重組腺病毒（rAAV）是一種廣泛使用的基因治療載體，目前共13種血清類型被鑒定。AAV衣殼由60個(gè)拷貝的三種蛋白亞基組成，分別是VP1（大約80 kDa）、VP2（大約70 kDa）和VP3（大約60 kDa）[1]。其中，VP2包含VP3的全部序列，VP1包含VP2的全部序列[2]。理論上VP1:VP2:VP3的質(zhì)量比例為1:1:10。由于三種亞基的序列相似但相對(duì)豐度相差較大，三種亞基在常規(guī)分離中容易共洗脫，導(dǎo)致VP1和VP2的信號(hào)無(wú)法正常解析。在實(shí)際檢測(cè)的過程中，有些AAV樣品中VP1的含量極少，與VP3的比例甚至低于1:1000，導(dǎo)致VP1信號(hào)難以檢測(cè)。

AAV衣殼蛋白是病毒基因組的保護(hù)結(jié)構(gòu)以及細(xì)胞內(nèi)化的媒介。衣殼蛋白的組成是影響病毒感染活性和基因轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵因素。對(duì)AAV衣殼蛋白分子量、序列覆蓋度和翻譯后修飾的研究有利于闡述不同AAV亞型在感染效率、細(xì)胞靶向和組織特異性方面的差異[3]。此外，AAV衣殼蛋白作為基因治療的重要載體，為了確保藥品的安全性和質(zhì)量，在基因治療產(chǎn)品的整個(gè)開發(fā)過程中，需要對(duì)其結(jié)構(gòu)、性質(zhì)以及序列組成進(jìn)行充分的表征和評(píng)價(jià)。本文以Orbitrap為質(zhì)量分析器，以AAV5為例，發(fā)展AAV的分子量檢測(cè)和序列覆蓋度分析方法。

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