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你知道核酸質(zhì)譜系統(tǒng)能應(yīng)用在哪些方面嗎
核酸質(zhì)譜，顧名思義是一種能檢測(cè)核酸的質(zhì)譜，它是基于MALDI-TOF MS質(zhì)譜發(fā)展起來(lái)的一種多重PCR分析檢測(cè)系統(tǒng)。
全自動(dòng)核酸質(zhì)譜系統(tǒng)檢測(cè)系統(tǒng)不存在雜交錯(cuò)配干擾，無(wú)需熒光染料，直接以核酸片段的分子量大 小為標(biāo)記，適用于各種類(lèi)型的核酸分析實(shí)驗(yàn)。為生 物醫(yī)學(xué)、臨床分子診斷、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、 腫瘤學(xué)、個(gè)體化醫(yī)療、微生物流行病學(xué)研究等多種核酸檢測(cè)領(lǐng)域 帶來(lái)了新的契機(jī)。質(zhì)譜分析作為定量檢測(cè)分 在檢測(cè)的靈敏度、特異性、分析速度、多指標(biāo)同時(shí) 檢測(cè)等方面有非常強(qiáng)的優(yōu)勢(shì)，臨床上可實(shí)現(xiàn)對(duì)部分 傳統(tǒng)檢測(cè)方法的技術(shù)替代。
核酸質(zhì)譜系統(tǒng)的應(yīng)用
1、 單核苷酸多態(tài)性
人類(lèi)的好多遺傳性疾病是在SNP上的，單核苷酸多態(tài)性就是單個(gè)的核苷酸序列發(fā)生了變異，引起了DNA序列發(fā)生了多樣性，比例高達(dá)1%。它也是疾病易感基因和藥物反應(yīng)差異性的決定因素。所以通過(guò)分析SNP的變異位點(diǎn)，提供疾病預(yù)測(cè)，診斷和提供用藥指導(dǎo)等。
目前熒光定量PCR適宜于檢測(cè)單基因幾個(gè)位點(diǎn)(2-8個(gè))，但是隨著醫(yī)學(xué)技術(shù)的深入發(fā)展，涉及到多基因多位點(diǎn)的疾病越來(lái)越多，這時(shí)傳統(tǒng)熒光定量PCR的不足就會(huì)表現(xiàn)出來(lái)，工作量大，檢測(cè)速度慢。而核酸質(zhì)譜高靈敏度、分離速度快、雜質(zhì)干擾少等優(yōu)勢(shì)，可以一網(wǎng)打盡(比如耳聾基因，4個(gè)基因20個(gè)位點(diǎn)，核酸質(zhì)譜可以在一個(gè)檢測(cè)孔中解決)。
應(yīng)用：藥物基因組檢測(cè)、腫瘤易感基因
2、 基因突變
基因突變檢測(cè)與SNP檢測(cè)原理相同，區(qū)別在于基因突變檢測(cè)存在的是突變型(發(fā)生突變后的樣子)和野生型(原來(lái)的樣子)，這一點(diǎn)與SNP的純合型(比如顯性純合)和雜合型(雜合子)有所區(qū)別。圖譜峰的面積與樣品中分子量所代表的核酸片段含量成正比，故可以通過(guò)突變型/野生型的比值確定突變點(diǎn)的比例，可檢測(cè)到0.5%以上的突變比例，與金標(biāo)準(zhǔn)驗(yàn)證技術(shù)符合度>95%。
應(yīng)用：腫瘤突變(EGFR突變)，耳聾基因篩查，地中海型貧血、代謝綜合 征、冠狀動(dòng)脈疾病等
3、 DNA甲基化
最近腫瘤早篩比較火熱，其中提到的比較多的就是甲基化。人類(lèi)基因組中含有3-5%的胞嘧啶，會(huì)在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下與甲基基團(tuán)CpG二苷酸的C’5位上，形成一個(gè)CpG島(300-3000bp)，這個(gè)CpG島的甲基化水平異常提高，會(huì)抑制抑癌基因轉(zhuǎn)錄失活或者一些原癌基因被激活。另外DNA甲基化還與記憶缺陷，精神分裂癥、抑郁狂躁等復(fù)雜疾病有關(guān)。
相比較其他方法，核酸質(zhì)譜的優(yōu)勢(shì)就在于可檢測(cè)低至5%的甲基化水平，特異性好，靈敏度高。
應(yīng)用：宮頸癌、胃癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌、肝癌、食道癌、垂體腺瘤等
4、 基因拷貝數(shù)鑒定
人類(lèi)的基因組會(huì)出現(xiàn)一段序列缺失或者增加導(dǎo)致序列發(fā)生變化而引起產(chǎn)物變化。這種表型上的差異就是拷貝數(shù)變異(CNV)，CNV涉及的DNA片段大小通常介于1kbp-3Mbp之間，在基因組中分布廣泛，其與臨床上罕見(jiàn)病相關(guān)，也與很多腫瘤等復(fù)雜病相關(guān)。因此對(duì)CNV的變異研究，能夠?qū)Χ喾N疾病并發(fā)機(jī)制形成新的認(rèn)知，以更好地指導(dǎo)疾病的分子診斷和新治療方法的開(kāi)發(fā)。
核酸質(zhì)譜可以通過(guò)SNP的多態(tài)性等位基因比例(SAR)檢測(cè)技術(shù)對(duì)待檢測(cè)標(biāo)本中目標(biāo)基因的拷貝數(shù)進(jìn)行定量分析。
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