50×TAE緩沖液的用途與配制方法及使用注意事項!
一、知識背景
50×TAE緩沖液是分子生物學實驗中常用的核酸電泳緩沖液,特別是在DNA或RNA的瓊脂糖凝膠電泳中發(fā)揮著重要作用。50×TAE緩沖液是一種常用于核酸電泳的緩沖系統(tǒng),由Tris-acetate和EDTA組成。TAE的全稱為四胺四乙酸,其化學名稱為N-[2-羥基-1,2-乙二胺基]-三乙酸,分子式為C10H14N2O8,分子量為290.24。TAE緩沖液主要用于DNA的提取、純化和檢測過程中的電泳分離。
在DNA提取過程中,TAE緩沖液可以有效地穩(wěn)定DNA,防止其降解。同時,由于其較低的離子強度和較高的pH值(約為8.3),TAE緩沖液可以有效地抑制DNA酶的活性,從而保護DNA免受降解。此外,TAE緩沖液還常用于RNA的提取和純化過程中的電泳分離。
二、基本信息
中文名稱:50×TAE緩沖液
英文名稱:50×TAE Buffer
主要成分:三羥甲基氨基甲烷(Tris base)、乙酸(acetic acid)、乙二胺四乙酸(EDTA)
作用:在凝膠電泳中維持合適的pH,使溶液具有一定的導電性,以利于DNA或RNA分子的遷移
三、特點與用途
廣泛應(yīng)用:TAE緩沖液是生物學中使用泛的核酸電泳緩沖液之一。
遷移率快:雙鏈線狀DNA在TAE緩沖液中的遷移率較其他緩沖液快約10%。
分離效果好:電泳大于13kb的DNA片段時,TAE緩沖液能取得更好的分離效果。
回收方便:回收DNA片段時也易用TAE緩沖系統(tǒng)進行電泳。
四、配制方法
50×TAE緩沖液的配制方法如下(以配制1L為例):
稱量Tris 242g,Na2EDTA·2H2O 37.2g于1L燒杯中。
向燒杯中加入約600ml去離子水,充分攪拌溶解。
加入57.1ml的冰乙酸,充分攪拌。
加去離子水定容至1L后,室溫保存。
五、使用注意事項
稀釋使用:50×TAE緩沖液為濃縮液,工作濃度為1×,使用前需用蒸餾水或超純水稀釋50倍。
保存條件:常溫運輸和保存,有效期一般為12個月。
沉淀處理:若產(chǎn)品出現(xiàn)沉淀析出,可置于37℃水浴中使其溶解,不影響使用。
更換工作液:由于TAE緩沖液的緩沖容量較小,建議及時更換工作液,長時間電泳(如過夜)時不可選用,除非有循環(huán)裝置使兩極的緩沖液得到交換。
六、應(yīng)用
50×TAE緩沖液可以用于HIV-1新重組株CRF55_01B的T細胞表位變異特征研究:
研究通過橫斷面分析比較CRF55_01B與當前主要流行的CRF01_AE、B、CRF07_BC亞型毒株在病毒Gag、Pol、Nef蛋白的T細胞表位的變異,尤其是已知具有明確保護作用的HLA限制性T細胞表位的變異情況,分析氨基酸變異對病毒復制能力的影響,并明確CRF55_01B亞型病毒二代重組斷點與氨基酸多態(tài)性及T細胞應(yīng)答的關(guān)系,以此解析CRF55_01B亞型病毒的生物學特點,并為疾病進展評價及免疫治療奠定基礎(chǔ)。
研究方法:
1、研究對象本研究選取深圳市2015-2020年基因型耐藥檢測確定為CRF01_AE、CRF07_BC、CRF55_01B和B亞型病毒的新診斷199例HIV感染者,經(jīng)Western Blot確認HIV感染,納入研究時未服用過抗逆轉(zhuǎn)錄病物,通過親和力實驗判定為近期感染(6個月內(nèi))。收集感染者血漿標本,血漿-80℃冷凍。本項目招募的所有參與者均獲得書面知情同意書。
2、血漿HIV-RNA提取和gag、pol、nef全長基因巢式PCR擴增根據(jù)QIAamp Viral RNAMini Kit試劑盒的說明書從血漿中提取HIV-RNA。采用自行設(shè)計引物巢式PCR擴增方法進行g(shù)ag、pol、nef基因片段擴增。
3、PCR產(chǎn)物的鑒定及測序使用50×TAE緩沖液配制1.0%瓊脂糖凝膠,根據(jù)gag、pol、nef基因片段大小選擇2000bp、10000bp DNA ladder作為定量Marker,每孔加5μl的第二輪PCR產(chǎn)物,120V的電壓下電泳30 min。在Ultra-Violet Product凝膠分析系統(tǒng)紫外模式下觀察有無目的條帶。獲得目的條帶的PCR產(chǎn)物由華大基因公司(中國)直接測序。
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