寡核苷酸是一類短鏈核苷酸的總稱(包括脫氧核糖核酸及核糖核酸)，如用于基因擴增和基因診斷的PCR引物和反義核酸，介導基因沉默的小干擾RNA ( small interfering RNA，siRNA) 等，努力研究開發(fā)基因靶向治療藥物用于治療病毒、腫瘤和遺傳疾病。天然的寡核苷酸在體內(nèi)容易降解，穩(wěn)定性差。通過修飾的寡核苷酸具有較好的藥學特性和體內(nèi)穩(wěn)定性12,但合成的寡核苷酸產(chǎn)物含有各種雜質(zhì)，需純化精制，產(chǎn)物的鑒定和產(chǎn)品的質(zhì)量控制至關(guān)重要。液相和液質(zhì)聯(lián)用于寡核苷酸目標產(chǎn)物的高分辨分離和鑒定，可以判斷待測寡核苷酸結(jié)構(gòu)的變化，比如脫嘌呤、氧化、磷酸化等。寡核苷酸樣品中存在的鹽分會影響其離子化過程和造成峰強度降低，因此有必要進行質(zhì)譜鑒定前的除鹽處理。常規(guī)離線除鹽方法耗時;可以利用在線除鹽方式進行寡核苷酸的分離鑒定，但樣品通量需要提高，以滿足高通量的要求，如平均每天2000個樣品的需求等。