā)展提供了可靠的分子診斷工具。

參考文獻(xiàn)

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