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用DNA雜交探人體兩種胸普激酶基因同源性

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年12月04日 14:36  
摘要:胸苷激酶(TK)在人體細胞的核苷酸代謝及 DNA 合成進程里扮演關鍵角色,人體存有兩種胸苷激酶基因,剖析它們的同源性對洞悉細胞生理機能、相關疾病發(fā)病機理意義非凡。本研究憑借 DNA 雜交技術,精心設計實驗流程,涵蓋基因片段獲取、探針精準制備、嚴謹雜交反應條件把控以及結果精準檢測分析。經多輪實驗與數(shù)據(jù)深挖,明確了兩種基因在核酸序列層面的相似程度,為后續(xù)功能研究、靶向藥物研發(fā)筑牢根基,為深入闡釋胸苷激酶相關生理病理現(xiàn)象提供全新視角與關鍵數(shù)據(jù)支撐。

一、引言


在人體這一精妙復雜的生物學系統(tǒng)里,胸苷激酶肩負著將胸苷磷酸化、轉化為可直接參與 DNA 合成的胸苷一磷酸的重任,于細胞增殖、分化以及 DNA 修復流程中不可缺失。當前已知人體中有兩種胸苷激酶基因,分別記作 TK1 與 TK2,它們在組織分布、表達時段以及生理功能展現(xiàn)上差異顯著。TK1 多現(xiàn)身于增殖活躍的細胞,像胚胎組織、腫瘤細胞,于細胞周期的 S 期達表達峰值;TK2 則集中在靜止期細胞、成熟組織,持續(xù)低水平表達維系細胞基礎代謝。


雖說兩種基因同屬胸苷激酶家族,可它們在進化路徑、結構特性以及功能細節(jié)方面的關聯(lián)性尚未完整明晰?;蛲葱蕴骄糠氯粢话谚€匙,既能解鎖它們共通的起源線索,又能揭示演變分化歷程里積累的差異,輔助科研人員精準把握各自更好功能機制,進而對一系列和胸苷激酶相關疾病,如腫瘤異常增殖、線粒體 DNA 代謝異常引發(fā)的遺傳病等,實現(xiàn)從分子機制剖析到靶向干預的跨越。DNA 雜交技術作為探測基因同源性的 “得力助手”,倚仗堿基互補配對準則,能直觀呈現(xiàn)兩種基因核酸序列的親疏關系,為本研究的順利開展提供了可行路徑。

二、實驗材料與方法

(一)實驗材料


  1. 細胞系選取:為獲取足量且純度達標的 TK1 和 TK2 基因樣本,本研究擇取人肝癌細胞系(HepG2,TK1 高表達)、人成纖維細胞系(WI-38,TK2 相對高表達)。上述細胞系經 ATCC(美國典型培養(yǎng)物保藏中心)實力鑒定,于特定含 10% 胎牛血清、1% 雙抗的 DMEM 培養(yǎng)基里,在 37℃、5% CO?飽和濕度孵箱內穩(wěn)定傳代培養(yǎng)。

  2. 主要試劑:Trizol 試劑(用于細胞總 RNA 高效抽提)、逆轉錄酶及配套緩沖液(把 RNA 反轉錄為 cDNA)、DNA 聚合酶、dNTP 混合液(支撐 PCR 擴增)、限制性內切酶(精準切割基因片段)、(DIG)標記試劑盒(標記 DNA 探針)、尼龍膜(承載雜交樣本)、雜交液(營造雜交適宜環(huán)境)、抗 DIG 抗體(結合標記探針用于檢測)、化學發(fā)光底物(顯現(xiàn)雜交信號)。所有試劑均購自生物試劑廠商,質量良好性能可靠,契合實驗嚴苛要求。

(二)實驗方法


  1. 基因片段獲取:運用 Trizol 法從對數(shù)生長期的 HepG2 和 WI - 38 細胞里提取總 RNA,經 Nanodrop 核酸定量儀測濃度、純度后,以逆轉錄酶合成 cDNA 第一鏈。參照 GenBank 收錄的 TK1、TK2 基因全長序列,運用 Primer Premier 5.0 軟件縝密設計特異性引物,PCR 擴增目的基因片段;反應體系涵蓋模板 cDNA、上下游引物、DNA 聚合酶、dNTP 及緩沖液,于熱循環(huán)儀按預設定程序運行:95℃預變性 5 分鐘;95℃變性 30 秒,退火溫度依引物 Tm 值微調、退火 30 秒,72℃延伸 1 分鐘,循環(huán) 30 - 35 輪;終末 72℃延伸 10 分鐘。產物經 1% 瓊脂糖凝膠電泳分離,膠回收純化目的條帶,獲取 TK1、TK2 基因片段。

  2. 探針制備:將純化的 TK1 基因片段當作模板,啟用 DIG 標記試劑盒,借由隨機引物法合成 DIG 標記的 TK1 探針;同理炮制 TK2 探針。標記全程嚴控反應條件,涵蓋溫度、時間、底物濃度等要素,保證探針標記效率與特異性;標記完畢經乙醇沉淀濃縮探針,用 TE 緩沖液溶解并測定濃度,存放于 - 20℃?zhèn)溆谩?/p>

  3. DNA 雜交實驗:把等量 TK1、TK2 基因片段以及人基因組 DNA(陽性對照)、無關基因片段(陰性對照)經限制性內切酶酶切,瓊脂糖凝膠電泳分離后,借助毛細作用轉移至尼龍膜;轉膜結束,80℃真空烘烤 2 小時穩(wěn)固 DNA 與膜結合。將膜置入含 50% 甲酰胺、5×SSC、0.1% SDS、2% 封閉劑的雜交液里,42℃預雜交 2 小時;繼之加入適量 DIG 標記探針,42℃雜交過夜。雜交畢,膜在 2×SSC、0.1% SDS 溶液里室溫漂洗 2 次,每次 10 分鐘,再于 0.1×SSC、0.1% SDS 溶液 68℃嚴謹漂洗 2 次,各 15 分鐘,剔除非特異性結合探針。

  4. 雜交結果檢測與分析:漂洗后的膜與抗 DIG 抗體室溫孵育 1 小時,經 0.1×SSC 簡略漂洗,滴加化學發(fā)光底物孵育 5 分鐘;暗室里把膜緊貼 X 光片曝光,顯影、定影獲取雜交條帶影像;用 ImageJ 軟件量化條帶灰度值,以陽性對照條帶灰度值為基準,標準化 TK1、TK2 樣本條帶灰度,算出相對雜交信號強度;依相對信號強度,結合生物信息學算法解析兩種基因同源區(qū)域、估算同源性比例,繪制熱圖、序列比對圖全方面呈現(xiàn)同源性細節(jié)。

三、實驗結果與討論

(一)雜交條帶顯影結果


X 光 片顯影后,陽性對照呈清晰強雜交條帶,印證雜交體系可靠、探針有效;TK1、TK2 樣本有條帶顯現(xiàn),位置、強度存異。TK1 探針與 TK1 樣本雜交條帶亮度高,契合預期;與 TK2 樣本雜交有條帶,然亮度較弱;反之,TK2 探針與 TK2 樣本強雜交,與 TK1 樣本弱雜交,初步彰顯兩種基因既有互補配對區(qū)域、存在同源性,又在序列上有差異致使雜交效率不同。

(二)同源性量化分析


經 ImageJ 軟件處理數(shù)據(jù)、生物信息學深度剖析,算出 TK1 和 TK2 基因在核酸序列水平的同源性約 45% - 55%。細究發(fā)現(xiàn),同源區(qū)域集中于催化功能域、底物結合位點周邊,提示二者在核心生化功能上保留共性,歷經漫長進化仍維系關鍵氨基酸殘基的相似性,保障基礎胸苷磷酸化活性;可在基因非編碼區(qū)、部分可變剪接區(qū)域同源性極低,乃至無明顯互補,或是二者組織特異性表達、調控模式大相徑庭的分子 “烙印”。

(三)結果討論


本研究借助 DNA 雜交洞察人體兩種胸苷激酶基因同源性,收獲頗豐。45% - 55% 的同源性數(shù)值不單明晰基因親緣關系,更對后續(xù)研究意義深遠。于功能維度,同源區(qū)域是探索 TK1、TK2 協(xié)同或代償機制的 “突破口”;臨床層面,靶向同源保守區(qū)設計藥物有望一箭雙雕,調控異常細胞增殖;差異區(qū)域則為開發(fā)高選擇性 TK1 或 TK2 抑制劑創(chuàng)造機遇,降低副作用。


但研究亦存局限,DNA 雜交側重核酸序列互補,難全方面映射基因空間結構、蛋白質互作影響;且實驗僅用兩株細胞系,樣本覆蓋面窄,難精準涵蓋人體全部生理病理狀態(tài)下基因表現(xiàn)。后續(xù)研究擬拓展細胞、組織類型,融合 X 射線晶體學、蛋白質免疫共沉淀技術,從三維結構、蛋白復合物層面深挖同源基因 “秘密”,完善胸苷激酶生理病理功能拼圖。

四、研究結論


本研究巧用 DNA 雜交技術,成功測定人體 TK1、TK2 兩種胸苷激酶基因約 45% - 55% 的同源性,鎖定關鍵同源與差異區(qū)域,為其功能解析、疾病關聯(lián)及靶向干預夯實基礎;盡管現(xiàn)有局限,卻勾勒清晰后續(xù)探索路徑。預期后續(xù)多元技術融合、樣本擴容下,胸苷激酶基因研究將迎新突破,為腫瘤精準診療、線粒體疾病防治注入強勁動力,推動醫(yī)學分子生物學大步向前。

五、展望未來


胸苷激酶基因領域仍有諸多待解謎團,伴隨基因編輯、單細胞測序、冷凍電鏡等前沿技術蓬勃發(fā)展,解析兩種基因同源性的應用前景愈發(fā)廣闊。在腫瘤早篩領域,有望借由高靈敏度檢測 TK1、TK2 基因表達及同源變異,實現(xiàn)癌變細胞精準捕捉;于基因治療層面,基于同源結構設計的 “智能” 核酸適配體,可精準調控基因活性、修復突變;在基礎科研板塊,通過構建 TK1/TK2 基因敲除 / 敲入動物模型,原位觀測細胞代謝微環(huán)境變化,將進一步厘清同源基因在發(fā)育全程的動態(tài)角色。未來,跨學科整合、多團隊協(xié)作將成為攻克胸苷激酶相關復雜難題、轉化成果落地臨床的 “新常態(tài)”,助力人類健康事業(yè)邁向新高地。


以上詳盡闡述了運用 DNA 雜交探測人體兩種胸苷激酶基因同源性的全流程,從理論鋪墊、實操解析到成果展望,期望為學界同仁提供有益參考,攜手拓展該領域知識邊界,加速基礎成果向臨床福祉轉化。


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