液相雜交芯片和固相雜交芯片是兩種不同的基因檢測(cè)技術(shù),它們?cè)谠?、?yīng)用、技術(shù)優(yōu)勢(shì)等方面存在一定的差異。以下是對(duì)這兩種芯片的詳細(xì)比較:
一、液相雜交芯片
1. 基本原理
液相雜交芯片技術(shù),在農(nóng)業(yè)育種中常被稱為“液相芯片”或“靶向序列捕獲”,英文名稱為“Genotyping by target sequencing”。該技術(shù)最早由安捷倫公司推出,其工作原理基于目標(biāo)探針與靶向序列互補(bǔ)結(jié)合的定點(diǎn)捕獲測(cè)序。具體來(lái)說(shuō),該技術(shù)利用生物素標(biāo)記的探針在液態(tài)中與基因組目標(biāo)區(qū)域雜交形成雙鏈,隨后通過(guò)鏈霉親和素包被的磁珠捕獲這些雙鏈,最后對(duì)捕獲的靶點(diǎn)序列進(jìn)行洗脫、擴(kuò)增和測(cè)序,以獲得目標(biāo)SNP的基因型。
2. 技術(shù)特點(diǎn)
低成本:相比于全基因組重測(cè)序,液相芯片技術(shù)能夠顯著降低測(cè)序成本,因?yàn)樗恍鑼?duì)感興趣的區(qū)域進(jìn)行測(cè)序。
高通量:雖然液相芯片本身是一個(gè)捕獲試劑盒,但它與二代測(cè)序技術(shù)結(jié)合后,能夠?qū)崿F(xiàn)高通量的基因型檢測(cè)。
靈活性:液相芯片技術(shù)可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求定制檢測(cè)位點(diǎn),且定制完成后能靈活增加檢測(cè)位點(diǎn)。
3. 應(yīng)用領(lǐng)域
液相雜交芯片在多個(gè)領(lǐng)域有廣泛應(yīng)用,包括農(nóng)業(yè)育種、醫(yī)學(xué)研究、免疫學(xué)分析、核酸研究、酶學(xué)分析、受體和配體分析等。該技術(shù)不僅能用于臨床診斷,還能在科研中提供高效的數(shù)據(jù)支持。
二、固相雜交芯片
1. 基本原理
固相雜交芯片技術(shù)是將待測(cè)的靶核苷酸鏈預(yù)先固定在固體支持物上(如載玻片、尼龍膜等),而標(biāo)記的探針則游離在溶液中。通過(guò)雜交反應(yīng),使雜交分子留在支持物上,從而進(jìn)行檢測(cè)。該技術(shù)基于堿基互補(bǔ)雜交特性,設(shè)計(jì)并固定與待測(cè)位點(diǎn)互補(bǔ)的寡核苷酸探針于固體芯片上,通過(guò)雜交反應(yīng)捕獲待測(cè)位點(diǎn)后,對(duì)探針進(jìn)行單堿基延伸及熒光染色,最后利用高分辨率儀器進(jìn)行檢測(cè)。
2. 技術(shù)特點(diǎn)
高通量:固相芯片能夠同時(shí)對(duì)幾十萬(wàn)乃至幾百萬(wàn)量級(jí)的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型,通量高、速度快、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確。
穩(wěn)定性好:固相芯片技術(shù)具有出色的檢出穩(wěn)定性,且芯片數(shù)據(jù)分析便捷。
定制靈活:固相芯片也能根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求定制檢測(cè)位點(diǎn),且定制周期相對(duì)較短。
3. 應(yīng)用領(lǐng)域
固相雜交芯片技術(shù)在生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)診斷、藥物研發(fā)等領(lǐng)域有廣泛應(yīng)用。在農(nóng)業(yè)育種中,它常被用于大規(guī)模的基因型檢測(cè)和分析。
三、液相雜交芯片與固相雜交芯片的比較
液相雜交芯片基于靶向序列捕獲技術(shù),利用生物素標(biāo)記的探針與基因組目標(biāo)區(qū)域雜交形成雙鏈,然后通過(guò)鏈霉親和素包被的磁珠進(jìn)行分子吸附,最終對(duì)捕獲的靶點(diǎn)序列進(jìn)行測(cè)序?。這種技術(shù)不需要對(duì)全基因組進(jìn)行測(cè)序,而是有針對(duì)性地捕獲特定區(qū)域的DNA片段,從而降低了測(cè)序成本并簡(jiǎn)化了數(shù)據(jù)分析?。液相雜交芯片的靈敏度高,檢測(cè)范圍廣泛,最di檢測(cè)濃度可達(dá)0.1 pg/mL,適用于大量樣本的高通量檢測(cè)???蓱?yīng)用于農(nóng)業(yè)育種、醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域。
固相雜交芯片則基于熒光檢測(cè)技術(shù),通常用于基因分型和SNP標(biāo)記的檢測(cè)?。它的分離效率高,選擇性好,且不受試樣揮發(fā)性和熱穩(wěn)定性的限制,但在準(zhǔn)確性和靈活性方面不如液相雜交芯片???蓱?yīng)用于生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)診斷、藥物研發(fā)等領(lǐng)域。
綜上所述,液相雜交芯片在技術(shù)原理、應(yīng)用范圍、靈敏度和準(zhǔn)確性方面優(yōu)于固相雜交芯片,尤其在高通量檢測(cè)和降低測(cè)序成本方面表現(xiàn)突出。
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