當ThruPLEX技術遇上FFPE樣本，會帶來怎樣的“*操作”！

Formalin Fixed and Paraffin Embedded

FFPE樣本作為生物和醫(yī)學領域的重要樣本來源，廣受研究者的青睞。由于樣本固定和儲存過程中，容易發(fā)生核酸的降解和損傷，因此獲得符合測序質量要求的文庫通常很具有挑戰(zhàn)性。那么面對做DNA-Seq的FFPE樣本，應該如何應對呢？

“想要隨心所欲的進行FFPE-DNA樣本文庫構建”，
這個神器值得擁有
?
【SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit】

“飛一般感覺”的操作

FFPE樣本珍貴，擔心在文庫制備時損失？選擇它吧。

該試劑盒利用ThruPLEX技術，通過使用特殊的莖環(huán)形接頭，實現(xiàn)了更加簡潔高效的實驗流程和更短時間的手動操作。從起始DNA樣本到可用于上機測序的文庫僅需要三步2小時的操作。特別需要說明的是，整個操作是在一個反應管中即可完成，中間不需要純化，能很大程度的減少樣本的污染和損失！

技術概要：

(圖片來源于Takara Bio Inc.)

“*”的文庫質量

FFPE樣本降解嚴重，害怕不能得到高質量文庫？選擇它吧。

Takara嚴謹?shù)臄?shù)據(jù)評測：使用100 ng的FFPE-DNA樣品，分別使用本試劑盒、A公司試劑盒和B公司試劑盒制備文庫，然后使用Illumina NextSeq 500（2×76bp）測序分析。相比于其他公司試劑盒，以FFPE樣品起始時，使用本試劑盒可以獲得多樣性更好的文庫。另外，使用本試劑盒制備的文庫，在不同GC含量范圍內可以產(chǎn)生更均勻的覆蓋分布。

(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio Inc.)

“經(jīng)得起檢驗”-文獻引用加持

說得好不如做得好，應用文獻的真實反饋可供參考，選擇它吧。

2018年7月20日發(fā)表在《npj Genomic Medicine》題為Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer的文章。本研究利用全基因組測序技術（WGS）分析了胰腺神經(jīng)內分泌瘤的拷貝數(shù)變異情況，結果表明，胰腺神經(jīng)內分泌腫瘤的染色體雜合性的缺失與臨床預后相關。實驗以3-50 ng的微量FFPE-DNA樣本起始，使用ThruPLEX-FD Kit（現(xiàn)為ThruPLEX DNA-Seq Kit）制備文庫，并通過WGS與微陣列結果來驗證拷貝數(shù)變異（CNV）。

以上內容都佐證了以降解樣本起始時，使用該試劑盒可以得到高品質的文庫！

所以，恰好您要用FFPE樣本進行基因組分析，恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit。世間好物雖多，但它值得嘗試！

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