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外顯子組測(cè)序?qū)嶒?yàn):外顯子(exon)是真核生物基因的一部分,包含著合成蛋白質(zhì)所需要的信息。全部外顯子,稱為“外顯子組”(Exome)。外顯子組測(cè)序(Exome sequencing)是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測(cè)序的基因組分析方法。由于外顯子組測(cè)序只需針對(duì)外顯子區(qū)域的DNA即可(例如:人類外顯子組只占人類基因組長(zhǎng)度的約1%,但是目前由DNA變異引起的疾病估計(jì)有85%以上來(lái)自于外顯子組區(qū)域的變異),因此遠(yuǎn)比進(jìn)行全基因組序列測(cè)序更簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)、高效,其目標(biāo)區(qū)域覆蓋度也更高,便于變異檢測(cè)。
目前,外顯子測(cè)序已經(jīng)在米勒綜合癥、歌舞伎綜合癥、重型顱腦畸形等孟德爾疾病的研究中得到成功應(yīng)用。還有其它一些癌癥和復(fù)雜性疾病也應(yīng)用外顯子測(cè)序觀察到高度相關(guān)的突變。
外顯子組測(cè)序?qū)嶒?yàn)分析項(xiàng)目
標(biāo)準(zhǔn)分析項(xiàng)目:
1.數(shù)據(jù)質(zhì)控和篩選
2.與參考基因組比對(duì),得到測(cè)序深度Reads分布和覆蓋度統(tǒng)計(jì)
3.SNP、small Indel檢測(cè)
4.SNP、small Indel矯正
分析項(xiàng)目:
可信位點(diǎn)篩選;
體細(xì)胞突變位點(diǎn)篩選(癌癥)
位點(diǎn)注釋(鄰近基因區(qū)域與功能注釋、鄰近結(jié)構(gòu)域注釋、鄰近順勢(shì)調(diào)控區(qū)域注釋、編碼區(qū)內(nèi)位點(diǎn)的變異類型;變異位點(diǎn)保守性檢測(cè)、變異位點(diǎn)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估)
數(shù)據(jù)集圖片類型統(tǒng)計(jì)(多樣本)
變異位點(diǎn)區(qū)域分布(多樣本)
高頻變異位點(diǎn)/基因統(tǒng)計(jì)(多樣本)
GWAS分析(大樣本量)
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